Opis projektu
Co mogą wyśpiewać nam komórki linii germinalnych ptaków?
Komórki organizmów wielokomórkowych rozmnażających się płciowo można podzielić na komórki somatyczne i germinalne, spośród których te ostatnie tworzą gamety (komórki jajowe i plemniki). Większość zwierząt – w tym ludzie – posiadają te same chromosomy we wszystkich swoich komórkach, choć warto pamiętać, że większość komórek posiada dwie kopie chromosomów, natomiast gamety są wyjątkiem i mają tylko jedną kopię. Interesującym wyjątkiem od tej zasady są ptaki, których linie germinalne posiadają dodatkowy chromosom płciowy, określany skrótem GRC, który nie występuje w komórkach somatycznych. Świadomość istnienia tego chromosomu otwiera drogę do badań nad ekspresją genów charakterystycznych dla linii germinalnych, jednak sam chromosom GRC nie jest jeszcze dostatecznie dobrze zbadany. Uczestnicy finansowanego przez Unię Europejską projektu birdGRC wykorzystują zaawansowane technologicznie metody w celu identyfikacji najstarszych genów chromosomu GRC, uznanych za najważniejsze, a także badania ich roli w rozwoju i ewolucji najbardziej bogatej gatunkowo rodziny ptaków.
Cel
Metazoans typically keep the same genetic information in all body cells over their life cycle. However, some organisms show exceptions to this rule through programmed DNA elimination from the somatic cell line, as it is the case of the puzzling germline-restricted chromosome (GRC) in songbirds. Recently, it has been demonstrated that the GRC is likely present in over half of all bird species and that the zebra finch GRC is enriched in developmental genes. The latter constitutes a novel mechanism for germline-specific gene expression in multicellular organisms, which is of significant relevance to fields as genomics, developmental biology, ecology or even cancer research. However, it remains mysterious how the GRC affects differential gene expression between tissues, the genomic divergence between species, and the determination of cell fate between germline and soma. To elucidate this, we will first perform multiplatform sequencing and high-quality assembly of the GRC in the zebra finch. Then, by comparing somatic and germline genomes from many bird species to infer the evolutionary trajectories of the GRC, we will determine its most ancient and, therefore, important genes. Finally, we will perform a functional analysis to elucidate the role of these genes in primordial germ cells and the early transmission in embryos. Recent technological advances in sequencing, bioinformatics and developmental biology provide us now with a unique moment to perform the proposed multi-omics analyses. Successful and high-quality implementation will be ensured by the extensive experience of the fellow in cytogenetics and genomics of supernumerary chromosomes as well as in developmental biology in zebrafish. In addition, the host lab is expert in cutting-edge multiplatform genomics techniques and has a multidisciplinary network of collaborators, and the secondment partner is expert in experimental biology with zebra finch embryos and primordial germ cell cultures.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
- nauki przyrodniczenauki biologicznezoologiaornitologia
- nauki przyrodniczenauki biologicznebiologia rozwoju
- nauki przyrodniczematematykamatematyka czystaanaliza matematycznaanaliza funkcjonalna
- nauki przyrodniczenauki biologicznegenetykachromosomy
- nauki przyrodniczenauki biologicznegenetykagenom
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Koordynator
NR4 7TJ Norwich
Zjednoczone Królestwo