'Tissue is the issue': a multi-omics approach to improve prostate cancer diagnosis

Informacje na temat projektu

ProstOmics

Identyfikator umowy o grant: 758306

DOI

10.3030/758306

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 23 Stycznia 2018

Data rozpoczęcia 1 Lutego 2018

Data zakończenia 30 Września 2024

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 500 000,00

Wkład UE

€ 1 500 000,00

Koordynowany przez

NORGES TEKNISK-NATURVITENSKAPELIGE UNIVERSITET NTNU
Norway

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Conference proceedings (3)

A0948 - Multiomics spatial mapping of lipid metabolism in prostate cancer

Autorzy: M.K. Andersen, S. Krossa, M. Elise, T. Viset, Ø. Størkersen, G.F. Giskeødegård, M.B. Rye, M-B. Tessem
Opublikowane w: European Urology, Numer 1, 2022
Wydawca: Elsevier

A0942 - DNA methylation aberrations predicts recurrence both in tumor and normal appearing prostate tissue

Autorzy: C. Pedersen, E. Midtbust, S. Krossa, M.K. Andersen, T. Viset, Ø. Størkersen, G.F. Giskeødegård, M.B. Rye, M-B. Tessem
Opublikowane w: European Urology, Numer 1, 2022
Wydawca: Elsevier

A0950 - Inflammatory chemokines upregulated in the tumor microenvironment of prostate cancer patients experiencing relapse after radical prostatectomy

Autorzy: S. Krossa, M.K. Andersen, E. Midtbust, T. Viset, Ø. Størkersen, G.F. Giskeødegård, M.B. Rye, M-B. Tessem,
Opublikowane w: European Urology, Numer 1, 2022
Wydawca: Elsivier

Peer reviewed articles (19)

A0950 - Inflammatory chemokines upregulated in the tumor microenvironment of prostate cancer patients experiencing relapse after radical prostatectomy

Autorzy: S. Krossa, M.K. Andersen, E. Midtbust, T. Viset, Ø. Størkersen, G.F. Giskeødegård, M.B. Rye, M-B. Tessem,
Opublikowane w: European Urology, 2022, ISSN 0302-2838
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/s0302-2838(22)01025-9

Spatial transcriptomics reveals strong association between SFRP4 and extracellular matrix remodeling in prostate cancer

Autorzy: Maria K. Andersen, Sebastian Krossa, Elise Midtbust, Christine A. Pedersen, Maximilian Wess, Therese S. Høiem, Trond Viset, Øystein Størkersen, Ingunn Nervik, Elise Sandsmark, Helena Bertilsson, Guro F. Giskeødegård, Morten B. Rye, May-Britt Tessem
Opublikowane w: Communications Biology, Numer 7, 2024, ISSN 2399-3642
Wydawca: Nature portfolio
DOI: 10.1038/s42003-024-07161-x

DNA methylation changes in response to neoadjuvant chemotherapy are associated with breast cancer survival

Autorzy: Christine Aaserød Pedersen; Maria Dung Cao; Thomas Fleischer; Morten B. Rye; Stian Knappskog; Hans Petter Eikesdal; Per Eystein Lønning; Jörg Tost; Vessela N. Kristensen; May-Britt Tessem; Guro F. Giskeødegård; Tone F. Bathen
Opublikowane w: Breast cancer Research, Numer 1, 2022, ISSN 1465-542X
Wydawca: Springer NAture
DOI: 10.1186/s13058-022-01537-9

FunHoP: Enhanced Visualization and Analysis of Functionally Homologous Proteins in Complex Metabolic Networks

Autorzy: Kjersti Rise, May-Britt Tessem, Finn Drabløs, Morten B. Rye
Opublikowane w: Genomics, Proteomics & Bioinformatics, Numer 19, 2024, Strona(/y) 848-859, ISSN 1672-0229
Wydawca: Kexue Chubaneshe/Science Press
DOI: 10.1016/j.gpb.2021.03.003

The genes controlling normal function of citrate and spermine secretion are lost in aggressive prostate cancer and prostate model systems

Autorzy: Morten Beck Rye, Sebastian Krossa, Martina Hall, Casper van Mourik, Tone F. Bathen, Finn Drabløs, May-Britt Tessem, Helena Bertilsson,
Opublikowane w: iScience, 2022, ISSN 2589-0042
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.isci.2022.104451

Spatial integration of multi-omics data from serial sections using the novel Multi-Omics Imaging Integration Toolset

Autorzy: Maximilian Wess, Maria K Andersen, Elise Midtbust, Juan Carlos Cabellos Guillem, Trond Viset, Øystein Størkersen, Sebastian Krossa, Morten Beck Rye, May-Britt Tessem
Opublikowane w: GigaScience, Numer 14, 2025, ISSN 2047-217X
Wydawca: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/gigascience/giaf035

Prediction of recurrence from metabolites and expression of TOP2A and EZH2 in prostate cancer patients treated with radiotherapy

