Advanced simulation, analysis and interpretation of network structures in biological data

Informacje na temat projektu

SmartNets

Identyfikator umowy o grant: 860949

DOI

10.3030/860949

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 22 Czerwca 2020

Data rozpoczęcia 1 Września 2020

Data zakończenia 28 Lutego 2025

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Koszt całkowity

€ 3 356 292,60

Wkład UE

€ 3 356 292,60

Koordynowany przez

STICHTING RADBOUD UNIVERSITEIT
Netherlands

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Other (1)

Final Meeting and Symposium

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Website

Publikacje

Other (15)

Structure and individuality of navigation in zebrafish larvae

Autorzy: Dommanget-Kott, Mattéo; Fernandez-De-Cossio-Diaz, Jorge; Coraggioso, Monica; Bormuth, Volker; Monasson, Rémi; Debrégeas, Georges; Cocco, Simona
Opublikowane w: https://hal.science/hal-04445557, Numer 1, 2024
Wydawca: HAL Open Science

Structure and individuality of navigation in zebrafish larvae

Autorzy: Dommanget-Kott, Mattéo; Fernandez-De-Cossio-Diaz, Jorge; Coraggioso, Monica; Bormuth, Volker; Monasson, Rémi; Debrégeas, Georges; Cocco, Simona
Opublikowane w: https://hal.science/hal-04445557, Numer 1, 2024
Wydawca: HAL Open Science

Where top-down meets bottom-up: Cell-type specific connectivity map of the whisker system

Autorzy: N. Rault, T. Bergmans, N. Delfstra, BJ Kleijnen, F. Zeldenrust, T. Celikel
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.07.31.551377

DendroTweaks: An interactive approach for unraveling dendritic dynamics

Autorzy: Roman Makarov, Spyridon Chavlis, Panayiota Poirazi
Opublikowane w: 2024
Wydawca: eLife Sciences Publications, Ltd
DOI: 10.7554/elife.103324

Linking Brain and Behavior States in Zebrafish Larvae Locomotion using Hidden Markov Models

Autorzy: Mattéo Dommanget-Kott, Jorge Fernandez-de-Cossio-Diaz, Monica Coraggioso, Volker Bormuth, Rémi Monasson, Georges Debrégeas, Simona Cocco
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.11.22.624881

Dendrites and Efficiency: Optimizing Performance and Resource Utilization

Autorzy: Roman Makarov, Michalis Pagkalos, Panayiota Poirazi
Opublikowane w: 2023
Wydawca: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2306.07101

Brain Olympiad reader on Computational Neuroscience & Artificial Intelligence

Autorzy: Tido Bergmans, Nicolas Rault, Tousif Jamal, Nishant Joshi, Matthew Lennon, Hilal Nizamoğlu, Ildefonso Ferreira Pica, Nicole Vissers, Devin Kellis, Tobio Aarts & Fleur Zeldenrust
Opublikowane w: 2021
Wydawca: Dutch Brain Olympiad

<i>DendroTweaks</i>: An interactive approach for unraveling dendritic dynamics

Autorzy: Roman Makarov, Spyridon Chavlis, Panayiota Poirazi
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.09.06.611191

Neuronal Identity is Not Static—An Input-Driven Perspective

Autorzy: Nishant Joshi, Sven van Der Burg, Tansu Celikel, Fleur Zeldenrust
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.10.16.618657

NETSCOPE: Information-Theory based Network Discovery and Analysis

Autorzy: Tido Bergmans, Tousif Jamal, Tansu Celikel
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.04.18.488630

Source Code - Self-consistent sharp interface theory of active condensate dynamics

Autorzy: Goychuk, Andriy; Demarchi, Leonardo; Maryshev, Ivan; Frey, Erwin
Opublikowane w: Physical Review Research, 2024, Numer 1, 2024
Wydawca: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.12685053

Leveraging dendritic properties to advance machine learning and neuro-inspired computing

Autorzy: Michalis Pagkalos, Roman Makarov, Panayiota Poirazi
Opublikowane w: 2023
Wydawca: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2306.08007

Structured stabilization in recurrent neural circuits through inhibitory synaptic plasticity

Autorzy: Dylan Festa, Claudia Cusseddu, Julijana Gjorgjieva
Opublikowane w: 2024
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.10.12.618014

