Wzmacniacze genetyczne w przypadku chłoniaka
Różnicowanie limfocytów B jest skomplikowanym procesem, w którym zmiany epigenetyczne, takie jak metylacja DNA i modyfikacje histonów, są kluczowe dla regulacji ekspresji genów. Zaburzenia procesów epigenetycznych mogą prowadzić do rozwoju nowotworów złośliwych z limfocytów B. Co interesujące, większość zmian metylacji DNA nie zachodzi, jak początkowo przypuszczano, w regionach promotorowych, lecz w intragenicznych i intergenicznych loci, bogatych we wzmacniacze transkrypcji. Chłoniak z komórek płaszcza (MCL) to specyficzny typ chłoniaka o złośliwym przebiegu i ze słabymi wynikami klinicznymi. W MCL występuje fuzja części chromosomu 11 i 14, co prowadzi do aktywacji cykliny D1. Ponadto, aktywację białka SOX11 powiązano ze złośliwymi postaciami MCL. Jak dotąd mało wiadomo na temat zmian epigenetycznych leżących u podstaw MCL. Zakres finansowanego przez UE projektu DNAMETHYLOOPMCL (Of DNA methylation and looping of distant regulatory elements in mantle cell lymphoma) objął badanie krajobrazu epigenetycznego i genetycznego 3D w przypadku MCL. Chciano odkryć nieznane regiony DNA, których deregulacja może wpływać na rozwój i/lub złośliwość tego chłoniaka. Naukowcy zmapowali wzorce metylacji DNA ponad 80 próbek MCL oraz modyfikacje histonów w części z nich. W porównaniu z prawidłowymi limfocytami, hipometylowane obszary DNA w próbkach MCL były bogatsze w regiony wzmacniające. Co ciekawe, jeden z tych regionów znajdował się w sąsiedztwie genu SOX11 i w przestrzeni trójwymiarowej znajdował się na pętli obok niego, najprawdopodobniej służąc jako element wzmacniający tego powiązanego z MCL onkogenu. Reasumując, wyniki niniejszego badania wykazały, że hipometylacja DNA w przypadku MCL może zostać wykorzystana do wykrywania regionów genomu, których aktywacja wpływa na rozwój choroby. Ponadto uczestnicy projektu DNAMETHYLOOPMCL podkreślili potrzebę analizy trójwymiarowej struktury genomu podczas identyfikacji wzmacniaczy, jako że niekoniecznie aktywują one najbliżej sąsiadujące z nimi geny. Tę samą metodę można wykorzystać do odkrywania innych regionów regulatorowych, celem lepszego zrozumienia biologii tej niebezpiecznej choroby. Wyniki niniejszego badania opublikowano w listopadzie 2016 na łamach Cancer Cell, jako artykuł z darmowym dostępem online(odnośnik otworzy się w nowym oknie).
Słowa kluczowe
Wzmacniacz transkrypcji, limfocyt B, MCL, SOX11, DNAMETHYLOOPMCL
