Opis projektu
Analiza kontekstu genomowego za pomocą indukowalnej platformy degradacji YEATS
Metabolizm i mechanizmy regulacji genów kształtują tożsamość komórkową za pośrednictwem metabolitów, takich jak acylo-CoA, które modyfikują histony i aktywują transkrypcję. Mimo że odkrywane są nowe modyfikacje potranslacyjne, na przykład krotonylacja, rola białek odczytujących YEATS i ich znaczenie w rozwoju nowotworów wciąż pozostają w dużej mierze niezbadane. Z tego względu zespół wspieranego w ramach programu działań „Maria Skłodowska-Curie” projektu M-Y-cro zamierza stworzyć indukowalną platformę degradacji YEATS, która umożliwi analizę kontekstu genomowego w różnych warunkach acylacji. W tym celu uczeni zastosują oparty na fluorescencji komórkowy system reporterowy, aby zidentyfikować potencjalne interaktory przy użyciu biblioteki nokautów genowych CRISPR ukierunkowanej na enzymy metaboliczne. Po określeniu obiecujących kandydatów przeprowadzona zostanie charakterystyka biofizyczna oraz ocena ich metabolicznego wpływu na krajobraz epigenetyczny w istotnych dla badań liniach komórek nowotworowych.
Cel
Metabolism and gene regulations act in concert to shape cellular identity and plasticity. One major line of crosstalk occurs through metabolites such as acyl-CoAs, which are inscribed on histones as posttranslational modifications (PTMs) to be subsequently recognised by reader proteins, resulting in initiation of specific transcriptional programs. The increasing identification of novel PTMs necessitates thorough characterisation, however still remain largely underexplored. For instance, the presence of non-acetyl acyl-Lys PTMs such as crotonylation with YEATS-reader proteins identified to bind these PTMs suggests complex gene regulation programs. However, despite the clinical relevance of YEATS-proteins in various cancers, little is known about their acyl-reading activity and transcriptional consequences. Therefore, this proposal aims to close multiple knowledge gaps regarding overall function and mechanism of the metabolism/acyl-PTM/YEATS communication axis. Considering the metabolic context, I furthermore propose epigenetic YEATS action to be determined by direct interactions with metabolic proteins.
Thus, I will first establish an inducible YEATS-degradation platform to characterise the genomic context under various acylate conditions. Next, I will implement a fluorescence-based cell reporter system, which shall reveal putative interactors upon transfection with a CRISPR-KO library targeting metabolic enzymes. Lastly, hits will be biophysically characterized, their metabolic impact within the epigenetic context determined and co-dependencies on relevant cancer cell lines tested. The interdisciplinary approach entailing state-of-the-art chemical and molecular biology tools will be combined with high-throughput screening methods and bioinformatic analyses. Besides elucidating general principles of the metabolism-YEATS epigenetics crosstalk, the results will provide valuable information for novel therapeutic avenues by exploiting identified co-dependencies.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
- medycyna i nauki o zdrowiu medycyna kliniczna onkologia
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne biochemia biocząsteczki białka enzymy
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne genetyka epigenetyka
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
-
HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
GŁÓWNY PROGRAM
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu finansowania
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
(odnośnik otworzy się w nowym oknie) HORIZON-MSCA-2022-PF-01
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego zaproszeniaKoordynator
Kwota netto dofinansowania ze środków Unii Europejskiej. Suma środków otrzymanych przez uczestnika, pomniejszona o kwotę unijnego dofinansowania przekazanego powiązanym podmiotom zewnętrznym. Uwzględnia podział unijnego dofinansowania pomiędzy bezpośrednich beneficjentów projektu i pozostałych uczestników, w tym podmioty zewnętrzne.
1090 Wien
Austria
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.