Autorzy: Ailin Falkmo Hansen; Therese Stork Høiem; Kirsten Margrete Selnæs; Anna Mary Bofin; Øystein Størkersen; Helena Bertilsson; Alan J. Wright; Guro Fanneløb Giskeødegård; Tone Frost Bathen; Morten Beck Rye; May‐Britt Tessem
Opublikowane w: NMR Biomed, Numer 1, 2022, ISSN 0952-3480
Wydawca: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/nbm.4694

Spatial differentiation of metabolism in prostate cancer tissue by MALDI-TOF MSI

Autorzy: Maria K. Andersen, Therese S. Høiem, Britt S. R. Claes, Benjamin Balluff, Marta Martin-Lorenzo, Elin Richardsen, Sebastian Krossa, Helena Bertilsson, Ron M. A. Heeren, Morten B. Rye, Guro F. Giskeødegård, Tone F. Bathen, May-Britt Tessem
Opublikowane w: Cancer & Metabolism, Numer 9/1, 2021, ISSN 2049-3002
Wydawca: BMC Springer NAture
DOI: 10.1186/s40170-021-00242-z

A simple preparation protocol for shipping and storage of tissue sections for laser ablation-inductively coupled plasma-mass spectrometry imaging

Autorzy: Rebecca Buchholz, Sebastian Krossa, Maria K Andersen, Michael Holtkamp, Michael Sperling, Uwe Karst, May-Britt Tessem
Opublikowane w: Metallomics, Numer 17565901, 2022, ISSN 1756-5901
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1093/mtomcs/mfac013

A0948 - Multiomics spatial mapping of lipid metabolism in prostate cancer

Autorzy: M.K. Andersen, S. Krossa, M. Elise, T. Viset, Ø. Størkersen, G.F. Giskeødegård, M.B. Rye, M-B. Tessem
Opublikowane w: European Urology, 2022, ISSN 0302-2838
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/s0302-2838(22)01023-5

FunHoP analysis reveals upregulation of mitochondrial genes in prostate cancer

Autorzy: Kjersti Rise; May-Britt Tessem; Finn Drabløs; Morten Beck Rye
Opublikowane w: e0275621-?, Numer 1, 2022, ISSN 1932-6203
Wydawca: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0275621

Single cell and spatial transcriptomics highlight the interaction of club-like cells with immunosuppressive myeloid cells in prostate cancer

Autorzy: Antti Kiviaho, Sini K. Eerola, Heini M. L. Kallio, Maria K. Andersen, Miina Hoikka, Aliisa M. Tiihonen, Iida Salonen, Xander Spotbeen, Alexander Giesen, Charles T. A. Parker, Sinja Taavitsainen, Olli Hantula, Mikael Marttinen, Ismaïl Hermelo, Mazlina Ismail, Elise Midtbust, Maximilian Wess, Wout Devlies, Abhibhav Sharma, Sebastian Krossa, Tomi Häkkinen, Ebrahim Afyounian, Katy Vandereyken, Sam K
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 15, 2024, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-54364-1

Integrative metabolic and transcriptomic profiling of prostate cancer tissue containing reactive stroma

Autorzy: Maria K. Andersen, Kjersti Rise, Guro F. Giskeødegård, Elin Richardsen, Helena Bertilsson, Øystein Størkersen, Tone F. Bathen, Morten Rye, May-Britt Tessem
Opublikowane w: Scientific Reports, Numer 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-32549-1

The effect of sampling procedures and day-to-day variations in metabolomics studies of biofluids

Autorzy: Guro F. Giskeødegård, Trygve Andreassen, Helena Bertilsson, May-Britt Tessem, Tone F. Bathen
Opublikowane w: Analytica Chimica Acta, Numer 1081, 2019, Strona(/y) 93-102, ISSN 0003-2670
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.aca.2019.07.026

NMR-based metabolomics of biofluids in cancer

Autorzy: Guro F. Giskeødegård, Torfinn S. Madssen, Leslie R. Euceda, May-Britt Tessem, Siver A. Moestue, Tone F. Bathen
Opublikowane w: NMR in Biomedicine, 2018, Strona(/y) e3927, ISSN 0952-3480
Wydawca: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/nbm.3927

Simultaneous Detection of Zinc and Its Pathway Metabolites Using MALDI MS Imaging of Prostate Tissue

Autorzy: Maria K. Andersen, Sebastian Krossa, Therese S. Høiem, Rebecca Buchholz, Britt S. R. Claes, Benjamin Balluff, Shane R. Ellis, Elin Richardsen, Helena Bertilsson, Ron M. A. Heeren, Tone F. Bathen, Uwe Karst, Guro F. Giskeødegård, May-Britt Tessem
Opublikowane w: Analytical Chemistry, Numer 92/4, 2020, Strona(/y) 3171-3179, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.9b04903

Metabolic alterations in tissues and biofluids of patients with prostate cancer

Autorzy: Maria K. Andersen, Guro F. Giskeødegård, May-Britt Tessem
Opublikowane w: Current Opinion in Endocrine and Metabolic Research, Numer 10, 2020, Strona(/y) 23-28, ISSN 2451-9650
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.coemr.2020.02.003

