Opis projektu
Rozpoznanie kluczowych czynników mechanizmów epigenetycznych
Komórki organizmu zawierają te same informacje genetyczne, ale wykorzystują je w różny sposób w zależności od kontekstu. Mechanizmy epigenetyczne, w szczególności potranslacyjne modyfikacje histonów (PTHM), odgrywają istotną rolę w regulacji interakcji między czynnikami transkrypcyjnymi a DNA, a modyfikacje te zmieniają się podczas różnicowania komórek. Choć znamy białka odpowiedzialne za modyfikację PTHM, nie wiadomo, w jaki sposób są one rekrutowane do określonych miejsc genomu. Finansowany przez ERBN projekt scEpiTarget pozwoli opracować zaawansowane metody dla pojedynczych komórek w celu zidentyfikowania kluczowych czynników, które wpływają na odkładanie PTHM specyficzne dla danego typu komórek. Zespół zbada, w jaki sposób PTHM mogą być retargetowane i oceni ich wpływ na decyzje dotyczące losu komórek przy użyciu najnowocześniejszych systemów różnicowania komórek. Do pomiaru modyfikacji histonów i całkowitego RNA w poszczególnych komórkach zostanie wykorzystana nowatorska technika, integrująca genetyczne badania przesiewowe i wgląd w biologię chromatyny w celu pełnego zrozumienia tego procesu.
Cel
Although all cells of an organism share the same genetic information, they selectively access this information in a cell type- and context-dependent manner. Epigenetic mechanisms, such as post-translational histone modifications (PTHMs) have been identified as central regulators of Transcription Factor-DNA interactions. During cell differentiation, the distribution of PTHMs is modulated to enable the new cell state. Most of the protein complexes that position (writer) and remove (eraser) PTHMs have been identified, but we still do not understand how these proteins are recruited to the genome and thereby dictate the specific genomic distribution of PTHMs. Previous studies were unable to identify these targeting factors as they only interact with a fraction of writer complexes at a time and likely form transient interactions. Thus, new experimental approaches are needed to identify these proteins that are directing localised epigenetic changes.
In scEpiTarget I will develop novel single-cell methods to identify the key factors that determine cell-type specific PTHM deposition. I will use the identified regulators to re-target PTHMs and evaluate their impact on cell fate decisions in state-of-the-art cell differentiation systems.
Recently, I made a technological breakthrough by developing a method that allows the simultaneous measurement of histone modifications and total RNA in single cells. Together with my background in genetic screening and chromatin biology, this will enable me to reach scEpiTargets objectives. The proposed techniques are transferable to study any protein:DNA interaction, making them highly valuable for the research community.
Epigenetic pathways are essential for multi-cellular life from the beginning of embryonic development, until their mis-regulation during ageing. The identification of factors regulating PTHM distribution will lead to a better understanding of their function and how they can be therapeutically influenced during pathogenes
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Program(-y)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Temat(-y)
System finansowania
HORIZON-ERC - HORIZON ERC GrantsInstytucja przyjmująca
8000 Aarhus C
Dania