Korzystna interferencja
Małe RNA o strukturze szpilki do włosów (shRNA) może wyciszyć ekspresję genu docelowego za pośrednictwem krótkiego RNA (siRNA) interferencyjnego. Wykorzystanie RNAi umożliwiło rozwój badań przesiewowych siRNA, które identyfikują geny wirusowe odgrywające kluczową rolę w zakażeniu. Dobrym przykładem jest identyfikacja nowych genów gospodarza, które wpływają na replikację RNA wirusów. Zespół projektu VIRUSSHCREEN (Discovery of novel aspects of host-pathogen interactions through the use of powerful genome-wide shRNA libraries) skupiał się na badaniu cyklu zakażenia ludzkim wirusem opryszczki. Badania koncentrowały się na degradacji powiązanej z retikulum endoplazmatycznym, która wiąże się z zakażeniem wirusowym jako reakcja na stres. Stworzono dwie całogenomowe biblioteki shRNA i przeprowadzono badania przesiewowe bibliotek całogenomowych. Wyniki wykazały wiele ludzkich genów zaangażowanych w transport rycyny, która jest śmiertelną toksyną, jak również ruch biocząsteczek w komórkach ludzkich. Badanie aktywności białka US11, które jest odpowiedzialne za unikanie zakażenia opryszczką przez układ odpornościowy, ujawniło elementy odgrywające kluczową rolę w procesie unikania. Jeden z tych elementów — nowa ligaza ubikwityny E3 — jest związany z aktywnością białka US11. Inny element odgrywa rolę w niszczeniu celów komórkowych niezwiązanych z zakażeniem wirusowym. Badania przesiewowe i narzędzia do ich przeprowadzania opracowane w ramach projektu VIRUSSHCREEN mogą być stosowane na szeroką skalę w badaniach całogenomowych. Wiedza na temat oddziaływania wirus-gospodarz może zostać wykorzystana do opracowania nowych terapii przeciwwirusowych.
