Opis projektu
Odwzorowywanie ewolucji genomu drobnoustrojów
Nasza wiedza na temat mechanizmów stojących za powstaniem głównych grup prokariotycznych pozostaje ograniczona. Pochodzenie gatunków i wyższych taksonów wśród prokariotów powinno wiązać się z ekologicznymi interakcjami ze środowiskiem w połączeniu z naturalną zmiennością genetyczną obejmującą specyficzne dla linii innowacje genowe i nabywanie genów. Jednak ze względu na rolę poziomego transferu genów (ang. lateral gene transfer, LGT) badania filogenomiczne nie umożliwiają przewidzenia zawartości genów w 99% genomu. Zespół finansowanego przez ERBN projektu eMicrobevol wykorzysta wszystkie dane ewolucyjne, którymi dysponują genomy — drzewa genów, rozkłady genów i rozkłady podziałów w zestawach drzew — w celu odwzorowania historii 99% składników ewolucji genomu drobnoustrojów i wyjaśnienia roli LGT w pochodzeniu wyższych taksonów drobnoustrojów.
Cel
From the primordial emergence of the earliest cells to the ongoing diversification of modern microbiota, the mechanisms that underlie the origin of major prokaryotic groups are still poorly understood. In principle, the origin of both species and higher taxa among prokaryotes should entail similar mechanisms — ecological interactions with the environment paired with natural genetic variation involving lineage-specific gene innovations and lineage-specific gene acquisitions. Because eukaryotes started out as a prokaryote lineage, the same holds true at the prokaryote-eukaryote transition. Prokaryotic higher taxa are currently circumscribed by phylogenomic studies encompassing 30-40 proteins for information processing that are universal to all genomes, or nearly so. The core is useful in taxonomy but comprises only about 1% of an average genome. It does not predict gene content in the remaining 99% of the genome, because of the role of lateral gene transfer (LGT) in generating diversity within and between prokaryotic groups. Especially in groups with large pangenomes or broad ecological diversity, the core itself does not reveal which gene innovations underlie the origin of major groups, but gene distributions might. This proposal aims to harness all the evolutionary data that genomes have to offer — gene trees, gene distributions, and split distributions across sets of trees — to chart the history of the 99% component of microbial genome evolution and the role of LGT in the origin of higher microbial taxa. The focus is on three important questions: i) What are the quantitative and lineage specific relative contributions of gene transfer from endosymbionts vs. gene transfers from other prokaryotes during eukaryotic genome evolution, ii) Are there significant differences in verticality in comparisons of genome evolution in prokaryotes vs. eukaryotes and how can we statistically better quantify them, and iii) What was the biological nature of the earliest prokaryotes.
Dziedzina nauki
- medical and health sciencesmedical biotechnologygenetic engineeringgene therapy
- humanitieshistory and archaeologyhistory
- natural sciencescomputer and information sciencesdata sciencedata processing
- natural sciencesbiological sciencesgeneticsgenomesprokaryotic genomes
- natural sciencesbiological sciencesgeneticsgenomeseukaryotic genomes
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
ERC-ADG - Advanced GrantInstytucja przyjmująca
40225 Dusseldorf
Niemcy