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Bridging temporal resolution gaps to dissect RNA silencing at the molecular and genomic scale

Descrizione del progetto

Ruolo regolatore del silenziamento dell’RNA a livello molecolare e genomico

Stabilire dei chiari profili di espressione genica è fondamentale per lo sviluppo degli organismi e per la risposta fisiologica agli stimoli esterni o agli agenti patogeni, nonché per la nostra comprensione delle malattie umane. Il controllo dei differenti aspetti della regolazione e delle funzioni dell’RNA è recentemente emerso come elemento critico, con immediate implicazioni biotecnologiche e biomediche. Il progetto RiboTrace, finanziato dall’UE, propone di studiare i principi molecolari del silenziamento dell’RNA, l’aspetto meno compreso della regolazione genica post-trascrizionale, nei moscerini della frutta e nei mammiferi. I ricercatori studieranno i meccanismi e le funzioni biologiche dell’uridilazione dell’estremità 3’ dell’RNA, per determinare il ruolo delle modificazioni dell’RNA nella regolazione dell’espressione genica, e per chiarire i principi del turnover dell’RNA su scala genomica tramite trascrittomica a risoluzione temporale. Combinando la genetica in vivo, gli esperimenti biochimici in vitro, la bioinformatica, e i metodi di coltura cellulare, RiboTrace delineerà percorsi regolatori genici post-trascrizionali su scala molecolare e genomica.

Obiettivo

The implementation of distinct gene expression profiles is essential for organismal development, physiological responses to external stimuli or pathogens, and defines a primary cause for human disease. While much attention has been paid to the regulation of transcription, the control over RNA fate and function has only recently emerged as a central hallmark of gene regulation with enormous biological, technological and biomedical implications.
Here, we propose to study the molecular principles of RNA silencing, the least understood aspect of post-transcriptional gene regulation. We aim to systematically dissect the mechanisms and biological functions of RNA 3´end uridylation to determine the emerging role of RNA modifications in the regulation of gene expression; we will elucidate fundamental principles of RNA turnover at the genomic scale by time-resolved transcriptomics; and we will use functional genomics and haploid genetics to systematically delineate post-transcriptional gene regulatory pathways. Throughout, we will link our results back to the established function of RNA silencing in the control of organismal development, physiology and disease. Our goal is to acquire fundamental insights into the processes that survey the quality and quantity of the transcriptome to determine possible molecular causes for aberrant RNA levels that have been associated with diverse human diseases.
Because of its genetic and biochemical tools, we will use Drosophila melanogaster as a model organism. We will employ a combination of in vivo genetics, cell-free biochemical experiments, bioinformatics, and cell culture methods. What we learn in flies we will test for its conservation in mammalian cell extracts and cultured cells.
Overall, we will determine fundamental biological mechanisms of gene regulation trough pathways with enormous biological impact in health and disease.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

Parole chiave

Programma(i)

Argomento(i)

Meccanismo di finanziamento

ERC-COG - Consolidator Grant

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Invito a presentare proposte

(si apre in una nuova finestra) ERC-2019-COG

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Istituzione ospitante

UNIVERSITAT WIEN
Contributo netto dell'UE
€ 1 448 149,50
Indirizzo
UNIVERSITATSRING 1
1010 Wien
Austria
Regione
Ostösterreich Wien Wien
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale
€ 1 448 149,50

Beneficiari (2)