Modele obliczeniowe w sygnalizowaniu komórkowym
Transmisja sygnału w obrębie komórki ma kluczowe znaczenie dla szlaków biologicznych i funkcji komórki w zdrowiu i chorobie. Aby zrozumieć, w jaki sposób komórki podejmują decyzje, ważne jest zrozumienie złożonej wzajemnej zależności między białkami. Celem projektu finansowanego przez UE "Obliczeniowa biologia systemowa sygnalizowania komórkowego" (Cosbics) było ustanowienie i zastosowanie nowatorskiej struktury obliczeniowej do analizy dynamicznych interakcji międzymolekularnych w obrębie komórek. Metoda modelowania użyta przez partnerów opierała się na modelach matematycznych do ilościowego prognozowania czasowo-przestrzennej odpowiedzi szlaków sygnalizowania i następującej ekspresji genów docelowych. Dokładniej, w projekcie zbadano dwa powszechne szlaki zaangażowane w raka (szlak Ras/Raf/MEK/ERK oraz JAK-STAT). Jednak narzędzia opracowane do analizy matematycznej mają charakter generyczny i mogłyby również znaleźć zastosowanie w innych projektach z zakresu biologii systemowej. Dodatkowo, mogłyby prognozować biochemiczne zachowanie szlaków w odpowiedzi na zakłócenia. Poprzez połączenie modelowania matematycznego z biologią, projekt Cosbics pozyskał nowe informacje na temat tego, jak te dwie centralne sieci komunikacyjne są niszczone w komórkach rakowych. Innym osiągnięciem było wygenerowanie bezcennego narzędzia naukowego do projektowania eksperymentów biologicznych w badaniach akademickich i przemysłowych.
