A DNA NANOtechology toolkit for artificial CELL design

Projektinformationen

NANOCELL

ID Finanzhilfevereinbarung: 851667

DOI

10.3030/851667

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 4 Oktober 2019

Startdatum 1 Januar 2020

Enddatum 30 September 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 497 477,00

EU-Beitrag

€ 1 497 477,00

Koordiniert durch

THE CHANCELLOR MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
United Kingdom

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (29)

Amphiphilic DNA nanostructures for bottom-up synthetic biology.

Autoren: Roger Rubio-Sánchez; Roger Rubio-Sánchez; Giacomo Fabrini; Pietro Cicuta; Lorenzo Di Michele; Lorenzo Di Michele
Veröffentlicht in: ChemComm, 2021, ISSN 1359-7345
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cc04311k

Cation-responsive and photocleavable hydrogels from non-canonical amphiphilic DNA nanostructures

Autoren: Giacomo Fabrini; Aisling Minard; Ryan A. Brady; Marco Di Antonio; Lorenzo Di Michele
Veröffentlicht in: Nano Letters, 2022, ISSN 1530-6984
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.1c03314

Detecting Nanoscale Distribution of Protein Pairs by Proximity-Dependent Super-resolution Microscopy.

Autoren: Alexander H. Clowsley; William T. Kaufhold; Tobias Lutz; Anna Meletiou; Lorenzo Di Michele; Christian Soeller
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, 2020, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1101/591081

Interplay of the mechanical and structural properties of DNA nanostructures determines their electrostatic interactions with lipid membranes

Autoren: Diana Morzy; Cem Tekin; Vincenzo Caroprese; Roger Rubio-Sánchez; Lorenzo Di Michele; Maartje M. C. Bastings
Veröffentlicht in: Nanoscale, 2023, ISSN 2040-3372
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2nr05368c

Thermally Driven Membrane Phase Transitions Enable Content Reshuffling in Primitive Cells.

Autoren: Roger Rubio-Sánchez; Derek K. O’Flaherty; Anna Wang; Francesca Coscia; Gianluca Petris; Lorenzo Di Michele; Lorenzo Di Michele; Pietro Cicuta; Claudia Bonfio; Claudia Bonfio
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 5, 2021, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.1c06595

Haptotactic Motion of Multivalent Vesicles Along Ligand-Density Gradients

Autoren: Hannah Sleath, Bortolo M. Mognetti, Yuval Elani, Lorenzo Di Michele
Veröffentlicht in: Langmuir, Ausgabe 41, 2025, Seite(n) 11474-11485, ISSN 0743-7463
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.langmuir.5c00494

Modular RNA motifs for orthogonal phase separated compartments

Autoren: Jaimie Marie Stewart, Shiyi Li, Anli Tang, Melissa Ann Klocke, Martin Vincent Gobry, Giacomo Fabrini, Lorenzo Di Michele, Paul W.K. Rothemund, Elisa Franco
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.10.06.561123

Thermal oscillations enable reshuffling of genetic material in a primitive cell cycle

Autoren: Roger Rubio-Sánchez, Derek O’Flaherty, Anna Wang, Francesca Coscia, Lorenzo Di Michele, Pietro Cicuta, Claudia Bonfio
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, 2024, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1101/2021.04.01.438038

Internal Phase Separation in Synthetic DNA Condensates

Autoren: Diana A. Tanase, Dino Osmanović, Roger Rubio‐Sánchez, Layla Malouf, Elisa Franco, Lorenzo Di Michele
Veröffentlicht in: Advanced Science, Ausgabe 12, 2025, ISSN 2198-3844
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/advs.202506275

Cations Regulate Membrane Attachment and Functionality of DNA Nanostructures

Autoren: Diana Morzy, Roger Rubio-Sánchez, Himanshu Joshi, Aleksei Aksimentiev, Lorenzo Di Michele, Ulrich F. Keyser
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 143/19, 2021, Seite(n) 7358-7367, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.1c00166

Co-transcriptional production of programmable RNA condensates and synthetic organelles

Autoren: Giacomo Fabrini, Nada Farag, Sabrina Pia Nuccio, Shiyi Li, Jaimie M. Stewart, Anli A. Tang, Reece McCoy, Róisín M. Owens, Paul W. K. Rothemund, Elisa Franco, Marco Di Antonio, Lorenzo Di Michele
Veröffentlicht in: Nature Nanotechnology, 2025, ISSN 1748-3387
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.10.06.561174

The ALS/FTD-related C9orf72 hexanucleotide repeat expansion forms RNA condensates through multimolecular G-quadruplexes

Autoren: Federica Raguseo; Yiran Wang; Jessica Li; Marija Petrić Howe; Rubika Balendra; Anouk Huyghebaert; Devkee M. Vadukul; Diana A. Tanase; Thomas E. Maher; Layla Malouf; Roger Rubio-Sánchez; Francesco A. Aprile; Yuval Elani; Rickie Patani; Lorenzo Di Michele; Marco Di Antonio
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43872-1

Fast, multicolour optical sectioning over extended fields of view with patterned illumination and machine learning

Autoren: Ward, Edward N; McClelland, Rebecca M; Lamb, Jacob R; Rubio-Sánchez, Roger; Christensen, Charles N; Mazumder, Bismoy; Kapsiani, Sofia; Mascheroni, Luca; Di Michele, Lorenzo; Kaminski Schierle, Gabriele S; Kaminski, Clemens F
Veröffentlicht in: Biomedical Optics Express, Ausgabe 3, 2024, ISSN 2156-7085
Herausgeber: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.510912

Modulating membrane fusion through the design of fusogenic DNA circuits and bilayer composition

