Skip to main content

Article Category

Article available in the folowing languages:

Dostęp do biobanków otworzy drogę ku medycynie spersonalizowanej

W wielu różnych systemach zarządzania bazami danych przechowywana jest ogromna ilość napływających każdego dnia informacji o otaczającym nas świecie. Pewien projekt unijny pokonał szereg barier, łącząc ze sobą kilka różnych baz danych, tak by powstało jedno źródło o bezprecedensowym zasięgu, zawierające olbrzymią liczbę danych genomicznych oraz informacje pozwalające walczyć ze starzeniem się populacji i chorobami złożonymi.

Zdrowie

Pokonanie chorób takich jak nowotwory, cukrzyca czy choroba Alzheimera zależeć będzie od danych zebranych od dużej liczby pacjentów i osób zdrowych. Dyrektor generalny organu koordynującego, Erik Steinfelder, wyjaśnia: „Dzięki rezultatom projektu ADOPT BBMRI-ERIC, europejscy badacze, naukowcy i usługodawcy otrzymają dostęp do biobanku europejskiej infrastruktury badawczej BBMRI-ERIC”.

Największa na świecie baza danych klinicznych na miarę wspaniałych osiągnięć

W ramach projektu ADOPT BBMRI-ERIC powstało największe na świecie biorepozytorium. Jest to największa w Europie i na świecie sieć biobanków, w której skatalogowano dotąd ponad 100 milionów próbek. Komentując osiągnięcia zespołu projektu, Steinfelder podkreślił: „zgromadzenie 10 000 zbiorów danych na temat raka jelita grubego z biobanków w całej Europie jest dowodem na to, że kraje o zróżnicowanej populacji są w stanie dzielić się próbkami i danymi z korzyścią dla przyszłych badań”. Naukowcy otrzymali jedyne w swoim rodzaju źródło danych do prowadzenia przyszłych badań naukowych. Zbiory tych danych pochodzą z zatopionych w bloczkach parafinowych i utrwalonych w formalinie bądź zamrożonych w ciekłym azocie próbek tkanek pobranych jako materiał chirurgiczny, szczegółowo opisanych kodem odpowiadającym danym histopatologicznym i klinicznym próbki.

Pokonywanie największych przeszkód

Zbieranie danych na masową skalę niesie ze sobą wiele nietypowych wyzwań. „Jednym z naszych osiągnięć było rozpoznanie najważniejszych przeszkód utrudniających zebranie wielonarodowej kohorty. Wiązało się to z pogodzeniem różnych przepisów krajowych na temat ochrony danych oraz transferu materiałów i danych, uporaniem się z powolnymi procesami logistycznymi oraz łączeniem danych z biobanków o bardzo zróżnicowanej strukturze danych”, tłumaczy Steinfelder. Ponadto niezwykle ważne jest wdrożenie odpowiednich zabezpieczeń. Członkowie projektu bardzo szczegółowo omówili kwestie dotyczące środków technicznych i organizacyjnych mających zagwarantować bezpieczeństwo danych oraz chronić prywatność uczestników badania, którzy udostępniają swoje dane na rzecz badania kohortowego raka jelita grubego (CRC). Osiągnięto porozumienie w sprawie transferu danych zgodnie z prawem o ochronie danych w oparciu o kodeks praktyk inicjatywy w zakresie leków innowacyjnych dotyczących wtórnego przetwarzania danych medycznych w ramach naukowych projektów badawczych oraz z uwzględnieniem różnic w zakresie wymogów prawnych i etycznych obowiązujących w różnych krajach Europy. Utworzenie kohorty CRC umożliwiło również opracowanie złożonej infrastruktury IT wspierającej biobanki w przekazywaniu danych i ich harmonizacji z centralnym modelem danych, a także w importowaniu danych i wykonywaniu szczegółowej kontroli jakości. Wyniki takiej kontroli jakości były następnie wykorzystywane przez biobanki do aktualizowania danych.

Edukacja z myślą o przyszłości medycyny spersonalizowanej

„Przekonaliśmy się, że inicjowanie procesu zbierania danych i zatwierdzanie kontraktów wymaga znacznie więcej czasu”, podsumowuje Steinfelder. „Potrzeba kontroli jakości danych będzie wymagała podjęcia odpowiednich działań przy okazji przyszłych projektów wykorzystujących dane pozostające w repozytoriach źródłowych, które w takiej sytuacji nie mogą być kontrolowane przez infrastrukturę badawczą obejmującą wiele podmiotów”. Ostatecznie partnerzy projektu ADOPT zgromadzili 10 480 zbiorów danych, łącząc próbki i dane pochodzące z 25 biobanków zarejestrowanych w 12 europejskich państwach członkowskich BBMRI-ERIC. Największą wartość, jaka płynie z projektu i faktu wykorzystania kohorty CRC można podsumować w następujący sposób: „Z jednej strony ciężko pracowaliśmy, aby odpowiednio wykorzystać zbiory danych CRC i zapewnić, że nadal będą wykorzystywane, ale również dołożyliśmy starań, aby nowe konsorcja mogły czerpać z zebranej przez nas wiedzy. Nie wolno dopuścić do zmarnowania tak cennego zasobu”.

Słowa kluczowe

ADOPT BBMRI-ERIC, dane, biobank, kohorta CRC, kontrola jakości

Znajdź inne artykuły w tej samej dziedzinie zastosowania