Brain Olympiad Reader on Computational Neuroscience & Artificial Intelligence

Autorzy: Tido Bergmans, Nicolas Rault, Tousif Jamal, Nishant Joshi, Matthew Lennon, Hilal Nizamoğlu, Ildefonso Ferreira Pica, Nicole Vissers, Devin Kellis, Tobio Aarts & Fleur Zeldenrust
Opublikowane w: Numer 1.1 (2023), 2023
Wydawca: Dutch Brain Olympiad

DendroTweaks: An interactive approach for unraveling dendritic dynamics

Autorzy: Roman Makarov, Spyridon Chavlis, Panayiota Poirazi
Opublikowane w: eLife, Numer 13:RP103324, 2024
Wydawca: eLife Sciences Publications, Ltd
DOI: 10.7554/elife.103324.1

Conference proceedings (13)

Co-evolved structural and temporal network heterogeneity

Autorzy: Iacob, S., Joshi, N., & Zeldenrust, F.
Opublikowane w: Bernstein Conference 2024, Numer 2024, 2024
Wydawca: Bernstein Network
DOI: 10.12751/nncn.bc2024.309

Delay-Sensitive Local Plasticity in Echo State Networks

Autorzy: Stefan Iacob, Spyridon Chavlis, Panayiota Poirazi, Joni Dambre
Opublikowane w: 2023 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN), 2023, Strona(/y) 1-8
Wydawca: IEEE
DOI: 10.1109/ijcnn54540.2023.10191901

Distance-Based Delay Networks

Autorzy: Stefan Iacob, Joni Dambre
Opublikowane w: International conference on neuromorphic, natural and physical computing (NNPC 2024), Numer 2024, 2024
Wydawca: Neuromorphic, Natural and Physical Computing Conference

Network discovery using information theory: From molecular to functional networks

Autorzy: Tido Bergmans, Tousif Jamal, Tansu Celikel
Opublikowane w: Society for Neuroscience (SfN 2023), Numer 2023, 2023
Wydawca: Society for Neuroscience

Deciphering the Regulatory Control of Neuromodulatory Signaling in the Somatosensory Cortex after Sensory Deprivation

Autorzy: Tousif Jamal, Tansu Celikel
Opublikowane w: Society for Neuroscience (SfN 2023), Numer 2023, 2023
Wydawca: Society for Neuroscience

32nd Annual Computational Neuroscience Meeting: CNS*2023

Autorzy: Rault, N., Celikel, T., & Fleur Zeldenrust
Opublikowane w: Journal of Computational Neuroscience, Numer 52, 2024, Strona(/y) 3-166, ISSN 0929-5313
Wydawca: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10827-024-00871-5

A Bio-Inspired Model for Audio Processing

Autorzy: Tanguy Cazalets, Joni Dambre
Opublikowane w: 2023 RIVF International Conference on Computing and Communication Technologies (RIVF), 2024, Strona(/y) 458-463
Wydawca: IEEE
DOI: 10.1109/rivf60135.2023.10471845

Tactile integration in the mechanoreceptors

Autorzy: Rault. N., Zeldenrust, F., & Celikel, T.,
Opublikowane w: Society for Neuroscience (SfN 2024), Numer 2024, 2024
Wydawca: Society for Neuroscience

Distance-Based Delays in Echo State Networks

Autorzy: Stefan Iacob, Matthias Freiberger & Joni Dambre
Opublikowane w: Intelligent Data Engineering and Automated Learning – IDEAL 2022, Numer 23rd International Conference, IDEAL 2022, 2022, Strona(/y) 211-222, ISBN 978-3-031-21752-4
Wydawca: Springer, Cham
DOI: 10.1007/978-3-031-21753-1_21

Information flow in the somatosensory system: From Mechanoreceptor to Cortex

Autorzy: Rault, N., Tompos, T., Celikel, T., & Zeldenrust, F.
Opublikowane w: Bernstein Conference 2024, Numer 2024, 2024
Wydawca: Bernstein Network
DOI: 10.12751/nncn.bc2024.289

High dimensional clustering reveals heterogeneity in excitatory and inhibitory cells in the neocortex

Autorzy: Nishant, J., Celikel, T., & Zeldenrust, F.
Opublikowane w: Bernstein Conference 2023, Numer 2023, 2023
Wydawca: Bernstein Network
DOI: 10.12751/nncn.bc2023.095

An homeostatic activity-dependent structural plasticity algorithm for richer input combination

Autorzy: Tanguy Cazalets, Joni Dambre
Opublikowane w: 2023 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN), 2023, Strona(/y) 1-8
Wydawca: IEEE
DOI: 10.1109/ijcnn54540.2023.10191230

DendroTweaks: An interactive approach for unraveling dendritic dynamics.

