CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.
Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .
Rezultaty
Build System with continuous integration, providing development snapshots of PhenoMeNal Virtual Machine Images
D7.1.1 Workshop 1 on best practices in handling sensitive human data, taking into account National and Institutional legal policies (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Workshop 1 on best practices in handling sensitive human data, taking into account National and Institutional legal policies
D9.5.2 Updated Data Processing Virtual Machine Image 2 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Updated Data Processing Virtual Machine Image 2
D9.5.1 Updated Preprocess Virtual Machine Image 1 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Updated Preprocess Virtual Machine Image 1
D7.1.2 Workshop 2 on best practices in handling sensitive human data, taking into account National and Institutional legal policies (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Workshop 2 on best practices in handling sensitive human data, taking into account National and Institutional legal policies
D8.4.2 Reference implementation guidelines and validation rules (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Reference implementation guidelines and validation rules
D3.4.2 Two training workshops on omics data deposition, grid processing, dissemination and access (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Two training workshops on omics data deposition, grid processing, dissemination and access.
D5.3 Operational grid/cloud allowing for combining data, tools, and compute VMIs. Most services available. Functional integration with EGI federated cloud/grid for compute resources. Demonstrated analysis on private/sensitive data in secure environment (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Operational grid/cloud allowing for combining data, tools, and compute VMIs. Most services available. Functional integration with EGI federated cloud/grid for compute resources. Demonstrated analysis on private/sensitive data in secure environment
D9.2.1 PhenoMeNal-Preprocess Virtual Machine Image 1 to enable data producers to locally process raw data into standard formats supported in PhenoMeNal (odnośnik otworzy się w nowym oknie)PhenoMeNal-Preprocess Virtual Machine Image 1 to enable data producers to locally process raw data into standard formats supported in PhenoMeNal
D5.2 A beta-version of PhenoMeNal integration VMI capable of proof- of-concept integration with other VMIs. Initial services online supporting PhenoMeNal data standards (odnośnik otworzy się w nowym oknie)A beta-version of PhenoMeNal integration VMI capable of proof- of-concept integration with other VMIs. Initial services online supporting PhenoMeNal data standards
D6.4 Participating Biobanks and repositories connected to the VRC (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Participating Biobanks and repositories connected to the VRC
D9.2.2 PhenoMeNal-Data Virtual Machine Image 2 to enable sharing and dissemination of standardised and processed omics data to participating online repositories, like MetaboLights (odnośnik otworzy się w nowym oknie)PhenoMeNal-Data Virtual Machine Image 2 to enable sharing and dissemination of standardised and processed omics data to participating online repositories, like MetaboLights
D8.4 Signal processing and analysis data exchange format (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Signal processing and analysis data exchange format
D8.4.1 Specifications for derived data matrices specifications and terminology for description of analysis and statistical results (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Specifications for derived data matrices specifications and terminology for description of analysis and statistical results
D8.3 nmrML, mzML data exchange formats and associated terminologies for instrument raw, with reference implementation guidelines and validation rules (odnośnik otworzy się w nowym oknie)nmrML, mzML data exchange formats and associated terminologies for instrument raw, with reference implementation guidelines and validation rules
D9.5.5 Updated Portal Virtual Machine Image 5 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Updated Portal Virtual Machine Image 5
D9.2.4 Compute Virtual Machine Image 4 to enable standardised compute capabilities for all the grid supplying partners (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Compute Virtual Machine Image 4 to enable standardised compute capabilities for all the grid supplying partners
D3.4.1 Two training workshops on omics data deposition, grid processing, dissemination and access (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Two training workshops on omics data deposition, grid processing, dissemination and access.
