Wyjaśnianie dynamiki rybosomalnej
Synteza białek w komórkach odbywa się w wyspecjalizowanych, makromolekularnych strukturach zwanych rybosomami, które składają się z RNA i białka. Aczkolwiek wysokorozdzielcze analizy dostarczyły szczegółowego obrazu struktury rybosomalnej, dynamika oddziaływania białko-RNA pozostaje w większości nieznana. Dzieje się tak głównie ze względu na niestabilność kompleksów in vitro. Naukowcy z finansowanego przez UE projektu RSDYN (Ribosome dynamics analysed by novel cross-linking/mass spectrometry) postanowili podjąć to wyzwanie i zastosować nowatorskie technologie bazujące na spektrometrii masowej do opisu sieciowania białek i RNA. W swych doświadczeniach, członkowie konsorcjum RSDYN naświetlali żywe komórki drożdży i zidentyfikowali cześć peptydu, która tworzyła usieciowanie z RNA. Przy użyciu tej metody dokładnie zmapowali miejsca wiązania RNA w setkach białek drożdżowych. Te informacje zostały scalone z wysokorozdzielczą analizą struktur rybosomalnych drożdży i pojedynczych kompleksów białko-RNA. Badacze przeprowadzili również całogenomowe analizy celów RNA nowo odkrytego białka wiążącego RNA: enolazy. Aby wyjaśnić oddziaływania białko-białko w kompleksach rybosomalnych, członkowie konsorcjum użyli szczepów Escherichia coli z zaburzeniami składania rybosomów oraz badali zmiany w składzie i strukturze rybosomu. Metoda stosowana w projekcie RSDYN uzupełnia istniejące strategie bazujące na krystalografii rentgenograficznej oraz NMR w badaniu dynamiki cząstek rybonukleinowych takich jak rybosomy. Ta metoda powinna być bardzo użyteczna w wielu obszarach badawczych, od podstawowej biologii molekularnej do projektowania leków, jak również badania oddziaływań białko-DNA. Co więcej, wyniki niniejszego badania ułatwią tworzenie nowej generacji leków antybakteryjnych, nacelowanych na czynniki agregacji w biogenezie rybosomalnej.
Słowa kluczowe
Rybosom, antybakteryjny, białko, RNA, sieciowanie, spektrometria masowa, genom
