Opis projektu
Rozwój leków dzięki wykorzystaniu nowej przestrzeni chemicznej
Większość leków małocząsteczkowych wiąże się z enzymami lub białkami receptorowymi, które mają dobrze zdefiniowane kieszenie wiążące. Wytwarzanie małych cząsteczek, które zakłócają interakcje białko-białko lub skutecznie atakują płaskie białka okazało się technicznie trudnym zadaniem. Zespół finansowanego ze środków Unii Europejskiej projektu TARGET zamierza rozwiązać ten problem dzięki automatycznej platformie pozwalającej na identyfikację ligandów wiążących się z białkami, w przypadku których dostarczanie leków jest trudne lub niemożliwe. Naukowcy zamierzają połączyć genetycznie zakodowane biblioteki peptydów z bibliotekami związków chemicznych, aby uzyskać dostęp do ogromnej przestrzeni chemicznej i zidentyfikować kombinacje, które wiążą się z docelowymi białkami. Metodologia projektu TARGET pomoże w przyszłości w odkryciu leków przenikających do komórek, które pozwolą na skuteczne zwalczanie trudnych białek.
Cel
"Genome sequencing combined with powerful new research technologies has greatly expanded the number of potential drug targets, offering enormous opportunities to address unmet medical needs. However, for proteins with flat, featureless surfaces or for protein-protein interactions, it has been difficult to impossible to generate ligands based on classical small molecules, hindering their evaluation as targets and the development of drugs.
Herein, we propose a new method and its application for targeting the so-called ""undruggable"" proteins by tapping into a new chemical space, generated by ""merging"" biological and chemical compound libraries. In brief, millions of short cyclic peptides (4–6 amino acids) genetically encoded by phage display (generated with methods we established previously) will be expanded by combinatorially attaching via lateral groups > 1000 different chemical fragments in separate wells of microwell plates. We will develop a strategy that combines the elements of i) automation, ii) liquid transfer by acoustic dispensing, iii) single-round phage display panning, iv) ""phage PCR"" and a primer coding strategy, v) next-generation sequencing (NGS) and vi) computational sequence analysis to perform phage display selections with a library comprising > 1000 non-natural building blocks.
We expect that this technology will deliver ligands to challenging proteins and facilitate their evaluation as drug targets. The ligands are kept small on purpose, below one kDa, and the polarity is limited so that they are more likely to be cell permeable and so they may directly serve as leads for the generation of oral drugs.
"
Dziedzina nauki
Słowa kluczowe
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
ERC-ADG - Advanced GrantInstytucja przyjmująca
1015 Lausanne
Szwajcaria