Opis projektu
Badanie interakcji między mikrobiomem jelitowym a gospodarzem
Mikrobiom jelitowy to skomplikowana społeczność mikroorganizmów, w tym bakterii, wirusów i grzybów, które zamieszkują przewód pokarmowy. Odgrywa on kluczową rolę w trawieniu, czynności układu odpornościowego i ogólnym stanie zdrowia, a istotnym aspektem jego działania są interakcje z komórkami gospodarza i wpływanie na procesy metaboliczne. Finansowany przez ERBN projekt CartoHostBug zakłada zbadanie interakcji między gospodarzem i mikrobiomem na poziomie komórkowym i molekularnym. Naukowcy zbadają skład transkrypcyjny i mikrobiom w ludzkich jelitach i mają nadzieję na określenie lokalnych nisz utworzonych przez określone mikroby i komórki gospodarza. Biorąc pod uwagę, że rozregulowanie mikrobiomu jelitowego jest powiązane z różnymi chorobami, takimi jak nieswoiste zapalenia jelit, rak jelita grubego i zaburzenia metaboliczne, wyniki projektu mogą pomóc w identyfikacji biomarkerów chorób.
Cel
Microbiome-host crosstalk is crucial for gut homeostasis and its dysregulation is a hallmark of diseases such as colorectal cancer (CRC) and inflammatory bowel disease (IBD). Despite its key relevance for a holistic understanding of the human superorganism and its (patho-)physiology, how local host-microbiome interactions form specific niches in the gut and how these niches function at the cellular and molecular level remains unexplored, mainly due to a lack of suitable technologies.
To fill this gap, we propose to jointly reconstruct the host transcriptional and microbiome compositional landscape of the human gut across a large number of healthy individuals as well as IBD and CRC patients. For this, we will leverage a combination of novel spatial profiling technologies for unbiased transcriptome sequencing and microbiome profiling at single-cell resolution in situ. First, we will spatially delineate local niches formed of specific microbes and host cells. To dissect this complex crosstalk into specific interactions, we will secondly use in vitro and in vivo models to introduce perturbations either on the host or the microbiome side. Finally, we will integrate the resulting data to deconvolute host-microbiome circuits computationally and to predict functional niches, in particular host responses to pathogens of relevance in IBD and CRC. Interesting predictions will be tested in organoid and animal models. Developing a spatially resolved computational model of the gut ecosystem will allow us to predict early local events in disease onset; from these we will identify and validate prognostic IBD and CRC biomarkers for future clinical translation.
This work will revolutionize our understanding of intestinal host-microbiome interactions by adding a first-ever functionally resolved spatial dimension with clinical relevance for the future diagnosis and treatment of intestinal disorders.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
- medycyna i nauki o zdrowiumedycyna klinicznafizjologiapatofizjologia
- nauki przyrodniczenauki o Ziemi i pokrewne nauki o środowiskugeografia fizycznakartografia
- medycyna i nauki o zdrowiumedycyna klinicznaonkologia
- nauki przyrodniczenauki biologicznemikrobiologia
- medycyna i nauki o zdrowiumedycyna klinicznafizjologiahomeostaza
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Program(-y)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Temat(-y)
System finansowania
HORIZON-ERC-SYG - HORIZON ERC Synergy GrantsInstytucja przyjmująca
17177 Stockholm
Szwecja