Klein aber fein in der RNA-Welt
6S RNA kommt vor allem bei Bakterien vor und bindet an die Polymerase Sigma70-RNA (sigma70-RNAP). Als so genannter Housekeeper unterstützt sigma70 die Transkription der meisten an der Zellteilung beteiligten Gene. Das EU-finanzierte Projekt "Structural and functional studies of the interaction between non coding RNAs and the RNA polymerase" (NCRNAP) untersuchte die Struktur von 6S RNA im Komplex mit RNAP. Zunächst wurde 6S RNA aus Escherichia coli isoliert, um anschließend mittels Elektroelution und Affinitätschromatographie eine hochreine Probe in Milligramm-Mengen für weitere Analysen und Strukturanalysen herzustellen. Dann wurden Protokolle zur In-vivo-Herstellung des Nucleoproteinkomplexes erstellt. Die Probe wurde mit Kryo-Elektronenmikroskopie, nicht dissoziierender Massenspektroskopie und Kleinwinkelröntgenstreuung analysiert, und im Moment wird ein niedrig aufgelöstes Modell von sigma70-RNAP entwickelt. Kleine nicht-kodierende RNA bilden, wie man herausfand, in höheren Tieren und Pflanzen mit echtem Zellkern Komplexe mit RNA-Polymerasen, was demnächst neue Erkenntnisse zur Genregulation in komplexeren Systemen liefern könnte. Da die bakterielle RNAP außerdem Zielmolekül für viele Klassen von Antibiotika ist, könnten sich die strukturellen Informationen zur Entwicklung neuer Leitsubstanzen nutzen lassen.
Schlüsselbegriffe
Nichtkodierende RNA, Genexpression, 6S RNA, RNA-Polymerase, funktionelle Studien
