Cel
The X-ray structures of 2 complexes of bovine pancreatic deoxyribonuclease (DNase) 1 with octamer duplexes have been refined and showed that binding involves contacts in the minor groove and phosphates from both strands of the deoxyribonucleic acid (DNA). In both cases the DNA is bent away from the enzyme towards the major groove leading to a widening of the minor groove. Together with biochemical results on curved DNA, these structures lead us to conclude that minor groove width and depths and bendability are important helix parameters determining the cutting rates of DNase 1. Cocrystallization of DNase 1 with a methylated oligoribonucleotide in the presence of manganese ions allowed the study of metal binding at the active site.
Efforts to crystallize the Escherichia coli Eco RV methylase in free form as well as in the presence of its cofactor S-adenosyl methionine (SAM) or oligonucleotides have not been successful so far.
The gene for bovine pancreatic DNase 1 has been synthesised chemically and the protein expressed in E. coli. A variety of tightly controlled expression vectors based on the tac, lambda, PL and T7 promoters have been explored. A number of mutants, based on the above crystallographic structures, have been prepared. These have been expressed and their properties studied in order to gain information about particular amino acids.
Kinetic experiments have been carried out with the Eco RV methylase in order to define its mechanism of action. A variety of based analogues have been used to determine the parts of the GATATC sequence that are important in binding to the methylase. This has shown that the major groove area of the first 3 GAT bases are most important in generating selectivity.
Attempts were made to clone and sequence genomic DNA for human DNase 1. Eventually, success was achieved using strain LE392 as the host strain and using large probes derived by polymerase chain reaction (PCR) of human genomic DNA with 2 sets of primers based on the sequence of human complementary DNA (cDNA), one probe of 500 base pairs (bp) from the 5' end of the expressed region and the other of 200 bp from the 3' end.
The enzyme DNA'ase I and the Eco RV methylase will be used to study aspects of protein nucleic acid interactions. The project will involve X-ray crystallography and solution studies such as site-directed mutagenesis, NMR spectroscopy and enzomology. Addtionally DNA'ase I will be cloned from a number of mammals/tissues giving information about strongly conserved parts of the enzyme and its genetic organisation.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne biochemia biocząsteczki kwas nukleinowy
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne genetyka DNA
- nauki przyrodnicze nauki fizyczne optyka spektroskopia spektroskopia absorpcyjna
- nauki przyrodnicze nauki chemiczne chemia organiczna aminy
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne biochemia biocząsteczki białka enzymy
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Brak dostępnych danych
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Brak dostępnych danych
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Koordynator
SOUTHAMPTON
Zjednoczone Królestwo
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.