An optimized MALDI MSI protocol for spatial detection of tryptic peptides in fresh frozen prostate tissue

Autorzy: Therese S. Høiem; Maria K. Andersen; Marta Martin‐Lorenzo; Rémi Longuespée; Britt S.R. Claes; Anna Nordborg; Frédéric Dewez; Benjamin Balluff; Marco Giampà; Animesh Sharma; Lars Hagen; Ron M.A. Heeren; Tone F. Bathen; Guro F. Giskeødegård; Sebastian Krossa; May‐Britt Tessem
Opublikowane w: VOLUME=22;ISSUE=10;ISSN=1615-9853;TITLE=Proteomics, Numer 1, 2022, ISSN 1615-9853
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202100223

A0942 - DNA methylation aberrations predicts recurrence both in tumor and normal appearing prostate tissue

Autorzy: C. Pedersen, E. Midtbust, S. Krossa, M.K. Andersen, T. Viset, Ø. Størkersen, G.F. Giskeødegård, M.B. Rye, M-B. Tessem
Opublikowane w: European Urology, 2022, ISSN 0302-2838
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/s0302-2838(22)01017-x

Book chapters (3)

Sample Preparation for Metabolite Detection in Mass Spectrometry Imaging

Autorzy: Maria K. Andersen, Marco Giampà, Elise Midtbust, Therese S. Høiem, Sebastian Krossa, May-Britt Tessem
Opublikowane w: Methods in Molecular Biology, Imaging Mass Spectrometry, 2023, Strona(/y) 135-146
Wydawca: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3319-9_12

Biomarker Discovery Using NMR-Based Metabolomics of Tissue

Autorzy: Maria T. Grinde, Guro F. Giskeødegård, Trygve Andreassen, May-Britt Tessem, Tone F. Bathen, Siver A. Moestue
Opublikowane w: NMR-Based Metabolomics - Methods and Protocols, Numer 2037, 2019, Strona(/y) 243-262, ISBN 978-1-4939-9689-6
Wydawca: Springer New York
DOI: 10.1007/978-1-4939-9690-2_15

NMR-Based Prostate Cancer Metabolomics

Autorzy: Leslie R. Euceda, Maria K. Andersen, May-Britt Tessem, Siver A. Moestue, Maria T. Grinde, Tone F. Bathen
Opublikowane w: Prostate Cancer, Numer 1786, 2018, Strona(/y) 237-257, ISBN 978-1-4939-7843-4
Wydawca: Springer New York
DOI: 10.1007/978-1-4939-7845-8_14

Other (4)

Additional file 1 of DNA methylation changes in response to neoadjuvant chemotherapy are associated with breast cancer survival

Autorzy: Pedersen, Christine Aaserød; Cao, Maria Dung; Fleischer, Thomas; Rye, Morten B.; Knappskog, Stian; Eikesdal, Hans Petter; Lønning, Per Eystein; Tost, Jörg; Kristensen, Vessela N.; Tessem, May-Britt; Giskeødegård, Guro F.; Bathen, Tone F.
Opublikowane w: Breast Cancer Research, Numer 2, 2022, ISSN 1465-542X
Wydawca: Springe Nature
DOI: 10.6084/m9.figshare.20155587

Spatial Integration of Multi-Omics Data using the novel Multi-Omics Imaging Integration Toolset

Autorzy: Maximillian Wess, Maria K. Andersen, Elise Midtbust, Juan Carlos Cabellos Guillem, Trond Viset, Øystein Størkersen, Sebastian Krossa, Morten Beck Rye, May-Britt Tessem
Opublikowane w: Bioarchive-the preprint of biology, 2024
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.06.11.598306

Additional file 1 of Spatial differentiation of metabolism in prostate cancer tissue by MALDI-TOF MSI

Autorzy: Andersen, Maria K.; Høiem, Therese S.; Claes, Britt S. R.; Balluff, Benjamin; Martin-Lorenzo, Marta; Richardsen, Elin; Krossa, Sebastian; Bertilsson, Helena; Heeren, Ron M. A.; Rye, Morten B.; Giskeødegård, Guro F.; Bathen, Tone F.; May-Britt Tessem
Opublikowane w: CAncer and metabolism, Numer 1, 2021, ISSN 2049-3002
Wydawca: Springer NAture
DOI: 10.6084/m9.figshare.13668033.v1

Deep phenotyping of the prostate tumor microenvironment reveals molecular stratifiers of relapse linked to inflammatory chemokine expression and aberrant metabolism

Autorzy: Sebastian Krossa, Maria K. Andersen, Elise Midtbust, Maximilian Wess, Antti Kiviaho, Abhibhav Sharma, Trond Viset, Øystein Størkersen, Guro F. Giskeødegård, Matti Nykter, Alfonso Urbanucci, Morten B. Rye, May-Britt Tessem
Opublikowane w: Bioarchives-the preprent server for biology, 2024
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.05.13.593822