D9.2.3 Services Virtual Machine Image 3 to facilitate the PhenoMeNal toolsets and pipelines, both locally and in the grid (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Services Virtual Machine Image 3 to facilitate the PhenoMeNal toolsets and pipelines, both locally and in the grid
D9.5.4 Updated Compute Virtual Machine Image 4 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Updated Compute Virtual Machine Image 4
D5.4 A federated cloud/grid system running on partners’ infrastructures for public data and tools. All services available. Operational installation at ICL clinical site for decision support (odnośnik otworzy się w nowym oknie)A federated cloud/grid system running on partners’ infrastructures for public data and tools. All services available. Operational installation at ICL clinical site for decision support
D9.2.5 Portal Virtual Machine Image 5 that is capable of integrating other PhenoMeNal-VMIs (in local federated clouds) and make all functionality available via command-line, Web-APIs, and graphical user interfaces (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Portal Virtual Machine Image 5 that is capable of integrating other PhenoMeNal-VMIs (in local federated clouds) and make all functionality available via command-line, Web-APIs, and graphical user interfaces
D9.5.3 Updated Services Virtual Machine Image 3 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Updated Services Virtual Machine Image 3
D7.4 Process to extract maximum information from sensitive datasets with minimum compromise, in collaboration with BBMRI and BioMedBridges (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Workflows to extract maximum information from sensitive datasets with minimum compromise, in collaboration with BBMRI and BioMedBridges
D8.2 Modularized ISA model and format: biospecimen centric schema, corresponding xml schemas, reference implementation guidelines and validation rules (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Modularized ISA model and format: biospecimen centric schema, corresponding xml schemas, reference implementation guidelines and validation rules
Report API access to PhenoMeNal Resources
D4.2 Report describing the activity and output of working groups (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Establish and convene working groups involving the PhenoMeNal consortium as well as participants in other biomedical infrastructure and research projects. Report describing the activity and output of working groups.
D4.4 Report on State-of-The-Art and Perspectives in the field (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Report on State-of-The-Art and Perspectives in the field
D4.1Report on requirements for relevant research centers producing and/or consuming metabolomics data with respect to computational aspects, data storage, and infrastructural needs (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Reporting on requirements expressed/formalised by relevant biomedical infrastructures, both physical and electronic, with regard to data storage, retrieval, exchange, management and analysis.
D8.1 Report on community standards for reporting, access and integrity supported in the PhenoMeNal grid; to be disseminated in a dedicated BioSharing page and via the project website (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Report on community standards for reporting, access and integrity supported in the PhenoMeNal grid; to be disseminated in a dedicated BioSharing page and via the project website
D9.4 Updated report on existing software tools, workflows and analytical pipelines supported in PhenoMeNal (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Updated report on existing software tools, workflows and analytical pipelines supported in PhenoMeNal
D9.1 Report on existing software tools, workflows and analytical pipelines initially supported in the PhenoMeNal grid (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Report on existing software tools, workflows and analytical pipelines initially supported in the PhenoMeNal grid
D7.2 Report on policies and procedures for sensitive human data management (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Report on policies and procedures for sensitive human data management
D4.3 Consensus agreement document from the working groups (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Consensus agreement document from the working groups
Updated Data Management Plan
D1.5.2 Updated Data Management Plan (H2020 Open Research Data Pilot) (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Updated Data Management Plan
D1.5.1 Data Management Plan (H2020 Open Research Data Pilot) (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Develop, and update, the Data Management Plan
"Web-based Tutorial release 2 about ""Metabolomics Data Deposition and Analysis through PhenoMeNal”, in the form of video clips"
"D3.3.1 Web-based Tutorial release 1 about ""Metabolomics Data Deposition and Analysis through PhenoMeNal”, in the form of video clips" (odnośnik otworzy się w nowym oknie)"Web-based Tutorial release 1 about ""Metabolomics Data Deposition and Analysis through PhenoMeNal”, in the form of video clips"
D6.3 Online user feedback form (odnośnik otworzy się w nowym oknie)An Online feedback form will be available for user requests and initiate direct communication with interested parties.
D6.2 PhenoMeNal VRC (static) portal publicly available (odnośnik otworzy się w nowym oknie)PhenoMeNal VRC (static) portal publicly available
D6.5 Training and online tutorial for the general use of the PhenoMeNal (odnośnik otworzy się w nowym oknie)Training and online tutorial for the general use of the PhenoMeNal
Publikacje
Autorzy:
Mark D. Wilkinson, Susanna-Assunta Sansone, Erik Schultes, Peter Doorn, Luiz Olavo Bonino da Silva Santos, Michel Dumontier
Opublikowane w:
Scientific Data, Numer 5, 2018, Strona(/y) 180118, ISSN 2052-4463
Wydawca:
Nature Scientific Data
DOI:
10.1038/sdata.2018.118
Autorzy:
Antonio Rosato, Leonardo Tenori, Marta Cascante, Pedro Ramon De Atauri Carulla, Vitor A. P. Martins dos Santos, Edoardo Saccenti
Opublikowane w:
Metabolomics, Numer 14/4, 2018, ISSN 1573-3882
Wydawca:
Springer Verlag
DOI:
10.1007/s11306-018-1335-y
Autorzy:
Van Rijswijk, Merlijn; Beirnaert, Charlie; Caron, Christophe; Cascante, Marta; Dominguez, Victoria; Dunn, Warwick B.; Ebbels, Timothy M. D.; Giacomoni, Franck; Gonzalez-beltran, Alejandra; Hankemeier, Thomas; Haug, Kenneth; Izquierdo-garcia, Jose L.; Jimenez, Rafael C.; Jourdan, Fabien; Kale, Namrata; Klapa, Maria I.; Kohlbacher, Oliver; Koort, Kairi; Kultima, Kim; Le Corguillé, Gildas; Moreno, P
Opublikowane w:
F1000Research, 6, Numer 8, 2017, ISSN 2046-1402
Wydawca:
F1000 Research Ltd.
