Lepsze technologie badań biomolekularnych
Spektroskopia magnetycznego rezonansu jądrowego (NMR) to technika umożliwiająca badanie właściwości cząsteczek organicznych. Wykorzystuje właściwości magnetyczne określonych jąder, dostarczając szczegółowych informacji na temat struktury, dynamiki i środowiska chemicznego cząsteczek. Potencjał technologii NMR w zakresie badania interakcji biomolekularnych sprawia, że naukowcy coraz intensywniej pracują na jej rozwojem. Głównym celem finansowanego ze środków UE projektu "Udoskonalenie NMR na potrzeby genomiki funkcjonalnej i strukturalnej" (Extend-NMR) było stworzenie nowych narzędzi obliczeniowych, które rozszerzają zastosowanie technologii NMR na badanie strukturalne niemożliwych do skrystalizowania białek i innych kompleksów molekularnych. Ponadto naukowcy zajmowali się ulepszaniem istniejących narzędzi służących do identyfikacji i analizy ilościowej sygnałów NMR. Członkowie zespołu we wspólnych ramach stworzonych przez społeczność inicjatywy "Oparty na współpracy projekt obliczeniowy na rzecz NMR" (CCPN) wdrożyli algorytmy obliczeniowe i narzędzia statystyczne. Opracowano dostępne bezpłatnie dla naukowców oprogramowanie, umożliwiające kompleksową analizę struktur opartych na NMR w kontekście danych doświadczalnych oraz automatyczne określanie struktur biologicznych makrocząsteczek. Po kompleksowym przeanalizowaniu danych interakcji biochemicznych i/lub biofizycznych, danych mutagenetycznych lub prognoz bioinformatycznych, oprogramowanie potrafi przewidzieć interakcję pomiędzy białkami. Wszystkie elementy oprogramowania projektu Extend-NMR wykorzystują jeden interfejs graficzny i są instalowane w jednym pakiecie. Pakiet zaprojektowano w taki sposób, aby wyeliminować problemy, na jakie użytkownik może natrafić, przechodząc pomiędzy różnymi zadaniami, dzięki czemu aplikacja ta jest niezwykle wydajnym narzędziem. Podsumowując, uczestnicy projektu stworzyli pakiet oprogramowania, który umożliwia stosowanie spektroskopii NMR w proteomice strukturalnej i funkcjonalnej.
