Molecular choreography of bacterial chemotaxis signalling

Projektinformationen

ChemoTaxi

ID Finanzhilfevereinbarung: 101021133

DOI

10.3030/101021133

EK-Unterschriftsdatum 22 Juni 2021

Startdatum 1 September 2021

Enddatum 31 August 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 781 133,00

EU-Beitrag

€ 1 781 133,00

Koordiniert durch

DIAMOND LIGHT SOURCE LIMITED
United Kingdom

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (26)

Neutral sphingomyelinase 2 is required for HIV-1 maturation

Autoren: Abdul A Waheed 1 , Yanan Zhu 2 , Eva Agostino 1 , Lwar Naing 1 , Yuta Hikichi 1 , Ferri Soheilian 3 , Seung-Wan Yoo 4 , Yun Song 5 , Peijun Zhang 2 5 6 , Barbara S Slusher 4 7 8 , Norman J Haughey 4 8 , Eric O Freed 1
Veröffentlicht in: PNAS, 2023, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2219475120

Structure of the native chemotaxis core signaling unit from phage E-protein lysed E. coli cells

Autoren: "C Keith Cassidy # 1 2 , Zhuan Qin # 3 , Thomas Frosio 1 , Khoosheh Gosink 4 , Zhengyi Yang 1 , Mark S P Sansom 5 , Phillip J Stansfeld 6 , John S Parkinson 4 , Peijun Zhang"
Veröffentlicht in: mBio, 2023, ISSN 2150-7511
Herausgeber: ASM
DOI: 10.1128/mbio.00793-23

A structural view of the SARS-CoV-2 virus and its assembly

Autoren: Hardenbrook N and Zhang P
Veröffentlicht in: Current Opinion in Virology, 2022, ISSN 1879-6265
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.coviro.2021.11.011

Cryogenic electron ptychographic single particle analysis with wide bandwidth information transfer

Autoren: Xudong Pei; Liqi Zhou; Chen Huang; Mark Boyce; Judy S. Kim; Emanuela Liberti; Yiming Hu; Takeo Sasaki; Peter D. Nellist; Peijun Zhang; David I. Stuart; Angus I. Kirkland; Peng Wang
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 1, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-38268-0

CryoEM structure of the super-constricted two-start dynamin 1 filament

Autoren: Liu J, Alvarez FJD, Clare DK, Noel JK, Zhang P
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-25741-x

ChAdOx1 COVID vaccines express RBD open prefusion SARS-CoV-2 spikes on the cell surface

Autoren: Tao Ni,1,7,9 Luiza Mendonça,1,8,9 Yanan Zhu,1,9 Andrew Howe,2 Julika Radecke,2 Pranav M. Shah,1,3 Yuewen Sheng,2 Anna-Sophia Krebs,1 Helen M.E. Duyvesteyn,1 Elizabeth Allen,4 Teresa Lambe,4,5 Cameron Bisset,4 Alexandra Spencer,4 Susan Morris,6 David I. Stuart,1,2,3,6 Sarah Gilbert,4,5,6 and Peijun Zhang1,2,3,10,∗
Veröffentlicht in: iScience, 2023, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Elsevier Inc
DOI: 10.1016/j.isci.2023.107882

IceBreaker: Software for high-resolution single-particle cryo-EM with non-uniform ice

Autoren: Olek M, Cowtan K, Webb D, Chaban Y, Zhang P
Veröffentlicht in: Structure, 2022, ISSN 0969-2126
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2022.01.005

The Effect of Inositol Hexakisphosphate on HIV-1 Particle Production and Infectivity can be Modulated by Mutations that Affect the Stability of the Immature Gag Lattice

Autoren: Alex B Kleinpeter 1 , Yanan Zhu 2 , Donna L Mallery 3 , Sherimay D Ablan 4 , Long Chen 2 , Nathan Hardenbrook 2 , Adolfo Saiardi 5 , Leo C James 6 , Peijun Zhang 7 , Eric O Freed 8
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, 2023, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2023.168037

Mechanisms of E. coli chemotaxis signaling pathways visualized using cryoET and computational approaches

Autoren: Hadjidemetriou K, Kaur S, Cassidy CK, Zhang P
Veröffentlicht in: Biochem Soc Trans, 2022, ISSN 1470-8752
Herausgeber: Biochemical Society
DOI: 10.1042/bst20220191

The molecular basis of regulation of bacterial capsule assembly by Wzc

Autoren: Yang Y, Liu J, Clarke BR, Seidel L, Bolla JR, Ward PN, Zhang P, Robinson CV, Whitfield C, Naismith JH
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-24652-1

Structure of native chromatin fibres revealed by Cryo-ET in situ

Autoren: Zhen Hou, Frank Nightingale, Yanan Zhu, Craig MacGregor-Chatwin & Peijun Zhang
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42072-1

Probing the biogenesis pathway and dynamics of thylakoid membranes

Autoren: Huokko T, Ni T, Dykes GF, Simpson DM, Brownridge P, Conradi FD, Beynon RJ, Nixon PJ, Mullineaux CW, Zhang P, Liu LN
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23680-1

Studying bacterial chemosensory array with CryoEM

Autoren: Qin Z, Zhang P
Veröffentlicht in: Biochem Soc Trans, 2021, ISSN 1470-8752
Herausgeber: Portland Press
DOI: 10.1042/bst20210080

