Złożone oddziaływania białek w cukrzycy typu 2
Analiza genomiczna ujawniła około 100 loci powiązanych z T2D. Ponadto istnieją dowody na wpływ tych komponentów genetycznych na transkrypcję, lecz nie na funkcje genów. Aby zmaksymalizować zastosowania w warunkach klinicznych, uczestnicy projektu T2DCREBBP (Defining the molecular basis of type 2 diabetes predisposition through targeted sequencing of the CREBBP-interacting gene network) stworzyli nowe metody analizy. Przy ich pomocy zidentyfikowano nowe loci podatności na T2D i określono ich istotność. Badacze z projektu zastosowali metodę analizy sieciowej, aby ocenić zależności między związkiem z T2D i oddziaływaniami białko-białko (PPi) sieci związanych z tymi genami. Zestawy poddane analizie dotyczyły łącznie ponad 70 000 przypadków. Obejmowały dane z badań i sekwencjonowania egzomów, jak również badań asocjacyjnych genomu oraz zindywidualizowanych badań genotypowych. Wyniki analizy pokazały, że istnieją liczne kompleksy białkowe, które ulegają wzbogaceniu w przypadkach T2D. Sieci te składają się z białek związanych z funkcjami oddechowymi i regulacją wydzielania insuliny. Bardzo ważne jest odkrycie jednego z białek związanych z aktywacją receptora insulinowego w tkance tłuszczowej. Dostarcza ono informacji o związku tkanki tłuszczowej z T2D, a artykuł na ten temat złożono do publikacji w czasopiśmie Nature. W sumie badacze zsekwencjonowali około 55 000 egzomów, jest to więc jeden z największych obecnie dostępnych zestawów danych. Łączne analizy umożliwią dalsze badanie wzajemnego nakładania się zmienności sekwencji kodujących i zwiększania PPi oraz ewaluację związku między nagromadzeniem sygnałów wynikających z rzadkich wariantów a patogenezą. Opracowane w projekcie T2DCREBBP nowe sieci umożliwiają lepszą prognostykę, a schemat analizy PPi jest bardziej kompleksowy. Ponadto przyjęta metodologia może być stosowana do innych chorób złożonych. Prace uczestników projektu wyraźnie zwiększyły wiedzę dotyczącą T2D, która w UE stanowi duże obciążenie społeczno-ekonomiczne.
Słowa kluczowe
Cukrzyca typu 2, T2D, T2DCREBBP, oddziaływanie białko-białko, egzom, insulina, choroby złożone