Peptide Killers of Bacteria

Informacje na temat projektu

PeptideKillers

Identyfikator umowy o grant: 101001470

DOI

10.3030/101001470

Data podpisania przez KE 25 Maja 2021

Data rozpoczęcia 1 Stycznia 2022

Data zakończenia 30 Czerwca 2027

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 2 315 705,00

Wkład UE

€ 2 315 705,00

Koordynowany przez

Masarykova univerzita
Czechia

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (19)

Implicit membrane for helical peptide selectivity toward bacterial membranes

Autorzy: Sofía Blasco, Erin Spearing, Martina Drabinová, Vendula Rašková, Robert Vácha
Opublikowane w: Biophysical Journal, Numer 125, 2026, Strona(/y) 2164-2174, ISSN 0006-3495
Wydawca: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2026.03.059

Free Energy of Membrane Pore Formation and Stability from Molecular Dynamics Simulations

Autorzy: Timothée Rivel, Denys Biriukov, Ivo Kabelka, Robert Vácha
Opublikowane w: Journal of Chemical Information and Modeling, Numer 65, 2025, Strona(/y) 908-920, ISSN 1549-9596
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.4c01960

Insertases scramble lipids: Molecular simulations of MTCH2

Autorzy: Ladislav Bartoš, Anant K. Menon, Robert Vácha
Opublikowane w: Structure, Numer 32, 2024, Strona(/y) 505-510.e4, ISSN 0969-2126
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2024.01.012

Pathways to a Shiny Future: Building the Foundation for Computational Physical Chemistry and Biophysics in 2050

Autorzy: Denys Biriukov, Robert Vácha
Opublikowane w: ACS Physical Chemistry Au, Numer 4, 2024, Strona(/y) 302-313, ISSN 2694-2445
Wydawca: ASC Publications
DOI: 10.1021/acsphyschemau.4c00003

Enhanced diffusion through multivalency

Autorzy: Ladislav Bartoš, Mikael Lund, Robert Vácha
Opublikowane w: Soft Matter, Numer 21, 2025, Strona(/y) 179-185, ISSN 1744-683X
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4sm00778f

Helical sensors of membrane saturation: Changes in orientation and curvature preference

Autorzy: Sushmita Pal, Peter Pajtinka, Matti Javanainen, Robert Vácha
Opublikowane w: Biophysical Journal, Numer 124, 2026, Strona(/y) 4087-4095, ISSN 0006-3495
Wydawca: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2025.09.042

Optimizing properties of translocation-enhancing transmembrane proteins

Autorzy: Ladislav Bartoš, Martina Drabinová, Robert Vácha
Opublikowane w: Biophysical Journal, Numer 123, 2024, Strona(/y) 1240-1252, ISSN 0006-3495
Wydawca: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2024.04.009

Martini 3 Limitations in Phospholipid Flip-Flop

Autorzy: Ondřej Kroutil, Ladislav Bartoš, Ivo Kabelka, Robert Vácha
Opublikowane w: Journal of Chemical Theory and Computation, Numer 21, 2026, Strona(/y) 9227-9233, ISSN 1549-9618
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.5c00994

Sequence and structural determinants of RNAPII CTD phase-separation and phosphorylation by CDK7

Autorzy: Katerina Linhartova, Francesco Luca Falginella, Martin Matl, Marek Sebesta, Robert Vácha, Richard Stefl
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 15, 2024, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-53305-2

Split Membrane: A New Model to Accelerate All-Atom MD Simulation of Phospholipid Bilayers

Autorzy: Mehrnoosh Khodam Hazrati, Lukáš Sukeník, Robert Vácha
Opublikowane w: Journal of Chemical Information and Modeling, Numer 65, 2025, Strona(/y) 845-856, ISSN 1549-9596
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.4c01664

Binding of DEP domain to phospholipid membranes: More than just electrostatics

Autorzy: Francesco L. Falginella, Marek Kravec, Martina Drabinová, Petra Paclíková, Vítĕzslav Bryja, Robert Vácha
Opublikowane w: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes, Numer Volume 1864, Numer 10, 1 October 2022, 2022, Strona(/y) 1-12, ISSN 0005-2736
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbamem.2022.183983

