Udoskonalenie modelowania przy pomocy krystalografii rentgenowskiej
W rentgenowskim badaniu struktury wskaźnik rozbieżności określa zgodność modelu z danymi eksperymentalnymi. Im mniejszy wskaźnik, tym większa zgodność modelu z obserwowanymi danymi. W przypadku makrocząsteczek biologicznych wskaźniki rozbieżności są wysokie, co oznacza konieczność opracowania dokładnych modeli makrocząsteczkowej struktury krystalicznej. Aby tego dokonać, powstał projekt SOUPINMYCRYSTAL (How can we improve our models of biological macromolecules to reproduce experimental crystallographic X-ray intensities better?), finansowany ze środków UE. Badanie struktury polega na dyfrakcji rentgenowskiej atomów krystalicznych w wielu określonych kierunkach. Poprzez pomiar kątów i intensywności odbitych wiązek naukowcy uzyskują trójwymiarowy obraz gęstości elektronów w krysztale i mogą stworzyć model skrystalizowanej cząsteczki. W kryształach makrocząsteczkowych znajdują się jednak duże obszary nieuporządkowanego rozpuszczalnika — złożone z jonów, roztworów buforowych i wody. Wszystkie one wpływają na intensywność mierzonego odbicia i potencjalnie obniżają dokładność modelu. W pierwszej kolejności naukowcy sprawdzili, czy detektor wykorzystywany do rejestracji danych rentgenowskich i program umożliwiający udoskonalanie modelu nie wpływają na badanie struktury. Rozpuszczalnik złożony z kryształów makrocząsteczkowych generuje jednak znaczne rozpraszanie, a modelowanie tej właściwości pozwoliło na poprawę wskaźnika rozbieżności o nawet 4%. Ponadto, konsorcjum analizowało alternatywne wskaźniki jakości, w mniejszym stopniu zależne od ogólnych właściwości kryształu. Prace prowadzone w projekcie SOUPINMYCRYSTAL powinny doprowadzić do uzyskania lepszych modeli makrocząsteczkowych oraz bardziej wiarygodnych wyników analiz biologicznych. Dzięki temu badanie struktury białek błony i dużych kompleksów makrocząsteczkowych nie będzie ograniczane przez dane o niskiej rozdzielczości.
