Characterizing ligand-protein interactions with a cryo-EM data-driven modeling approach

Informacje na temat projektu

CryoLigate

Identyfikator umowy o grant: 101107036

DOI

10.3030/101107036

Data podpisania przez KE 21 Kwietnia 2023

Data rozpoczęcia 1 Listopada 2023

Data zakończenia 31 Października 2025

Finansowanie w ramach

• Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)

Koszt całkowity

Brak danych

Wkład UE

€ 222 727,68

Koordynowany przez

KUNGLIGA TEKNISKA HOEGSKOLAN
Sweden

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Documents, reports (2)

Communication, Dissemination & Exploitation Plan

The plan describes the planned measures to maximize the impact of the project, including the dissemination and exploitation measures that are planned, and the target group(s) addressed. Regarding communication measures and public engagement strategy, the aim is to inform and reach out to society and show the activities performed, and the use and the benefits the project will have for citizens.

Data Management Plan

Data Management Plan Description: The Data Management Plan describes the data management life cycle for all data sets that will be collected, processed or generated by the action. It is a document describing what data will be collected, processed or generated and following what methodology and standards, whether and how this data will be shared and/or made open, and how it will be curated and preserved.

Publikacje

Peer reviewed articles (6)

Resolving the conformational ensemble of a membrane protein by integrating small-angle scattering with AlphaFold

Autorzy: Samuel Eriksson Lidbrink, Rebecca J. Howard, Nandan Haloi, Erik Lindahl
Opublikowane w: PLOS Computational Biology, Numer 21(7): e1013187, 2025, ISSN 1553-7358
Wydawca: PLOS
DOI: 10.1371/JOURNAL.PCBI.1013187

Structure and dynamics of differential ligand binding in the human ρ-type GABAA receptor

Autorzy: John Cowgill, Chen Fan, Nandan Haloi, Victor Tobiasson, Yuxuan Zhuang, Rebecca J. Howard, Erik Lindahl
Opublikowane w: Neuron, 2023, ISSN 1097-4199
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.neuron.2023.08.006

Discovering cryptic pocket opening and binding of a stimulant derivative in a vestibular site of the 5-HT _3A receptor

Autorzy: Nandan Haloi, Emelia Karlsson, Marc Delarue, Rebecca J. Howard, Erik Lindahl
Opublikowane w: Science Advances, Numer 11, 2025, ISSN 2375-2548
Wydawca: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/SCIADV.ADR0797

Interactive computational and experimental approaches improve the sensitivity of periplasmic binding protein-based nicotine biosensors for measurements in biofluids

Autorzy: Nandan Haloi, Shan Huang, Aaron L Nichols, Eve J Fine, Nicholas J Friesenhahn, Christopher B Marotta, Dennis A Dougherty, Erik Lindahl, Rebecca J Howard, Stephen L Mayo, Henry A Lester
Opublikowane w: Protein Engineering, Design and Selection, 2024, ISSN 1741-0134
Wydawca: oxford university press
DOI: 10.1093/protein/gzae003

Adaptive sampling–based structural prediction reveals opening of a GABA _A receptor through the αβ interface

Autorzy: Nandan Haloi, Samuel Eriksson Lidbrink, Rebecca J. Howard, Erik Lindahl
Opublikowane w: Science Advances, Numer 11, 2025, ISSN 2375-2548
Wydawca: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.adq3788

Cryo-EM ligand building using AlphaFold3-like model and molecular dynamics

Autorzy: Nandan Haloi, Rebecca J. Howard, Erik Lindahl
Opublikowane w: PLOS Computational Biology, Numer 21(8): e1013367, 2025, ISSN 1553-7358
Wydawca: plos
DOI: 10.1371/JOURNAL.PCBI.1013367