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Contenuto archiviato il 2024-06-18

Role of the PfAlbas, a novel DNA and RNA binding protein family, in Plasmodium falciparum chromatin biology and RNA regulation

Obiettivo

Antigenic variation is a common strategy utilized by intracellular pathogens to evade immune detection. Plasmodium falciparum, the causal agent of the most lethal form of malaria, modulates antigenic variation of the ~60 member 'var' virulence gene family by exhibiting mutually exclusive, monoallelic expression. This is achieved by spatially and epigenetically regulating var transcription such that silent var loci cluster at the nuclear periphery and are associated with nucleosomes modified by silencing epigenetic marks such as hypoacetylation and trimethylation of histone 3 lysine 9. However, the exact mechanism of clustering and placement of histone marks at var genes is poorly understood. The recent identification of the novel DNA- and RNA-binding protein family PfAlba in P. falciparum may provide new insights into these mechanisms. The PfAlbas bind to DNA and RNA in vitro, and localize to either the nuclear periphery or the parasite cytoplasm in a stage-dependent manner during intra-erythrocytic development. We therefore postulate a role for these proteins in var regulation and more generally, in chromatin biology and RNA metabolism. To determine this, we propose to: (1) Analyze the genome-wide localization of the PfAlbas using CHIP-seq and qPCR assays, (2) Identify PfAlba RNA substrates using in vitro and in vivo techniques such as SNAAP and iCLIP, and (3) Examine the effect of PfAlba knockdown on var regulation and RNA metabolism by qPCR assays and RNA-seq, respectively. The research will take place in Dr. Artur Scherf's laboratory at Insitut Pasteur, Paris. The host has the technological know-how to perform the assays described in this proposal while the fellow has the biochemical and genetic skills required to successfully achieve the goals. Overall, this study will result in the transfer of knowledge from the US to Europe and simultaneously train the fellow to become an independent researcher.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

FP7-PEOPLE-2011-IIF
Vedi altri progetti per questo bando

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

MC-IIF - International Incoming Fellowships (IIF)

Coordinatore

INSTITUT PASTEUR
Contributo UE
€ 193 594,80
Indirizzo
RUE DU DOCTEUR ROUX 25-28
75724 Paris
Francia

Mostra sulla mappa

Regione
Ile-de-France Ile-de-France Hauts-de-Seine
Tipo di attività
Research Organisations
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

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