Opis projektu
Symulacja zatłoczenia makromolekularnego w komórkach
Uważa się, że zatłoczenie makrocząsteczek wewnątrz komórek wpływa na funkcję białek poprzez modulowanie ich stabilności i dynamiki. Eksperymentalne badanie tego zjawiska na poziomie komórek okazuje się jednak bardzo trudne. Finansowany przez UE projekt CROWDY proponuje symulację zatłoczenia makromolekularnego przy pomocy skomplikowanego modelu uwzględniającego złożoną naturę białek i ich obecność w różnych środowiskach komórkowych. Ponadto naukowcy zbadają efekty zatłoczenia w pobliżu błon komórkowych. Projekt przyczyni się do lepszego zrozumienia funkcji białek in vivo w chorobach takich jak stwardnienie zanikowe boczne.
Cel
In living cells, proteins operate in an extremely crowded environment, which has a substantial impact on their structural and dynamical properties. Taking into account the effects of macromolecular crowding is thus imperative for a full understanding of protein function in vivo. However, despite a growing interest in the characterization of in-cell crowding, its net effect remains only partially understood as experimental studies addressing such phenomena in the cytoplasm are very challenging. In this project, we aim to examine the effect of macromolecular crowding on protein mobility and stability at the microscopic resolution. To this end, we will deploy a novel multi-scale simulation approach developed in the host laboratory. This multi-scale framework combines a detailed description of proteins with an efficient lattice-based model of solvent hydrodynamics. In the course of the project, we will consider systems of progressive complexity, ranging from crowded binary protein suspensions through a model of a bacterial cytoplasm and a lipid vesicle forming a biological nanoreactor. Our computational studies will be performed in close contact with two top-level experimental groups active in the field. We will pay particular attention to the behavior of superoxide dismutase 1, a protein involved in amyotrophic lateral sclerosis. Our multi-scale molecular simulations will shed light on how protein dynamics and stability are locally affected by the heterogeneity of the cellular environment. Moreover, we will investigate how crowding is modulated by the presence of membrane surfaces. The simulations will allow us to clarify the origins of crowding effects at an atomistic level, which will provide a vital support for the microscopic interpretation of experimental data. Thus, our project will offer unprecedented insights into the structure and dynamics of the crowded environment inside living cells.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
- nauki przyrodniczenauki biologicznebiochemiabiocząsteczkibiałka
- nauki przyrodniczenauki biologicznebiochemiabiocząsteczkilipidy
- nauki przyrodniczeinformatykanauki obliczeniowesymulacje wielofizyczne
- medycyna i nauki o zdrowiumedycyna klinicznaneurologiastwardnienie zanikowe boczne
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
MSCA-IF-EF-ST - Standard EFKoordynator
75794 Paris
Francja