Opis projektu
Sieć regulatorowa genów programowanej śmierci komórek bielma skrobiowego kukurydzy
W ziarnie większość składników odżywczych przechowywana jest w wysoce wyspecjalizowanej tkance zapasowej zwanej bielmem skrobiowym. Rozwój bielma skrobiowego kończy się poprzez kontrolowany program śmierci komórek, ale wiedza na temat genetycznej regulacji programowanej śmierci komórek bielma skrobiowego jest zaskakująco niewielka. Zespół finansowanego ze środków UE projektu END-osperm zajmie się tą luką w wiedzy, badając sieć regulatorową genów programowanej śmierci komórek bielma skrobiowego kukurydzy zwyczajnej (Zea mays). Pracownik naukowy przeprowadzi sekwencjonowanie RNA pojedynczych jąder w połączeniu z transkryptomiką przestrzenną na pobranej tkance bielma w celu uzyskania profili transkryptomu i poznania przebiegu rozwoju w rozdzielczości pojedynczej komórki. Na podstawie profili ekspresji zespół wybierze do 20 potencjalnych czynników transkrypcyjnych związanych z programowaną śmiercią komórek i zbada je pod kątem fenotypów programowanej śmierci komórek w systemach przejściowej ekspresji.
Cel
Around 60% of our daily diet is directly derived from cereal grains. In the grain, most nutrients are stored in a highly specialized reserve tissue called the starchy endosperm (SE). SE development ends by the execution of a controlled cell death program (PCD), which leaves the nutrient-filled cell corpses largely intact. PCD has been proposed to be crucial for storage compound preservation, but despite this potential importance, surprisingly little is known on the genetic regulation of SE PCD. In this project, I hypothesise that cereal SE PCD is controlled by a gene regulatory network that I propose to investigate in maize (Zea mays). To this end, I will combine the extensive knowledge I acquired during my PhD on maize kernel development with the well-documented expertise of the host lab in plant PCD analysis. I will first determine the spatio-temporal pattern of SE PCD under the growth conditions of the host institute and characterise its subcellular features in detail by ultrastructural analyses. As SE PCD is not executed homogenously in time and space, I propose to perform then a single-nucleus RNA-seq combined with a spatial transcriptomics approach on dissected endosperm tissue in order to obtain transcriptome profiles and developmental trajectories with single-cell resolution. Based on their expression profiles, I will finally select up to 20 PCD-associated candidate transcription factors and screen them for gain-of-function PCD phenotypes in transient expression systems. Promising candidates will be functionally analysed in maize SE via gain- and loss-of-function approaches. In the resulting maize lines, I will investigate the changes in PCD progression and use them to assess the physiological relevance of a correct PCD execution in the SE. In sum, this project will generate the first functional insights on the gene regulatory networks of cereal SE PCD and will provide new leads for future agronomic applications.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
- medycyna i nauki o zdrowiunauki o zdrowiuodżywianie
- nauki rolniczerolnictwo, leśnictwo i rybołówstworolnictwoziarna i nasiona oleistezboża
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Koordynator
9052 ZWIJNAARDE - GENT
Belgia