Opis projektu
Badanie patogenicznej roli mutacji synonimicznych w chorobach nowotworowych
Mutacje ciche (synonimiczne) są w dużej mierze pomijane w badaniach genetycznych nowotworów. Nowe dane wskazują jednak, że mutacje synonimiczne mogą zmieniać poziom białka lub jego konformację poprzez zmianę miejsc regulacji splicingu, stabilności mRNA, miejsc wiązania miRNA lub skuteczności translacji. Co więcej, wykazano, że mutacje synonimiczne sprzyjają rozwojowi raka za sprawą niedawno odkrytych i słabo poznanych mechanizmów rozregulowania ekspresji genów na poziomie transkrypcji lub translacji. Finansowany przez UE projekt SILENT ma na celu zbadanie patogennej roli mutacji synonimicznych w chorobach nowotworowych, która jest w dużej mierze niedoceniana i prawie niezbadana. Badacze opracują narzędzia bioinformatyczne w celu zidentyfikowania odpowiednich mutacji synonimicznych we wcześniej wygenerowanych danych sekwencji genów z 11 400 próbek nowotworów. Zastosowanie metod in silico pozwoli na wybranie mutacji, które najsilniej stymulują rozwój nowotworów, do dalszych badań eksperymentalnych w „mokrych” laboratoriach. Prace te będą dotyczyć ich zdolności do zmiany poziomu ekspresji genów i pobudzania zachowania komórek nowotworowych.
Cel
Our genome contains 20 000 genes, which are transcribed into mRNAs. These mRNAs are then in turn translated into proteins that exert the cellular functions. In the past decade, researchers have analysed the genetic sequence of all protein coding genes in thousands of tumor samples, with the aim to identify gene defects (‘mutations’) that cause cancer. In most of these studies, only gene mutations that cause amino acid changes in the proteins for which they encode were analysed, and it was assumed that mutations that do not cause amino acid changes (=synonymous or silent mutations) are innocent and meaningless events in cancer pathogenesis.
Despite the fact that synonymous mutations have thus largely been ignored by cancer researchers, there are a couple of synonymous mutations that have been shown to promote cancer. This happens via highly novel and poorly understood mechanisms of gene expression dysregulation that occur at the level of gene transcription to mRNA or at the level of translation of the mRNA into protein. Since the role of synonymous mutations in cancer has not been systematically explored so far, and since there is thus evidence that these mutations are not as ‘silent’ and innocent as many people think, we hypothesized that the pathogenic role of synonymous mutations in cancer is largely underestimated. First, we will delineate the landscape of synonymous driver mutations in cancer. For this purpose, we will develop bioinformatics and statistics approaches to identify relevant synonymous mutations in previously generated sequence data from 11 400 tumor samples. Furthermore, we will apply in silico methods to rank identified mutations and filter out the mutations that are predicted to most efficiently promoting cancer. For 50 of the mutations that are predicted to be pathogenic, we will perform wet lab experimental testing of their capacity to alter gene expression level and to promote cancer cell behavior. Special attention will go to mutations that affect poorly characterized mechanisms to regulate the efficiency of protein translation of the mutated gene, because our lab has a strong expertise in this field. Results from this project may also be relevant for more classical non-synonymous mutations, because the novel modes of gene expression regulation we will discover might also be relevant for such mutations, and the project may thus have broad very implications in the cancer field.
Synonymous mutations are currently difficult to find for researchers. We will make these mutations visible via a public website and we will make the methodology we develop in this project available to the research community. This project will thus give silent synonymous mutations a voice through their first comprehensive characterization in cancer.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne biochemia biocząsteczki białka
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne genetyka mutacja
- medycyna i nauki o zdrowiu medycyna kliniczna onkologia
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne biologia molekularna
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Przepraszamy… podczas wykonywania operacji wystąpił nieoczekiwany błąd.
Wymagane uwierzytelnienie. Powodem może być wygaśnięcie sesji.
Dziękujemy za przesłanie opinii. Wkrótce otrzymasz wiadomość e-mail z potwierdzeniem zgłoszenia. W przypadku wybrania opcji otrzymywania powiadomień o statusie zgłoszenia, skontaktujemy się również gdy status ulegnie zmianie.
Słowa kluczowe
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
-
H2020-EU.1.1. - EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)
GŁÓWNY PROGRAM
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
ERC-COG - Consolidator Grant
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu finansowania
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
(odnośnik otworzy się w nowym oknie) ERC-2019-COG
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego zaproszeniaInstytucja przyjmująca
Kwota netto dofinansowania ze środków Unii Europejskiej. Suma środków otrzymanych przez uczestnika, pomniejszona o kwotę unijnego dofinansowania przekazanego powiązanym podmiotom zewnętrznym. Uwzględnia podział unijnego dofinansowania pomiędzy bezpośrednich beneficjentów projektu i pozostałych uczestników, w tym podmioty zewnętrzne.
3000 LEUVEN
Belgia
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.