Autoren: Miguel Paez-Perez; I. Alasdair Russell; Pietro Cicuta; Lorenzo Di Michele
Veröffentlicht in: Soft Matter, 2022, ISSN 1744-683X
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2sm00863g

Probing the Mechanical Properties of DNA Nanostructures with Metadynamics

Autoren: Will T. Kaufhold, Wolfgang Pfeifer, Carlos E. Castro, and Lorenzo Di Michele
Veröffentlicht in: ACS Nano, 2022, ISSN 1936-0851
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.1c08999

Patterning and dynamics of membrane adhesion under hydraulic stress

Autoren: Céline Dinet, Alejandro Torres-Sánchez, Roberta Lanfranco, Lorenzo Di Michele, Marino Arroyo, Margarita Staykova
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43246-7

Sculpting DNA-based synthetic cells through phase separation and phase-targeted activity

Autoren: Layla Malouf; Diana A. Tanase; Giacomo Fabrini; Miguel Paez-Perez; Adrian Leathers; Michael J. Booth; Lorenzo Di Michele
Veröffentlicht in: Chem, 2023, ISSN 2451-9294
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chempr.2023.10.004

Adaptable DNA interactions regulate surface triggered self assembly

Autoren: Roberta Lanfranco, Pritam Kumar Jana, Gilles Bruylants, Pietro Cicuta, Bortolo Matteo Mognetti, Lorenzo Di Michele
Veröffentlicht in: Nanoscale, Ausgabe 12/36, 2020, Seite(n) 18616-18620, ISSN 2040-3364
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0nr04461j

Reaction-diffusion patterning of DNA-based artificial cells

Autoren: Adrian Leathers; Michal Walczak; Ryan A. Brady; Assala Al Samad; Jurij Kotar; Michael J. Booth; Pietro Cicuta; Lorenzo Di Michele
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, 2022, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.2c06140

DNA-Based Optical Quantification of Ion Transport across Giant Vesicles

Autoren: Marcus Fletcher; Jinbo Zhu; Roger Rubio-Sánchez; Sarah E Sandler; Kareem Al Nahas; Lorenzo Di Michele; Ulrich F Keyser; Ran Tivony
Veröffentlicht in: ACS Nano, 2023, ISSN 1936-0851
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.2c07496

DNA-Origami Line-Actants Control Domain Organization and Fission in Synthetic Membranes

Autoren: Roger Rubio-Sánchez; Bortolo Matteo Mognetti; Pietro Cicuta; Lorenzo Di Michele
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, 2022, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.3c01493

A Modular, Dynamic, DNA-Based Platform for Regulating Cargo Distribution and Transport between Lipid Domains

Autoren: Roger Rubio-Sánchez, Simone Eizagirre Barker, Michal Walczak, Pietro Cicuta, Lorenzo Di Michele
Veröffentlicht in: Nano Letters, Ausgabe 21/7, 2021, Seite(n) 2800-2808, ISSN 1530-6984
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.0c04867

A Synthetic Signaling Network Imitating the Actionof Immune Cells in Response to Bacterial Metabolism

Autoren: Michal Walczak, Leonardo Mancini, Jiayi Xu, Federica Raguseo, Jurij Kotar, Pietro Cicuta,and Lorenzo Di Michele
Veröffentlicht in: Advanced Materials, 2023, ISSN 1521-4095
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/adma.202301562

Lipid vesicle-based molecular robots

Autoren: Zugui Peng; Shoji Iwabuchi; Kayano Izumi; Sotaro Takiguchi; Misa Yamaji; Shoko Fujita; Harune Suzuki; Fumika Kambara; Genki Fukasawa; Aileen Cooney; Lorenzo Di Michele; Yuval Elani; Tomoaki Matsuura; Ryuji Kawano
Veröffentlicht in: Lab on a Chip, 2024, ISSN 1473-0189
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3lc00860f

Influence of hydrophobic moieties on the crystallization of amphiphilic DNA nanostructures

Autoren: Jurij Kotar; Adrian Leathers; Michal Walczak; Ryan Brady; Lorenzo Di Michele
Veröffentlicht in: The Journal of Chemical Physics, 2023, ISSN 0021-9606
Herausgeber: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0132484

Repeat DNA-PAINT suppresses background and non-specific signals in optical nanoscopy

Autoren: Alexander H. Clowsley, William T. Kaufhold, Tobias Lutz, Anna Meletiou, Lorenzo Di Michele, Christian Soeller
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-20686-z

DNA-assisted selective electrofusion (DASE) of <i>Escherichia coli</i> and giant lipid vesicles

Autoren: Pietro Cicuta; Lorenzo Di Michele; Sho Takamori; Shoji Takeuchi
Veröffentlicht in: Nanoscale, 2022, ISSN 2040-3372
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2nr03105a

Cation-Controlled Assembly, Activity, and Organization of Biomimetic DNA Receptors in Synthetic Cell Membranes

Autoren: Elita Peters, Diana A. Tanase, Lorenzo Di Michele, Roger Rubio-Sánchez
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 147, 2025, Seite(n) 33780-33789, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.5c09928

Responsive core-shell DNA particles trigger lipid-membrane disruption and bacteria entrapment

Autoren: Michal Walczak, Ryan A. Brady, Leonardo Mancini, Claudia Contini, Roger Rubio-Sánchez, William T. Kaufhold, Pietro Cicuta, Lorenzo Di Michele
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-24989-7

Non-peer reviewed articles (1)

Enzyme-Responsive DNA Condensates

Autoren: Juliette Bucci, Layla Malouf, Diana A. Tanase, Nada Farag, Jacob R. Lamb, Roger Rubio-Sánchez, Serena Gentile, Erica Del Grosso, Clemens F. Kaminski, Lorenzo Di Michele, Francesco Ricci
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 146, 2024, Seite(n) 31529-31537, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.4c08919