DOI:
10.17863/CAM.17780
Autorzy:
Lifeng Ye, Maria De Iorio, Timothy M. D. Ebbels
Opublikowane w:
Metabolomics, Numer 14/5, 2018, ISSN 1573-3882
Wydawca:
Springer Verlag
DOI:
10.1007/s11306-018-1351-y
Autorzy:
Rico Rueedi, Roger Mallol, Johannes Raffler, David Lamparter, Nele Friedrich, Peter Vollenweider, Gérard Waeber, Gabi Kastenmüller, Zoltán Kutalik, Sven Bergmann
Opublikowane w:
PLOS Computational Biology, Numer 13/12, 2017, Strona(/y) e1005839, ISSN 1553-7358
Wydawca:
PLOS
DOI:
10.1371/journal.pcbi.1005839
Autorzy:
Maxime Chazalviel, Clément Frainay, Nathalie Poupin, Florence Vinson, Benjamin Merlet, Yoann Gloaguen, Ludovic Cottret, Fabien Jourdan
Opublikowane w:
Bioinformatics, Numer 34/2, 2017, Strona(/y) 312-313, ISSN 1367-4803
Wydawca:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btx588
Autorzy:
Linda S. L. Tan, Ajay Jasra, Maria De Iorio, Timothy M. D. Ebbels
Opublikowane w:
The Annals of Applied Statistics, Numer 11/4, 2017, Strona(/y) 2222-2251, ISSN 1932-6157
Wydawca:
Institute of Mathematical Statistics
DOI:
10.1214/17-AOAS1076
Autorzy:
Panteleimon G. Takis, Hartmut Schäfer, Manfred Spraul, Claudio Luchinat
Opublikowane w:
Nature Communications, Numer 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Wydawca:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-017-01587-0
Autorzy:
Stephanie Herman, Payam Emami Khoonsari, Obaid Aftab, Shibu Krishnan, Emil Strömbom, Rolf Larsson, Ulf Hammerling, Ola Spjuth, Kim Kultima, Mats Gustafsson
Opublikowane w:
Metabolomics, Numer 13/7, 2017, ISSN 1573-3882
Wydawca:
Springer Verlag
DOI:
10.1007/s11306-017-1213-z
Autorzy:
Spicer, Rachel; Salek, RM; Moreno, P; Cañueto, C; Steinbeck, C
Opublikowane w:
Metabolomics, Numer 5, 2017, ISSN 1573-3882
Wydawca:
Springer Verlag
DOI:
10.17863/CAM.13427
Autorzy:
Maria Caracausi, Veronica Ghini, Chiara Locatelli, Martina Mericio, Allison Piovesan, Francesca Antonaros, Maria Chiara Pelleri, Lorenza Vitale, Rosa Anna Vacca, Federica Bedetti, Maria Chiara Mimmi, Claudio Luchinat, Paola Turano, Pierluigi Strippoli, Guido Cocchi
Opublikowane w:
Scientific Reports, Numer 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Wydawca:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-018-20834-y
Autorzy:
Nils ePaulhe; Benjamin eMerlet; Yoann eGloaguen; Clément eFrainay; Nathalie ePoupin; Fabien eJourdan; Maxime eChazalviel; Florence eVinson; Franck eGiacomoni
Opublikowane w:
Frontiers in Molecular Biosciences, Vol 3 (2016), Numer 3, 2016, ISSN 2296-889X
Wydawca:
Holtzbrinck Publishing Group
DOI:
10.3389/fmolb.2016.00002
Autorzy:
Edoardo Saccenti, Giulia Menichetti, Veronica Ghini, Daniel Remondini, Leonardo Tenori, Claudio Luchinat
Opublikowane w:
Journal of Proteome Research, Numer 15/9, 2016, Strona(/y) 3298-3307, ISSN 1535-3893
Wydawca:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.jproteome.6b00454
Autorzy:
Kenneth Haug, Reza M Salek, Christoph Steinbeck
Opublikowane w:
