Biomarker discovery by AI-guided, image based single-cell isolation proteomics

Projektinformationen

Visual Proteomics

ID Finanzhilfevereinbarung: 846795

DOI

10.3030/846795

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 26 März 2019

Startdatum 1 April 2019

Enddatum 31 März 2021

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten

€ 207 312,00

EU-Beitrag

€ 207 312,00

Koordiniert durch

KOBENHAVNS UNIVERSITET
Denmark

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Veröffentlichungen

Other (4)

Ultra-high sensitivity mass spectrometry quantifies single-cell proteome changes upon perturbation

Autoren: Andreas-David Brunner, Marvin Thielert, Catherine G. Vasilopoulou, Constantin Ammar, Fabian Coscia, Andreas Mund, Ole B. Hoerning, Nicolai Bache, Amalia Apalategui, Markus Lubeck, Sabrina Richter, David S. Fischer, Oliver Raether, Melvin A. Park, Florian Meier, Fabian J. Theis, Matthias Mann
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2020
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2020.12.22.423933

Large scale discovery of coronavirus-host factor protein interaction motifs reveals SARS-CoV-2 specific mechanisms and vulnerabilities

Autoren: Thomas Kruse, Caroline Benz, Dimitriya H. Garvanska, Richard Lindqvist, Filip Mihalic, Fabian Coscia, Ravi Teja Inturi, Ahmed Sayadi, VLeandro Simonetti, Emma Nilsson, Muhammad Ali, Johanna Kliche, Ainhoa Moliner Morro, Andreas Mund, Eva Andersson, Gerald McInerney, Matthias Mann, Per Jemth, Norman E Davey, Anna K Överby, Jakob Nilsson, Ylva Ivarsson
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2021
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.04.19.440086

Clinical Knowledge Graph Integrates Proteomics Data into Clinical Decision-Making

Autoren: Philipp E. Geyer; Alberto Santos; Lars Juhl Jensen; Ana R. Colaço; Filip Mundt; Annelaura Bach Nielsen; Nicolai J. Wewer Albrechtsen; Fabian Coscia; Lili Niu; Matthias Mann
Veröffentlicht in: bioRxiv, Ausgabe 1, 2020
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2020.05.09.084897

AI-driven Deep Visual Proteomics defines cell identity and heterogeneity

Autoren: Andreas Mund, Fabian Coscia, Réka Hollandi, Ferenc Kovács, András Kriston, Andreas-David Brunner, Michael Bzorek, Soraya Naimy, Lise Mette Rahbek Gjerdrum, Beatrice Dyring-Andersen, Jutta Bulkescher, Claudia Lukas, Christian Gnann, Emma Lundberg, Peter Horvath, Matthias Mann
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2021
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2021.01.25.427969

Peer reviewed articles (3)

Spatially and cell-type resolved quantitative proteomic atlas of healthy human skin

Autoren: Beatrice Dyring-Andersen, Marianne Bengtson Løvendorf, Fabian Coscia, Alberto Santos, Line Bruun Pilgaard Møller, Ana R. Colaço, Lili Niu, Michael Bzorek, Sophia Doll, Jørgen Lock Andersen, Rachael A. Clark, Lone Skov, Marcel B. M. Teunissen, Matthias Mann
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-19383-8

A streamlined mass spectrometry–based proteomics workflow for large‐scale FFPE tissue analysis

Autoren: Fabian Coscia, Sophia Doll, Jacob Mathias Bech, Lisa Schweizer, Andreas Mund, Ernst Lengyel, Jan Lindebjerg, Gunvor Iben Madsen, José MA Moreira, Matthias Mann
Veröffentlicht in: The Journal of Pathology, Ausgabe 251/1, 2020, Seite(n) 100-112, ISSN 0022-3417
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/path.5420

Homology-directed repair protects the replicating genome from metabolic assaults

Autoren: Somyajit, Kumar; Spies, Julian; Coscia, Fabian; Kirik, Ufuk; Rask, Maj-Britt; Lee, Ji-Hoon; Neelsen, Kai John; Mund, Andreas; Jensen, Lars Juhl; Paull, Tanya T; Mann, Matthias; Lukas, Jiri.
Veröffentlicht in: Developmental Cell, 2021, ISSN 1534-5807
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2021.01.011