Opis projektu
Platforma do epigenetycznego profilowania leków
Niemal 90 % potencjalnych leków nie otrzymuje zgody na wprowadzenie do obrotu z powodu nieprzewidzianych działań toksycznych u ludzi. Skoro przed przystąpieniem do badań klinicznych fazy I badacze dokładnie oceniają działanie leku w badaniach na zwierzętach, to oznacza to, że konieczne jest udoskonalenie testów opartych na komórkach z udziałem ludzi. Zmiany epigenetyczne coraz częściej są zaliczane do działań ubocznych leków. Celem finansowanego ze środków UE projektu hmqChIP jest opracowanie wysoce zróżnicowanej, ilościowej technologii sekwencjonowania poprzedzonej immunoprecypitacją chromatyny (hmqChIP) do badania zamierzonych i niezamierzonych efektów epigenetycznych leków. Metoda ta zostanie wdrożona na rynek jako platforma do wysokoprzepustowego badania leków wobec różnych markerów epigenetycznych. Projekt dostarczy ważnych wniosków na temat niedostatecznie zbadanego wpływu leków na ludzki epigenom.
Cel
Here, we develop a highly multiplexed, quantitative, ChIP-Seq technology (hmqChIP-Seq) for commercial exploitation in high-throughput profiling of epigenetic drug on- and off-target effects. Screening efficacy and toxicology of drug candidates in early stages of development has been recognized to be an essential part of drug screening. 90% of all Phase I drug candidates do not reach FDA approval and it is estimated that a quarter of failures relates to unexpected toxicity in humans. This is stunning given that all Phase I drugs have undergone animal-heavy battery of toxicologic tests and showcases the importance of expanding the screening capabilities for drug efficacy and toxicology in human cell-based assays, be it standard culture, organoids or engineered tissues. We believe that the interaction of drugs with the epigenome is an understudied/undervalued area of pre-clinical testing and epigenetic drug profiling will be key in predicting long term outcome in humans. With hmqChIP-Seq, 96 or more drug conditions can be screened against 24 or more epigenomic markers, such as histone or DNA post-translational modifications using specific antibodies and next-generation sequencing read-out. The method development aims to reduce the necessary input material to 1000 cells per condition, allowing it to be placed downstream of typical high-throughput cell-based drug screening assay in a variety of relevant human cell models, such as induced pluripotent stem cells, engineered tissues, organoids. The technology provides a framework for high-throughput, low cost, elucidation of short and long term action and toxicology of epigenetic drugs, or any drug candidate that could affect epigenetic markers.
Dziedzina nauki
- medical and health sciencesbasic medicinepharmacology and pharmacydrug discovery
- natural sciencesbiological sciencesgeneticsDNA
- medical and health sciencesmedical biotechnologycells technologiesstem cells
- medical and health sciencesbasic medicinetoxicology
- natural sciencesbiological sciencesgeneticsepigenetics
Program(-y)
System finansowania
ERC-POC - Proof of Concept GrantInstytucja przyjmująca
17177 Stockholm
Szwecja