Opis projektu
Badanie szlaku spliceosomu mniejszego w ludzkich komórkach
Introny są niekodującymi segmentami genów eukariotycznych, usuwanymi z prekursorów mRNA przez spliceosom. W ludzkich komórkach większość intronów jest przetwarzana przez spliceosom zależny od U2. Jednak około 0,5 % ludzkich intronów jest przetwarzanych przez spliceosom mniejszy, który zależy od małego jądrowego RNA U12. Introny te są często zlokalizowane w genach o krytycznych funkcjach komórkowych, a mutacje w składnikach spliceosomu mniejszego prowadzą do zaburzeń genetycznych. Celem finansowanego przez Unię Europejską projektu MinorSplice jest kompleksowe scharakteryzowanie strukturalne i funkcjonalne szlaku splicingowego zależnego od U12. Połączenie testów opartych na komórkach, proteomiki oraz metod sekwencjonowania następnej generacji pozwoli na uzyskanie szczegółowych informacji na temat składu spliceosomów mniejszych i związanych z nimi mechanizmów regulacyjnych.
Cel
Introns are non-coding segment of eukaryotic genes, which are removed from precursors of messenger RNAs (pre-mRNAs) by a large and dynamic RNA-protein complex known as the spliceosome. In human cells, most of the introns are processed by the canonical U2-dependent, major spliceosome. Around 0.5% of human introns utilise an alternative splicing pathway, catalysed by the minor spliceosome, which depends on the U12 small nuclear RNA (snRNA). While U12-dependent introns are rare, often they are located in genes with critical cellular functions and mutations in the minor spliceosome components lead to several genetic disorders. MinorSplice project aims to perform a comprehensive structural and functional characterization of the U12-dependent splicing pathway. The functional studies will be focused on the proteomic characterization of the minor spliceosome assembly intermediates and the involvement of the conserved spliceosomal RNA helicases in the U12-dependent splicing pathway. By combining cell-based assays, proteomics and next generation sequencing methods we will create a detailed picture of the minor spliceosome composition and associated regulatory mechanisms. The core of the projects aims to determine a series of minor spliceosome’s structures using single particle electron cryo microscopy (cryo-EM). We expect that high-resolution structural information will answer some of the fundamental mechanistic questions about the minor spliceosome assembly, U12-dependent intron recognition and will shed a light on structural similarities and differences between the major and minor splicing pathways. The last part of the project will aim to visualise spliceosomes in the native cellular environment using electron cryo tomography (cryo-ET). By doing so, we anticipate to obtain functional insights into the coupling between different nuclear processes.
Dziedzina nauki
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
ERC-STG - Starting GrantInstytucja przyjmująca
69117 Heidelberg
Niemcy