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FAIRification of multiOmics data to link databases and create knowledge graphs for fermented foods

Descrizione del progetto

Grafi di conoscenza per caratterizzare le fermentazioni di origine vegetale

Le alternative alla carne e ai latticini a base vegetale stanno guadagnando popolarità. Tuttavia, possono essere sbilanciate dal punto di vista nutrizionale e richiedono profili di gusto migliori. I microrganismi sono stati utilizzati per millenni nella produzione, nella conservazione e nel miglioramento della sicurezza degli alimenti. Tuttavia, le intricate comunità microbiche che guidano le fermentazioni a base vegetale necessitano di una migliore caratterizzazione, poiché i dati sono dispersi in varie fonti. Il progetto FAIROmics, finanziato dalle azioni Marie Skłodowska-Curie, intende stabilire un programma di ricerca interdisciplinare per la FAIRificazione dei dati omici e l’interoperabilità dei database. Questa iniziativa intende anche sviluppare grafi di conoscenza per facilitare il processo decisionale basato sui dati e la progettazione di comunità microbiche per gli alimenti fermentati a base vegetale. Inoltre, il progetto prevede un programma di formazione per migliorare le competenze dei dottorandi in intelligenza artificiale, scienze della vita, scienze umane e sociali.

Obiettivo

A transition towards sustainable food systems is urgently needed to face challenges such as climate change or scarcity of resources. Food impact accounts for 26% of global greenhouse gas emissions. Animal-based food products in the European diet is the most important factor determining the footprint of food consumption. Plant-based dairy and meat alternatives have grown in popularity in recent years for various reasons, including sustainability and health benefits as well as lifestyle trends and dietary restrictions. However, plant-based food products can be nutritionally unbalanced, and their flavour profiles may limit their acceptance by consumers. Microorganisms have been used in making food products for millennia. Besides their primary role in food preservation, by virtue of their fermentative metabolism, they contribute to improving food safety and organoleptic properties and can provide additional health-promoting effects. However, the diversity of microbial communities driving plant-based fermentations, as well as their key genetic and phenotypic traits and potential synergies among community members, remain poorly characterized. Many data exist but they are spread into different literatures (scientific and grey) or in best case in different databases, but not always reusable because difficult to find, access and because databases are not systematically interoperable. The FAIROmics innovative interdisciplinary research programme will gather universities and private companies to enable the FAIRification of omics data and databases interoperability, and develop knowledge graphs for data-driven decision making to rationally design microbial communities for imparting desirable characteristics to plant-based fermented foods in the context of open science and its regulations. The FAIROmics training programme aims at developing Doctoral candidates’ skills at the interface between artificial intelligence, life sciences, humanities and social sciences.

Coordinatore

INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE, L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENT
Contribution nette de l'UE
€ 565 387,20
Indirizzo
147 RUE DE L'UNIVERSITE
75007 Paris
Francia

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Regione
Ile-de-France Ile-de-France Paris
Tipo di attività
Research Organisations
Collegamenti
Costo totale
Nessun dato

Partecipanti (10)

Partner (16)