Five-Dimensional Localization Microscopy for Sub-Cellular Dynamics

Informacje na temat projektu

5D-NanoTrack

Identyfikator umowy o grant: 802567

DOI

10.3030/802567

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 2 Października 2018

Data rozpoczęcia 1 Listopada 2018

Data zakończenia 30 Kwietnia 2024

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 802 500,00

Wkład UE

€ 1 802 500,00

Koordynowany przez

TECHNION - ISRAEL INSTITUTE OF TECHNOLOGY
Israel

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (21)

All-in-focus large-FOV GRIN lens imaging by multi-focus image fusion

Autorzy: Dafei Xiao, Zhige Lin, and Yoav Shechtman
Opublikowane w: Optics Continuum, 2023, ISSN 2770-0208
Wydawca: Optics continuum
DOI: 10.1364/optcon.500503

Automated Analysis of Fluorescence Kinetics in Single-Molecule Localization Microscopy Data Reveals Protein Stoichiometry

Autorzy: Alon Saguy, Tim N. Baldering, Lucien E. Weiss, Elias Nehme, Christos Karathanasis, Marina S. Dietz, Mike Heilemann, Yoav Shechtman
Opublikowane w: The Journal of Physical Chemistry B, 2021, ISSN 1520-5207
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.1c01130

DeepOM: single-molecule optical genome mapping via deep learning

Autorzy: Yevgeni Nogin, Tahir Detinis Zur, Sapir Margalit, Ilana Barzilai, Onit Alalouf, Yuval Ebenstein, Yoav Shechtman
Opublikowane w: Bioinformatics, 2023, ISSN 1367-4811
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad137

3D printable diffractive optical elements by liquid immersion

Autorzy: Reut Orange-Kedem, Elias Nehme, Lucien E. Weiss, Boris Ferdman, Onit Alalouf, Nadav Opatovski, Yoav Shechtman
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23279-6

OM2Seq: Learning retrieval embeddings for optical genome mapping

Autorzy: Yevgeni Nogin, Danielle Sapir, Tahir Detinis Zur, Nir Weinberger, Yonatan Belinkov, Yuval Ebenstein, Yoav Shechtman
Opublikowane w: Bioinformatics Advances, 2024, ISSN 2635-0041
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioadv/vbae079

Multiplexed PSF Engineering for Three-Dimensional Multicolor Particle Tracking

Autorzy: Nadav Opatovski, Yael Shalev Ezra, Lucien E. Weiss, Boris Ferdman, Reut Orange-Kedem, and Yoav Shechtman
Opublikowane w: Nano Letters, 2021, ISSN 1530-6992
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.1c02068

Learning optimal wavefront shaping for multi-channel imaging

Autorzy: Elias Nehme, Boris Ferdman, Lucien Weiss, Tal Naor, Daniel Freedman, Tomer Michaeli, Yoav Shechtman
Opublikowane w: IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, Numer vol. 43, no. 7, pp. 2179-2192, 2021, Strona(/y) 1-1, ISSN 0162-8828
Wydawca: Institute of Electrical and Electronics Engineers
DOI: 10.1109/tpami.2021.3076873

Deep-ROCS: from speckle patterns to superior-resolved images by deep learning in rotating coherent scattering microscopy

Autorzy: Alon Saguy, Felix Jünger, Aviv Peleg, Boris Ferdman, Elias Nehme, Alexander Rohrbach, and Yoav Shechtman
Opublikowane w: Optics Express, 2021, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.424730

Microscopic scan-free surface profiling over extended axial ranges by point-spread-function engineering

Autorzy: Racheli Gordon-Soffer, Lucien E. Weiss, Ran Eshel, Boris Ferdman, Elias Nehme, Moran Bercovici, Yoav Shechtman
Opublikowane w: Science Advances, Numer 6/44, 2020, Strona(/y) eabc0332, ISSN 2375-2548
Wydawca: science advances
DOI: 10.1126/sciadv.abc0332

Design of optimal labeling patterns for optical genome mapping via information theory

Autorzy: Yevgeni Nogin, Daniella Bar-Lev, Dganit Hanania, Tahir Detinis Zur, Yuval Ebenstein, Eitan Yaakobi, Nir Weinberger, Yoav Shechtman
Opublikowane w: Bioinformatics, 2023, ISSN 1367-4811
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad601

