'Tissue is the issue': a multi-omics approach to improve prostate cancer diagnosis

Projektinformationen

ProstOmics

ID Finanzhilfevereinbarung: 758306

DOI

10.3030/758306

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 23 Januar 2018

Startdatum 1 Februar 2018

Enddatum 30 September 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 500 000,00

EU-Beitrag

€ 1 500 000,00

Koordiniert durch

NORGES TEKNISK-NATURVITENSKAPELIGE UNIVERSITET NTNU
Norway

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Veröffentlichungen

Conference proceedings (3)

A0948 - Multiomics spatial mapping of lipid metabolism in prostate cancer

Autoren: M.K. Andersen, S. Krossa, M. Elise, T. Viset, Ø. Størkersen, G.F. Giskeødegård, M.B. Rye, M-B. Tessem
Veröffentlicht in: European Urology, Ausgabe 1, 2022
Herausgeber: Elsevier

A0942 - DNA methylation aberrations predicts recurrence both in tumor and normal appearing prostate tissue

Autoren: C. Pedersen, E. Midtbust, S. Krossa, M.K. Andersen, T. Viset, Ø. Størkersen, G.F. Giskeødegård, M.B. Rye, M-B. Tessem
Veröffentlicht in: European Urology, Ausgabe 1, 2022
Herausgeber: Elsevier

A0950 - Inflammatory chemokines upregulated in the tumor microenvironment of prostate cancer patients experiencing relapse after radical prostatectomy

Autoren: S. Krossa, M.K. Andersen, E. Midtbust, T. Viset, Ø. Størkersen, G.F. Giskeødegård, M.B. Rye, M-B. Tessem,
Veröffentlicht in: European Urology, Ausgabe 1, 2022
Herausgeber: Elsivier

Peer reviewed articles (19)

A0950 - Inflammatory chemokines upregulated in the tumor microenvironment of prostate cancer patients experiencing relapse after radical prostatectomy

Autoren: S. Krossa, M.K. Andersen, E. Midtbust, T. Viset, Ø. Størkersen, G.F. Giskeødegård, M.B. Rye, M-B. Tessem,
Veröffentlicht in: European Urology, 2022, ISSN 0302-2838
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/s0302-2838(22)01025-9

Spatial transcriptomics reveals strong association between SFRP4 and extracellular matrix remodeling in prostate cancer

Autoren: Maria K. Andersen, Sebastian Krossa, Elise Midtbust, Christine A. Pedersen, Maximilian Wess, Therese S. Høiem, Trond Viset, Øystein Størkersen, Ingunn Nervik, Elise Sandsmark, Helena Bertilsson, Guro F. Giskeødegård, Morten B. Rye, May-Britt Tessem
Veröffentlicht in: Communications Biology, Ausgabe 7, 2024, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Nature portfolio
DOI: 10.1038/s42003-024-07161-x

DNA methylation changes in response to neoadjuvant chemotherapy are associated with breast cancer survival

Autoren: Christine Aaserød Pedersen; Maria Dung Cao; Thomas Fleischer; Morten B. Rye; Stian Knappskog; Hans Petter Eikesdal; Per Eystein Lønning; Jörg Tost; Vessela N. Kristensen; May-Britt Tessem; Guro F. Giskeødegård; Tone F. Bathen
Veröffentlicht in: Breast cancer Research, Ausgabe 1, 2022, ISSN 1465-542X
Herausgeber: Springer NAture
DOI: 10.1186/s13058-022-01537-9

FunHoP: Enhanced Visualization and Analysis of Functionally Homologous Proteins in Complex Metabolic Networks

Autoren: Kjersti Rise, May-Britt Tessem, Finn Drabløs, Morten B. Rye
Veröffentlicht in: Genomics, Proteomics & Bioinformatics, Ausgabe 19, 2024, Seite(n) 848-859, ISSN 1672-0229
Herausgeber: Kexue Chubaneshe/Science Press
DOI: 10.1016/j.gpb.2021.03.003

The genes controlling normal function of citrate and spermine secretion are lost in aggressive prostate cancer and prostate model systems

Autoren: Morten Beck Rye, Sebastian Krossa, Martina Hall, Casper van Mourik, Tone F. Bathen, Finn Drabløs, May-Britt Tessem, Helena Bertilsson,
Veröffentlicht in: iScience, 2022, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.isci.2022.104451

Spatial integration of multi-omics data from serial sections using the novel Multi-Omics Imaging Integration Toolset

Autoren: Maximilian Wess, Maria K Andersen, Elise Midtbust, Juan Carlos Cabellos Guillem, Trond Viset, Øystein Størkersen, Sebastian Krossa, Morten Beck Rye, May-Britt Tessem
Veröffentlicht in: GigaScience, Ausgabe 14, 2025, ISSN 2047-217X
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/gigascience/giaf035

Prediction of recurrence from metabolites and expression of TOP2A and EZH2 in prostate cancer patients treated with radiotherapy