Structure and assembly of cargo Rubisco in two native α-carboxysomes

Autoren: Ni T, Sun Y, Burn W, Al-Hazeem MMJ, Zhu Y, Yu X, Liu LN, Zhang P
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-32004-w

Cryo-electron tomography to study viral infection

Autoren: Miles Graham and Peijun Zhang
Veröffentlicht in: Biochem Soc Trans, 2023, ISSN 0300-5127
Herausgeber: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/bst20230103

Cryo-electron Tomography Remote Data Collection and Subtomogram Averaging

Autoren: Sheng Y, Morris K, Radecke J, Zhang P
Veröffentlicht in: JoVE, 2022, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/63923

Correlative multi-scale cryo-imaging unveils SARS-CoV-2 assembly and egress

Autoren: Mendonça L, Howe A, Gilchrist JB, Sheng Y, Sun D, Knight ML, Zanetti-Domingues LC, Bateman B, Krebs AS, Chen L, Radecke J, Li VD, Ni T, Kounatidis I, Koronfel MA, Szynkiewicz M, Harkiolaki M, Martin-Fernandez ML, James W, Zhang P
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-24887-y

Structure and activity of particulate methane monooxygenase arrays in methanotrophs

Autoren: Zhu Y, Koo CW, Cassidy CK, Spink MC, Ni T, Zanetti-Domingues LC, Bateman B, Martin-Fernandez ML, Shen J, Sheng Y, Song Y, Yang Z, Rosenzweig AC, Zhang P
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-32752-9

Structure of native HIV-1 cores and their interactions with IP6 and CypA

Autoren: Tao Ni 1 , Yanan Zhu 1 , Zhengyi Yang 2 , Chaoyi Xu 3 , Yuriy Chaban 2 , Tanya Nesterova 3 , Jiying Ning 4 , Till Böcking 5 , Michael W Parker 6 7 , Christina Monnie 4 , Jinwoo Ahn 4 , Juan R Perilla 3 , Peijun Zhang 1 2 8
Veröffentlicht in: Science advances, 2021, ISSN 2375-2548
Herausgeber: Science
DOI: 10.1126/sciadv.abj5715

Structural Analysis of Retrovirus Assembly and Maturation

Autoren: Anna-Sophia Krebs,1,† Luiza M. Mendonça,1,† and Peijun Zhang1,2,3,*
Veröffentlicht in: Viruses, 2022, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v14010054

Multidisciplinary studies with mutated HIV-1 capsid proteins reveal structural mechanisms of lattice stabilization

Autoren: Anna T. Gres,1,2 Karen A. Kirby,3,4 William M. McFadden,3 Haijuan Du,3 Dandan Liu,1,5 Chaoyi Xu,6 Alexander J. Bryer,6 Juan R. Perilla,6,7 Jiong Shi,8 Christopher Aiken,8 Xiaofeng Fu,9 Peijun Zhang,9,10,11 Ashwanth C. Francis,12,13 Gregory B. Melikyan,4,13 and Stefan G. Sarafianos
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-41197-7

Molecular architecture and conservation of an immature human endogenous retrovirus

Autoren: "Anna-Sophia Krebs # 1 , Hsuan-Fu Liu # 2 , Ye Zhou # 3 , Juan S Rey 4 , Lev Levintov 4 , Juan Shen 1 , Andrew Howe 5 , Juan R Perilla 6 , Alberto Bartesaghi 7 8 9 , Peijun Zhang 10 11 12"
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-40786-w

Intrinsically disordered CsoS2 acts as a general molecular thread for α-carboxysome shell assembly

Autoren: "Tao Ni,corresponding author#1,2 Qiuyao Jiang,#3 Pei Cing Ng,3 Juan Shen,1 Hao Dou,1 Yanan Zhu,1 Julika Radecke,4 Gregory F. Dykes,3 Fang Huang,3 Lu-Ning Liu,corresponding author3,5 and Peijun Zhangcorresponding author1,4,6"
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-41211-y

High-resolution in situ structure determination by cryo-electron tomography and subtomogram averaging using emClarity

Autoren: Ni T, Frosio T, Mendonça L, Sheng Y, Clare D, Himes BA, Zhang P
Veröffentlicht in: Nature Protocols, 2022, ISSN 1750-2799
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41596-021-00648-5

Recent structural advances in bacterial chemotaxis signalling

Autoren: Riechmann C, Zhang P
Veröffentlicht in: Curr Opin Struct Biol ., 2023, ISSN 1879-033X
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.sbi.2023.102565

Cryo-EM structures of perforin-2 in isolation and assembled on a membrane suggest a mechanism for pore formation

Autoren: Yu X, Ni T, Munson G, Zhang P, Gilbert RJC
Veröffentlicht in: The EMBO Journal, 2022, ISSN 1460-2075
Herausgeber: EMBO press
DOI: 10.15252/embj.2022111857

Conference proceedings (1)

Application of super-resolution and correlative double sampling in cryo-electron microscopy

Autoren: Sheng Y, Harrison PJ, Vogirala V, Yang Z, Strain-Damerell C, Frosio T, Himes BA, Siebert CA, Zhang P, Clare DK
Veröffentlicht in: Faraday Discussions, 2022
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2fd00049k