Skip to main content

Serving Life-science Information for the Next Generation

Article Category

Article available in the folowing languages:

Zoptymalizowane korzystanie z danych na temat biocząsteczek

Postęp technologiczny w dziedzinie nauk przyrodniczych zaowocował bogactwem danych na temat biocząsteczek, dzięki badaniu genomów, białek, zachowania cząsteczek, ich interakcji i wielu innych aspektów. Optymalizacja dostępu do tych danych dzięki narzędziom szkoleniowym zapewni właściwe korzystanie z nich na takich polach, jak medycyna, dietetyka, leśnictwo, rybołówstwo i ochrona środowiska.

Zdrowie

W tym celu ustanowiono finansowany ze środków UE projekt "Serving life-science information for the next generation" (SLING) . Działania w ramach tego projektu będą wspomagać badania komercyjne i naukowe w Europie oraz szkolenia z optymalnego korzystania z danych na temat biocząsteczek. Naukowcy uzyskali dostęp do obszernych baz danych i usług takich instytutów, jak Szwajcarski Instytut Bioinformatyki (SIB), Europejski Urząd Patentowy (EPO) i Europejski Instytut Bioinformatyki (EBI). W projekcie SLING ustanowiono też zasoby pełnej treści artykułów naukowych i patentów (poprzez EPO), w którym dostępny jest ponad milion pełnej treści patentów. Ułatwiono zawieranie umów o wymianę danych pomiędzy głównymi instytucjami przechowującymi dane, takimi jak Omnibus Ekspresji Genowej Krajowego Ośrodka Informacji Biotechnicznej (NCBI) i europejska baza ArrayExpress. Scalono dwie wcześniej niepołączone bazy danych — IntAct (baza interakcji cząsteczkowych) i PRIDE (baza wyników spektrometrii mas) — dzięki czemu naukowcy mają teraz dostęp do danych spektrometrycznych skojarzonych z danymi z bazy IntAct. Opracowano narzędzia do eksploracji danych tekstowych, aby zwiększyć wartość danych enzymologicznych i chemicznych zawartych w bazie enzymów BRENDA i bazie danych substancji chemicznych o znaczeniu biologicznym (ChEBI). Opracowano odpowiednie oprogramowanie otwarte i narzędzia do zgłaszania wniosków, aby ułatwić integrowanie danych i badania bez ograniczeń licencyjnych. Wśród istotnych osiągnięć należy wymienić opracowanie i wdrożenie zaleceń dotyczących nazewnictwa białek i wspólnotowe narzędzie MINSEQE do przetwarzania danych transkryptomicznych pozyskanych z sekwencjonowania nowej generacji. W rezultacie zebrano bogate dane na temat biocząsteczek, dodano do nich adnotacje, uporządkowano je i rozpropagowano w Europie i na świecie. Ze środków projektu SLING sfinansowano program szkoleń obejmujący 33 pokazy prezentowane w różnych krajach Unii, które są dostępne on-line jako kursy na stronie internetowej projektu. Tylko w pierwszym roku trwania projektu z kursów szkoleniowych skorzystało około 24 tys. naukowców. Wskutek działań związanych z projektem SLING liczba wejść na stronę EBI przekroczyła 3 mln dziennie. Wyniki projektu rozpowszechniano też za pośrednictwem publikacji i podręczników. Projekt umożliwił znaczące postępy pod względem infrastruktury, metod i wiedzy specjalistycznej w dziedzinie zarządzania danymi. Najbardziej aktualne dane i usługi dostarczane w projekcie SLING przyniosą ogromne korzyści badawcze w UE i umożliwią postęp na polu nauk przyrodniczych.

Słowa kluczowe

Biocząsteczki, eksploracja danych tekstowych, infrastruktura badawcza, administrator, zasoby danych, transkryptomika, nauki przyrodnicze, wymiana danych

Znajdź inne artykuły w tej samej dziedzinie zastosowania