Autoren: Ailin Falkmo Hansen; Therese Stork Høiem; Kirsten Margrete Selnæs; Anna Mary Bofin; Øystein Størkersen; Helena Bertilsson; Alan J. Wright; Guro Fanneløb Giskeødegård; Tone Frost Bathen; Morten Beck Rye; May‐Britt Tessem
Veröffentlicht in: NMR Biomed, Ausgabe 1, 2022, ISSN 0952-3480
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/nbm.4694

Spatial differentiation of metabolism in prostate cancer tissue by MALDI-TOF MSI

Autoren: Maria K. Andersen, Therese S. Høiem, Britt S. R. Claes, Benjamin Balluff, Marta Martin-Lorenzo, Elin Richardsen, Sebastian Krossa, Helena Bertilsson, Ron M. A. Heeren, Morten B. Rye, Guro F. Giskeødegård, Tone F. Bathen, May-Britt Tessem
Veröffentlicht in: Cancer & Metabolism, Ausgabe 9/1, 2021, ISSN 2049-3002
Herausgeber: BMC Springer NAture
DOI: 10.1186/s40170-021-00242-z

A simple preparation protocol for shipping and storage of tissue sections for laser ablation-inductively coupled plasma-mass spectrometry imaging

Autoren: Rebecca Buchholz, Sebastian Krossa, Maria K Andersen, Michael Holtkamp, Michael Sperling, Uwe Karst, May-Britt Tessem
Veröffentlicht in: Metallomics, Ausgabe 17565901, 2022, ISSN 1756-5901
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1093/mtomcs/mfac013

A0948 - Multiomics spatial mapping of lipid metabolism in prostate cancer

Autoren: M.K. Andersen, S. Krossa, M. Elise, T. Viset, Ø. Størkersen, G.F. Giskeødegård, M.B. Rye, M-B. Tessem
Veröffentlicht in: European Urology, 2022, ISSN 0302-2838
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/s0302-2838(22)01023-5

FunHoP analysis reveals upregulation of mitochondrial genes in prostate cancer

Autoren: Kjersti Rise; May-Britt Tessem; Finn Drabløs; Morten Beck Rye
Veröffentlicht in: e0275621-?, Ausgabe 1, 2022, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0275621

Single cell and spatial transcriptomics highlight the interaction of club-like cells with immunosuppressive myeloid cells in prostate cancer

Autoren: Antti Kiviaho, Sini K. Eerola, Heini M. L. Kallio, Maria K. Andersen, Miina Hoikka, Aliisa M. Tiihonen, Iida Salonen, Xander Spotbeen, Alexander Giesen, Charles T. A. Parker, Sinja Taavitsainen, Olli Hantula, Mikael Marttinen, Ismaïl Hermelo, Mazlina Ismail, Elise Midtbust, Maximilian Wess, Wout Devlies, Abhibhav Sharma, Sebastian Krossa, Tomi Häkkinen, Ebrahim Afyounian, Katy Vandereyken, Sam K
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-54364-1

Integrative metabolic and transcriptomic profiling of prostate cancer tissue containing reactive stroma

Autoren: Maria K. Andersen, Kjersti Rise, Guro F. Giskeødegård, Elin Richardsen, Helena Bertilsson, Øystein Størkersen, Tone F. Bathen, Morten Rye, May-Britt Tessem
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-32549-1

The effect of sampling procedures and day-to-day variations in metabolomics studies of biofluids

Autoren: Guro F. Giskeødegård, Trygve Andreassen, Helena Bertilsson, May-Britt Tessem, Tone F. Bathen
Veröffentlicht in: Analytica Chimica Acta, Ausgabe 1081, 2019, Seite(n) 93-102, ISSN 0003-2670
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.aca.2019.07.026

NMR-based metabolomics of biofluids in cancer

Autoren: Guro F. Giskeødegård, Torfinn S. Madssen, Leslie R. Euceda, May-Britt Tessem, Siver A. Moestue, Tone F. Bathen
Veröffentlicht in: NMR in Biomedicine, 2018, Seite(n) e3927, ISSN 0952-3480
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/nbm.3927

Simultaneous Detection of Zinc and Its Pathway Metabolites Using MALDI MS Imaging of Prostate Tissue

Autoren: Maria K. Andersen, Sebastian Krossa, Therese S. Høiem, Rebecca Buchholz, Britt S. R. Claes, Benjamin Balluff, Shane R. Ellis, Elin Richardsen, Helena Bertilsson, Ron M. A. Heeren, Tone F. Bathen, Uwe Karst, Guro F. Giskeødegård, May-Britt Tessem
Veröffentlicht in: Analytical Chemistry, Ausgabe 92/4, 2020, Seite(n) 3171-3179, ISSN 0003-2700
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.9b04903

Metabolic alterations in tissues and biofluids of patients with prostate cancer

Autoren: Maria K. Andersen, Guro F. Giskeødegård, May-Britt Tessem
Veröffentlicht in: Current Opinion in Endocrine and Metabolic Research, Ausgabe 10, 2020, Seite(n) 23-28, ISSN 2451-9650
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.coemr.2020.02.003

