Opis projektu
Nowa przestrzenna analiza transkryptomiczna w badaniach nad chorobą zwyrodnieniową stawów
Choroba zwyrodnieniowa stawów jest przewlekłym schorzeniem układu mięśniowo-szkieletowego wiążącym się z bólem, ograniczeniem ruchomości i niepełnosprawnością. Analiza multiomiczna i sekwencjonowanie RNA na poziomie pojedynczej komórki (ang. single-cell RNA sequencing) pozwoliły zidentyfikować zespoły komórek powiązanych z tym schorzeniem. Celem finansowanego przez UE projektu SpatialArth jest poznanie molekularnej etiopatogenezy i progresji choroby zwyrodnieniowej stawów przy użyciu nowej, przełomowej techniki, jaką jest transkryptomika przestrzenna. Transkryptomika przestrzenna umożliwia wizualizację i analizę ilościową transkryptomu z rozdzielczością przestrzenną bliską pojedynczej komórce w poszczególnych wycinkach tkanek. Połączenie sekwencjonowania wykorzystującego transkryptomikę przestrzenną z danymi dotyczącymi ekspresji białek w tkankach chrzęstnych i kostnych pozwoli na uzyskanie nowych informacji na temat profilu molekularnego jednostki kostno-chrzęstnej oraz zidentyfikowanie komórek powiązanych z patogenezą choroby zwyrodnieniowej stawów.
Cel
Osteoarthritis (OA) is the most prevalent chronic musculoskeletal disorder causing pain, morbidity and disability, giving rise to enormous healthcare expenditures and loss of work. The exact triggers and pathogenesis of OA are still poorly understood. Currently, there are no measures to slow down the progression of OA. Bulk tissue-based multi-omics and small-scale single cell RNA-seq studies focussing on chondrocytes and synoviocytes have identified novel cell clusters, supporting the hypothesis that OA is a disease of the whole joint. However, one of the key relevant tissues (bone) have not yet been studied. In addition, approaches to date have employed lengthy live cell extraction approaches that affect the transcriptome pattern. Finally, the spatial dimension of molecular changes in the osteochondral unit has not been studied to date. This work will fill this fundamental gap in our understanding of the molecular aetiopathogenesis and progression of OA by employing a novel cutting-edge technique, spatial transcriptomics (ST). ST acts like a high-throughput molecular microscope to allow visualisation and quantitative analysis of the transcriptome with spatial resolution in individual tissue sections, affording near-single cell resolution. SpatialArth will generate new knowledge on the molecular profile of the osteochondral unit and will identify with spatial resolution which cells are involved in the pathogenesis of OA. I will combine ST sequencing and protein expression data from cartilage and bone tissues from OA patients (matched tissues from intact and degraded regions of tibial plateau) and tissues derived from non-OA knee joints. Additionally, I will develop my computational genomics skillset, aiming to help fill the need for a much-needed next generation of interdisciplinary researchers. SpatialArth addresses several mandatory European Union calls - finding strategies supporting healthy and active aging and decreasing the economic burden on healthcare.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Koordynator
85764 Neuherberg
Niemcy