Opis projektu
Rejestrowanie transkrypcji jako nowe podejście do monitorowania procesów biologicznych
Zespół finansowanego przez UE projektu CRISPRhistory chce wprowadzić nowatorską metodę ciągłego monitorowania procesów biologicznych i patologicznych zachodzących w jelitach ssaków. Proponowane przez niego podejście opiera się na nowopowstałej technologii rejestrowania transkrypcji za pomocą pozyskiwania sekwencji rozdzielającej CRISPR od RNA w celu wychwytywania wewnątrzkomórkowych RNA i przekształcenia ich w DNA, co pozwala na trwałe przechowywanie informacji transkrypcyjnych w DNA żywych komórek. Uzyskane sekwencje pełnią rolę zapisów transkrypcji, które można łatwo odczytać poprzez głębokie sekwencjonowanie. Obecnie realizowany projekt skupia się na poprawie wydajności rejestrowania transkrypcji, łącząc je z bioczułymi obwodami genetycznymi i dowodząc, że rejestrowanie transkrypcji ułatwia badanie środowiska jelitowego u ssaków i może pełnić rolę narzędzia diagnostycznego. Projekt przygotuje grunt pod zupełnie nową metodę badania dynamiki procesów biologicznych i patologicznych.
Cel
What are the main differences between a photograph and a video? Photographs record a single point in time and videos continuously record a sequence of events. While the content and interpretation of a photograph is heavily reliant on a single moment in time, a video is not. The tools that scientists have to understand the molecular and cellular world around them are most like film cameras – producing single snapshots to describe dynamic processes. Towards the goal of continuously recording molecular events within cells, my laboratory recently developed ‘transcriptional recording’, an approach that employs CRISPR spacer acquisition from RNA to capture and convert intracellular RNAs into DNA, permanently storing transcriptional information in the DNA of living cells. The newly acquired sequences serve as transcriptional records, which are retrievable via deep sequencing and can be leverage to reconstruct cellular histories. This technology provides an entirely new mode of interrogating dynamic biological and physiological processes and opens up numerous avenues for future work.
The overall goal of this proposal is to develop transcriptional recording sentinel cells with the capacity to continuously monitor biological and pathological processes within the mammalian gut. To achieve this goal, we will employ a variety of methods that include molecular and cellular biology, synthetic biology, protein engineering, bioinformatics, and mouse models. We will focus our efforts on improving the efficiency of transcriptional recording, combining transcriptional recording with biosensing gene circuits, and demonstrating that transcriptional recording sentinel cells facilitate interrogation of the mammalian gut environment and can be applied as a living diagnostic. In summary, this study lays the foundation for developing a fundamentally new approach to interrogating dynamic biological and pathological processes as well as engineering living diagnostics.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
- inżynieria i technologiabiotechnologia środowiskabiodetekcja
- nauki przyrodniczenauki biologicznebiologia syntetyczna
- nauki przyrodniczenauki biologicznegenetykaDNA
- nauki przyrodniczenauki biologicznebiochemiabiocząsteczkibiałka
- nauki przyrodniczenauki biologicznegenetykaRNA
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
ERC-STG - Starting GrantInstytucja przyjmująca
8092 Zuerich
Szwajcaria