An optimized MALDI MSI protocol for spatial detection of tryptic peptides in fresh frozen prostate tissue

Autoren: Therese S. Høiem; Maria K. Andersen; Marta Martin‐Lorenzo; Rémi Longuespée; Britt S.R. Claes; Anna Nordborg; Frédéric Dewez; Benjamin Balluff; Marco Giampà; Animesh Sharma; Lars Hagen; Ron M.A. Heeren; Tone F. Bathen; Guro F. Giskeødegård; Sebastian Krossa; May‐Britt Tessem
Veröffentlicht in: VOLUME=22;ISSUE=10;ISSN=1615-9853;TITLE=Proteomics, Ausgabe 1, 2022, ISSN 1615-9853
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202100223

A0942 - DNA methylation aberrations predicts recurrence both in tumor and normal appearing prostate tissue

Autoren: C. Pedersen, E. Midtbust, S. Krossa, M.K. Andersen, T. Viset, Ø. Størkersen, G.F. Giskeødegård, M.B. Rye, M-B. Tessem
Veröffentlicht in: European Urology, 2022, ISSN 0302-2838
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/s0302-2838(22)01017-x

Book chapters (3)

Sample Preparation for Metabolite Detection in Mass Spectrometry Imaging

Autoren: Maria K. Andersen, Marco Giampà, Elise Midtbust, Therese S. Høiem, Sebastian Krossa, May-Britt Tessem
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology, Imaging Mass Spectrometry, 2023, Seite(n) 135-146
Herausgeber: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3319-9_12

Biomarker Discovery Using NMR-Based Metabolomics of Tissue

Autoren: Maria T. Grinde, Guro F. Giskeødegård, Trygve Andreassen, May-Britt Tessem, Tone F. Bathen, Siver A. Moestue
Veröffentlicht in: NMR-Based Metabolomics - Methods and Protocols, Ausgabe 2037, 2019, Seite(n) 243-262, ISBN 978-1-4939-9689-6
Herausgeber: Springer New York
DOI: 10.1007/978-1-4939-9690-2_15

NMR-Based Prostate Cancer Metabolomics

Autoren: Leslie R. Euceda, Maria K. Andersen, May-Britt Tessem, Siver A. Moestue, Maria T. Grinde, Tone F. Bathen
Veröffentlicht in: Prostate Cancer, Ausgabe 1786, 2018, Seite(n) 237-257, ISBN 978-1-4939-7843-4
Herausgeber: Springer New York
DOI: 10.1007/978-1-4939-7845-8_14

Other (4)

Additional file 1 of DNA methylation changes in response to neoadjuvant chemotherapy are associated with breast cancer survival

Autoren: Pedersen, Christine Aaserød; Cao, Maria Dung; Fleischer, Thomas; Rye, Morten B.; Knappskog, Stian; Eikesdal, Hans Petter; Lønning, Per Eystein; Tost, Jörg; Kristensen, Vessela N.; Tessem, May-Britt; Giskeødegård, Guro F.; Bathen, Tone F.
Veröffentlicht in: Breast Cancer Research, Ausgabe 2, 2022, ISSN 1465-542X
Herausgeber: Springe Nature
DOI: 10.6084/m9.figshare.20155587

Spatial Integration of Multi-Omics Data using the novel Multi-Omics Imaging Integration Toolset

Autoren: Maximillian Wess, Maria K. Andersen, Elise Midtbust, Juan Carlos Cabellos Guillem, Trond Viset, Øystein Størkersen, Sebastian Krossa, Morten Beck Rye, May-Britt Tessem
Veröffentlicht in: Bioarchive-the preprint of biology, 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.06.11.598306

Additional file 1 of Spatial differentiation of metabolism in prostate cancer tissue by MALDI-TOF MSI

Autoren: Andersen, Maria K.; Høiem, Therese S.; Claes, Britt S. R.; Balluff, Benjamin; Martin-Lorenzo, Marta; Richardsen, Elin; Krossa, Sebastian; Bertilsson, Helena; Heeren, Ron M. A.; Rye, Morten B.; Giskeødegård, Guro F.; Bathen, Tone F.; May-Britt Tessem
Veröffentlicht in: CAncer and metabolism, Ausgabe 1, 2021, ISSN 2049-3002
Herausgeber: Springer NAture
DOI: 10.6084/m9.figshare.13668033.v1

Deep phenotyping of the prostate tumor microenvironment reveals molecular stratifiers of relapse linked to inflammatory chemokine expression and aberrant metabolism

Autoren: Sebastian Krossa, Maria K. Andersen, Elise Midtbust, Maximilian Wess, Antti Kiviaho, Abhibhav Sharma, Trond Viset, Øystein Størkersen, Guro F. Giskeødegård, Matti Nykter, Alfonso Urbanucci, Morten B. Rye, May-Britt Tessem
Veröffentlicht in: Bioarchives-the preprent server for biology, 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.05.13.593822