Diffractive optical system design by cascaded propagation

Autorzy: Ferdman, Boris; Saguy, Alon; Alalouf, Onit; Shechtman, Yoav
Opublikowane w: Optics Express, Numer 3, 2022, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.465230

Monocular kilometer-scale passive ranging by point-spread function engineering

Autorzy: Nadav Opatovski, Dafei Xiao, Gal Harari, Yoav Shechtman
Opublikowane w: Optics Express, 2022, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.472150

Multicolor localization microscopy and point-spread-function engineering by deep learning

Autorzy: Eran Hershko, Lucien E. Weiss, Tomer Michaeli, Yoav Shechtman
Opublikowane w: Optics Express, Numer 27/5, 2019, Strona(/y) 6158, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.27.006158

DeepSTORM3D: dense 3D localization microscopy and PSF design by deep learning

Autorzy: Elias Nehme, Daniel Freedman, Racheli Gordon, Boris Ferdman, Lucien E. Weiss, Onit Alalouf, Tal Naor, Reut Orange, Tomer Michaeli, Yoav Shechtman
Opublikowane w: Nature Methods, 2020, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-020-0853-5

Three-dimensional localization microscopy in live flowing cells

Autorzy: Lucien E. Weiss, Yael Shalev Ezra, Sarah Goldberg, Boris Ferdman, Omer Adir, Avi Schroeder, Onit Alalouf, Yoav Shechtman
Opublikowane w: Nature Nanotechnology, Numer 15/6, 2020, Strona(/y) 500-506, ISSN 1748-3387
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41565-020-0662-0

VIPR: vectorial implementation of phase retrieval for fast and accurate microscopic pixel-wise pupil estimation

Autorzy: Boris Ferdman, Elias Nehme, Lucien E. Weiss, Reut Orange, Onit Alalouf, Yoav Shechtman
Opublikowane w: Optics Express, Numer 28/7, 2020, Strona(/y) 10179, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.388248

Quantifying cell cycle dependent chromatin dynamics during interphase by live 3D tracking

Autorzy: Tal Naor ,Yevgeni Nogin , Elias Nehme , Boris Ferdman, Lucien E. Weiss, Onit Alalouf, Yoav Shechtman
Opublikowane w: iScience, 2022, ISSN 2589-0042
Wydawca: [Cambridge MA]: Cell Press Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.isci.2022.104197

Near index matching enables solid diffractive optical element fabrication via additive manufacturing

Autorzy: Reut Orange kedem; Nadav Opatovski; Dafei Xiao; Boris Ferdman; Onit Alalouf; Sushanta Kumar Pal; Ziyun Wang; Henrik von der Emde; Michael Weber; Steffen J. Sahl; Aleks Ponjavic; Ady Arie; Stefan W. Hell; Yoav Shechtman
Opublikowane w: Light: Science & Applications, Numer 12, 2023, ISSN 2047-7538
Wydawca: Light: Science & Applications
DOI: 10.1038/s41377-023-01277-1

Large-FOV 3D localization microscopy by spatially variant point spread function generation

Autorzy: Dafei Xiao, Reut Kedem Orange, Nadav Opatovski, Amit Parizat, Elias Nehme, Onit Alalouf, Yoav Shechtman
Opublikowane w: Science Advances, 2024, ISSN 2375-2548
Wydawca: Science Advances
DOI: 10.1126/sciadv.adj3656

DBlink: Dynamic localization microscopy in super spatiotemporal resolution via deep learning

Autorzy: Alon Saguy; Onit Alalouf; Nadav Opatovski; Sooyhen Jang; Mike Heilemann; Yoav Shechtman
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 8, 2023, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.07.01.498428

Depth-enhanced high-throughput microscopy by compact PSF engineering

Autorzy: Nadav Opatovski, Elias Nehme, Noam Zoref, Ilana Barzilai, Reut Orange Kedem, Boris Ferdman, Paul Keselman, Onit Alalouf, Yoav Shechtman
Opublikowane w: Nature communications, 2024, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-48502-y

Other (1)

This microtubule does not exist: Super-resolution microscopy image generation by a diffusion model

Autorzy: Alon Saguy, Tav Nahimov, Maia Lehrman, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Iván Hidalgo-Cenalmor, Onit Alalouf, Ricardo Henriques,Yoav Shechtman
Opublikowane w: 2024
Wydawca: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.07.06.548004