Nicienie i bakterie we wspólnej walce o przetrwanie
Symbioza, czyli współżycie dwóch organizmów oparte na obustronnych korzyściach, występuje w naturze dość często. Klasyczny przykład to nicień żywiący się owadami, żyjący w glebie ze swoimi partnerami, dwoma szczepami bakterii: Xenorhabdus i Photorhabdus. Bakterie te spędzają część swojego cyklu rozwojowego we wnętrznościach nicienia. Wspierają przy tym nicienie w zabijaniu szkodliwych owadów. Naukowcy uczestniczący w finansowanym przez UE projekcie "Genomiczne podejście do wykorzystania metabolitów bakterii Xenorhabdus i Photorhabdus" (GAMEXP) badają substancje chemiczne wytwarzane przez te drobnoustroje. Łączą próbki gleby z Wietnamu i Tajlandii w celu izolowania szczepów bakterii z wnętrzności nicieni-nosicieli. Dotychczas pobrano ponad 1200 próbek gleby zawierających około 60 różnych nicieni. Obecne w nich bakterie wytworzyły prawie 100 związków, których aktywność biologiczna jest teraz badana. Zespół projektu analizuje genom w celu skrócenia uciążliwego procesu uzyskiwania naturalnych produktów z drobnoustrojów. Informacje genetyczne dotyczące drobnoustrojów służą do prognozowania struktury molekularnej użytecznych substancji. Inną metodą pozwalającą zaoszczędzić czas jest RVA (rapid virulence annotation). Potencjalne geny wirulencji są charakteryzowane na podstawie innych bibliotek i przypisywane do funkcji. Następnie naukowcy analizują je przy użyciu innych metod genomicznych. Korzystając z metody RVA, wyizolowano kosmidy – elementy DNA, które mogą tworzyć interesujące sekwencje genów. Po oddzieleniu od głównego łańcucha DNA w bakterii kosmidy mogą replikować się i przenosić do innych komórek przy użyciu wirusów. Projekt GAMEXP umożliwił połączenie największych zbiorów szczepów dwóch bakterii i największej biblioteki wytwarzanych przez nie substancji. Potencjalne zastosowania rezultatów tych badań nie ograniczają się do produkcji nowych środków owadobójczych. Być może zostaną również opracowane związki przeciwnowotworowe i inne produkty farmaceutyczne.