Magainin 2 and PGLa in bacterial membrane mimics IV: Membrane curvature and partitioning

Autorzy: Enrico F. Semeraro, Peter Pajtinka, Lisa Marx, Ivo Kabelka, Regina Leber, Karl Lohner, Robert Vácha, Georg Pabst
Opublikowane w: BIOPHYSICAL JOURNAL, Numer Volume 121, Numer 23, 6 December 2022, 2022, Strona(/y) 4689-4701, ISSN 0006-3495
Wydawca: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2022.10.018

Amphipathic Helices Can Sense Both Positive and Negative Curvatures of Lipid Membranes

Autorzy: Peter Pajtinka, Robert Vácha
Opublikowane w: The Journal of Physical Chemistry Letters, Numer 15, 2024, Strona(/y) 175-179, ISSN 1948-7185
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.3c02785

Phospholipids are imported into mitochondria by VDAC, a dimeric beta barrel scramblase

Autorzy: Helene Jahn, Ladislav Bartoš, Grace I. Dearden, Jeremy S. Dittman, Joost C. M. Holthuis, Robert Vácha, Anant K. Menon
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 14, 2023, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43570-y

Membrane Adsorption Enhances Translocation of Antimicrobial Peptide Buforin 2

Autorzy: Mehrnoosh Khodam Hazrati, Robert Vácha
Opublikowane w: The Journal of Physical Chemistry B, Numer 128, 2024, Strona(/y) 8469-8476, ISSN 1520-6106
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.4c04338

gorder: Comprehensive tool for calculating lipid order parameters from molecular simulations

Autorzy: Ladislav Bartoš, Peter Pajtinka, Robert Vácha
Opublikowane w: SoftwareX, Numer 31, 2026, Strona(/y) 102254, ISSN 2352-7110
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.softx.2025.102254

Computational Design of Pore-Forming Peptides with Potent Antimicrobial and Anticancer Activities

Autorzy: Rahul Deb, Marcelo D. T. Torres, Miroslav Boudný, Markéta Koběrská, Floriana Cappiello, Miroslav Popper, Kateřina Dvořáková Bendová, Martina Drabinová, Adelheid Hanáčková, Katy Jeannot, Miloš Petřík, Maria Luisa Mangoni, Gabriela Balíková Novotná, Marek Mráz, Cesar de la Fuente-Nunez, Robert Vácha
Opublikowane w: Journal of Medicinal Chemistry, Numer 67, 2024, Strona(/y) 14040-14061, ISSN 0022-2623
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.4c00912

Nanoparticle induced fusion of lipid membranes

Autorzy: Sofía Blasco, Lukáš Sukeník, Robert Vácha
Opublikowane w: Nanoscale, Numer 16, 2024, Strona(/y) 10221-10229, ISSN 2040-3364
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4nr00591k

Peptide translocation across asymmetric phospholipid membranes

Autorzy: Ladislav Bartoš, Robert Vácha
Opublikowane w: Biophysical Journal, Numer 123, 2024, Strona(/y) 693-702, ISSN 0006-3495
Wydawca: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2024.02.006

Conference proceedings (1)

HOW LARGE MOLECULES CAN ENTER CELL

Autorzy: Sukeník Lukáš; Deb Rahul; Vácha Robert
Opublikowane w: Czech Chemical Society Symposium Series - Annual meeting of the National Institute of Virology and Bacteriology (NIVB), Numer 3, 2022, Strona(/y) 368
Wydawca: National Institute of Virology and Bacteriology

Non-peer reviewed articles (1)

Design guidelines for α-helical peptides that self-assemble into transmembrane barrel pores killing antibiotic-resistant bacteria

Autorzy: Rahul Deb; Ivo Kabelka; Jan Přibyl; Edo Vreeker; Giovanni Maglia; Robert Vácha
Opublikowane w: bioRxiv, Numer 1, 2022, ISSN 2692-8205
Wydawca: bioRxiv
DOI: 10.1101/2022.05.09.491086