Autorzy: Roman Makarov, Spyridon Chavlis, Panayiota Poirazi
Opublikowane w: FENS Forum 2024, Numer 2024, 2024
Wydawca: Federation of European Neuroscience Societies
DOI: 10.57736/abba-7149

Peer reviewed articles (11)

Memory–Non-Linearity Trade-Off in Distance-Based Delay Networks

Autorzy: Stefan Iacob, Joni Dambre
Opublikowane w: Biomimetics, Numer 9, 2024, Strona(/y) 755, ISSN 2313-7673
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/biomimetics9120755

Exploiting Signal Propagation Delays to Match Task Memory Requirements in Reservoir Computing

Autorzy: Stefan Iacob, Joni Dambre
Opublikowane w: Biomimetics, Numer 9, 2024, Strona(/y) 355, ISSN 2313-7673
Wydawca: MDPI journals
DOI: 10.3390/biomimetics9060355

Dendrites and efficiency: Optimizing performance and resource utilization

Autorzy: Roman Makarov, Michalis Pagkalos, Panayiota Poirazi
Opublikowane w: Current Opinion in Neurobiology, Numer 83, 2024, Strona(/y) 102812, ISSN 0959-4388
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.conb.2023.102812

Modeling the Emergence of Circuit Organization and Function during Development

Autorzy: Shreya Lakhera, Elizabeth Herbert, Julijana Gjorgjieva
Opublikowane w: Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 2024, Strona(/y) a041511, ISSN 1943-0264
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/cshperspect.a041511

The dendritic engram

Autorzy: George Kastellakis; Simone Tasciotti; Simone Tasciotti; Ioanna Pandi; Ioanna Pandi; Panayiota Poirazi
Opublikowane w: Frontiers in Behavioral Neuroscience, Numer Volume 17 (2023), 2023, ISSN 1662-5153
Wydawca: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fnbeh.2023.1212139

Enzyme-Enriched Condensates Show Self-Propulsion, Positioning, and Coexistence

Autorzy: Demarchi, Leonardo; Goychuk, Andriy; Maryshev, Ivan; Frey, Erwin
Opublikowane w: Physical Review Letters, Numer Volume 130, Numer 12 (March 2023), 2023, ISSN 0031-9007
Wydawca: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevlett.130.128401

Self-consistent sharp interface theory of active condensate dynamics

Autorzy: Andriy Goychuk, Leonardo Demarchi, Ivan Maryshev, Erwin Frey
Opublikowane w: Physical Review Research, Numer 6, 2024, ISSN 2643-1564
Wydawca: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevresearch.6.033082

Experience-dependent regulation of dopaminergic signaling in the somatosensory cortex

Autorzy: Tousif Jamal, Xuan Yan, Angelica da Silva Lantyer, Judith G. ter Horst & Tansu Celikel
Opublikowane w: Progress in Neurobiology, Numer 2024, 2024, ISSN 0301-0082
Wydawca: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.pneurobio.2024.102630

Leveraging dendritic properties to advance machine learning and neuro-inspired computing

Autorzy: Michalis Pagkalos, Roman Makarov, Panayiota Poirazi
Opublikowane w: Current Opinion in Neurobiology, Numer 85, 2024, Strona(/y) 102853, ISSN 0959-4388
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.conb.2024.102853

Source Code - Self-consistent sharp interface theory of active condensate dynamics

Autorzy: Goychuk, Andriy; Demarchi, Leonardo; Maryshev, Ivan; Frey, Erwin
Opublikowane w: Physical Review Research, Numer 6, 2024, ISSN 2643-1564
Wydawca: American Physical Society
DOI: 10.5281/zenodo.12685053

Where Top‑Down Meets Bottom‑Up: Cell‑Type Specific Connectivity Map of the Whisker System

Autorzy: Nicolas Rault, Tido Bergmans, Natasja Delfstra, Bisley J. Kleijnen, Fleur Zeldenrust & Tansu Celikel
Opublikowane w: Neuroinformatics, Numer Volume 22, Numer 2 (April 2024), 2024, ISSN 1559-0089
Wydawca: Springer Science
DOI: 10.1007/s12021-024-09658-6

Thesis and dissertations (1)

Self-consistent sharp interface theory of active condensate dynamics

Autorzy: Goychuk, Andriy; Demarchi, Leonardo; Maryshev, Ivan; Frey, Erwin
Opublikowane w: Numer arXiv:2401.17111 [physics.bio-ph], 2024
Wydawca: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2401.17111