Opis projektu
Badanie, które może rzucić nowe światło na rozdział faz
Los żywych komórek zależy od kompartmentacji tysięcy różnych cząsteczek i zachodzących między nimi reakcji chemicznych. Wiele przedziałów komórkowych powstaje na drodze rozdziału faz heteropolimerów sterowanego specyficznymi dla sekwencji interakcjami i czynnikami wyprowadzającym reakcje ze stanu równowagi. Celem finansowanego przez UE projektu FuelledLife jest opracowanie teorii, która wyjaśni, w jaki sposób rozdziały faz w żywych komórkach powodują powstawanie oddzielnych przedziałów, dzięki czemu może dochodzić do procesów ewolucyjnych, takich jak selekcja i replikacja biocząsteczek. Taka teoria poszerzyłaby naszą wiedzę o tym, jak rozdział faz w kondensatach białkowych może regulować procesy biochemiczne w organizmach wielokomórkowych. Ponadto może ona pozwolić na zgłębienie roli rozdziału faz w formowaniu życia, a w szczególności wyjaśnić, dlaczego współczesne organizmy wykorzystują ograniczony zestaw przedziałów wewnątrzkomórkowych.
Cel
Living cells rely on the compartmentalisation of thousands of different molecules and their chemical reactions. Remarkably, many of such compartments form by phase separation of heteropolymers controlled by sequence-specific interactions and fuel that drives reactions away from equilibrium. If we knew how such polymers with sequence-specific interactions evolve and compartmentalise in fuel-driven multi-component mixtures, we would better understand the role of phase separation in living cells and how synthetic or prebiotic cells emerge.
I aim to study how fuel-driven phase separation can drive the selection and replication of hetero-polymers with sequence-specific interactions, the control of their chemical reactions and the emergence and selection of different compartments. My team and I will develop a theory for phase separation and chemical reactions in multi-component mixtures driven away from equilibrium by irreversible, fuel-driven reactions. This theory will provide a link between phenomena on the compartment scale and coarse-grained properties of sequences. First, we will use this theory to study how compartments control biochemical reactions, and how this control is determined by sequence. Second, we will investigate how sequences are selected, replicated and evolve under cyclic, non-equilibrium conditions. Third, we will use our theory to unravel how fuel-driven chemical reactions regulate formation and division of compartments, and affect selection of different compartments within a population. Our theoretical studies will elucidate the physical mechanisms and conditions which will be experimentally scrutinised by our collaborators.
Our results will let us understand how living cells regulate phase separation, like the formation of stress granules by selecting RNA. Moreover, our results will elucidate the role of phase separation for the emergence of life by determining the prerequisites of a protocell to divide, replicate and undergo selection.
Dziedzina nauki
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
ERC-STG - Starting GrantInstytucja przyjmująca
86159 Augsburg
Niemcy