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Contenuto archiviato il 2024-05-27

SNPs of high utility within European commercial pig breeds

Obiettivo

Within the PigSNP project SNPs will be identified that are known to be segregating within commercial European pig breeds. Using the Solexa sequencing technique a representation of the genome is directly sequenced to high redundancy. This is achieved by digesting the DNA with a restriction enzyme and sequencing fragments within a specific size range (i.e. 250 bp). The strategy used is based on sequencing a mixture of the DNA from 5 individuals of a single commercial breed to 20 X depth. Furthermore, the use of 5 individuals per breed (10 haplotypes) will ensure the identification of SNPs with high minor allele frequencies. This approach ensures that SNPs identified will be informative within the commercial line and therefore will be useful not only in experimental QTL crosses but also for genomic selection in current commercial breeding lines. The combination of new generation sequence technology (Solexa) combined with WITHIN breed SNP identification of major SNPs is particular innovative and timely. The SNPs identified will be available to be included in high density SNP panels (within existing international ongoing collaborations) that will be used to genotype available commercial pig breeds. This will aid in the further fine mapping of previously identified QTL within these commercial crosses. Within the project we will use the identified SNPs for fine mapping 2-3 previously identified QTL on chromosomes 2 and 4 identified within an experimental MeishanxEuropean white cross and within a commercial finisher population respectively. Both populations have been used extensively for the identification of several QTL for fatness, carcass and meat quality traits. Within the project it is aimed to identify between 10 and 20 thousand SNPs each for 4 different commercial breeds. QTL fine mapping will be done using the Illumina Golden Gate assay.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Parole chiave

Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

FP7-PEOPLE-2007-2-1-IEF
Vedi altri progetti per questo bando

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

MC-IEF - Intra-European Fellowships (IEF)

Coordinatore

WAGENINGEN UNIVERSITY
Contributo UE
€ 169 965,20
Indirizzo
DROEVENDAALSESTEEG 4
6708 PB Wageningen
Paesi Bassi

Mostra sulla mappa

Regione
Oost-Nederland Gelderland Veluwe
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

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