Current Opinion in Chemical Biology, Numer 36, 2017, Strona(/y) 58-63, ISSN 1367-5931
Wydawca:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.cbpa.2016.12.024
Autorzy:
Benjamin J. Blaise, Gonçalo Correia, Adrienne Tin, J. Hunter Young, Anne-Claire Vergnaud, Matthew Lewis, Jake T. M. Pearce, Paul Elliott, Jeremy K. Nicholson, Elaine Holmes, Timothy M. D. Ebbels
Opublikowane w:
Analytical Chemistry, Numer 88/10, 2016, Strona(/y) 5179-5188, ISSN 0003-2700
Wydawca:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.analchem.6b00188
Autorzy:
Philippe Rocca-Serra, Reza M. Salek, Masanori Arita, Elon Correa, Saravanan Dayalan, Alejandra Gonzalez-Beltran, Tim Ebbels, Royston Goodacre, Janna Hastings, Kenneth Haug, Albert Koulman, Macha Nikolski, Matej Oresic, Susanna-Assunta Sansone, Daniel Schober, James Smith, Christoph Steinbeck, Mark R. Viant, Steffen Neumann
Opublikowane w:
Metabolomics, Numer 12/1, 2016, ISSN 1573-3882
Wydawca:
Springer Verlag
DOI:
10.1007/s11306-015-0879-3
Autorzy:
Ibrahim Karaman, Diana L. S. Ferreira, Claire L. Boulangé, Manuja R. Kaluarachchi, David Herrington, Anthony C. Dona, Raphaële Castagné, Alireza Moayyeri, Benjamin Lehne, Marie Loh, Paul S. de Vries, Abbas Dehghan, Oscar H. Franco, Albert Hofman, Evangelos Evangelou, Ioanna Tzoulaki, Paul Elliott, John C. Lindon, Timothy M. D. Ebbels
Opublikowane w:
Journal of Proteome Research, Numer 15/12, 2016, Strona(/y) 4188-4194, ISSN 1535-3893
Wydawca:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.jproteome.6b00125
Autorzy:
Vitaly A. Selivanov, Adrián Benito, Anibal Miranda, Esther Aguilar, Ibrahim Halil Polat, Josep J. Centelles, Anusha Jayaraman, Paul W. N. Lee, Silvia Marin, Marta Cascante
Opublikowane w:
BMC Bioinformatics, Numer 18/1, 2017, ISSN 1471-2105
Wydawca:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-017-1513-3
Autorzy:
Anita Bandrowski, Ryan Brinkman, Mathias Brochhausen, Matthew H. Brush, Bill Bug, Marcus C. Chibucos, Kevin Clancy, Mélanie Courtot, Dirk Derom, Michel Dumontier, Liju Fan, Jennifer Fostel, Gilberto Fragoso, Frank Gibson, Alejandra Gonzalez-Beltran, Melissa A. Haendel, Yongqun He, Mervi Heiskanen, Tina Hernandez-Boussard, Mark Jensen, Yu Lin, Allyson L. Lister, Phillip Lord, James Malone, Elisabe
Opublikowane w:
PLOS ONE, Numer 11/4, 2016, Strona(/y) e0154556, ISSN 1932-6203
Wydawca:
Public Library of Science
DOI:
10.1371/journal.pone.0154556
Autorzy:
Stefano Cacciatore, Leonardo Tenori, Claudio Luchinat, Phillip R. Bennett, David A. MacIntyre
Opublikowane w:
Bioinformatics, 2016, Strona(/y) btw705, ISSN 1367-4803
Wydawca:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btw705
Autorzy:
Panteleimon G. Takis, Leonardo Tenori, Enrico Ravera, Claudio Luchinat
Opublikowane w:
Analytical Chemistry, Numer 89/2, 2017, Strona(/y) 1054-1058, ISSN 0003-2700
Wydawca:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.analchem.6b04318
Wyszukiwanie danych OpenAIRE...
Podczas wyszukiwania danych OpenAIRE wystąpił błąd
Brak wyników