Activity-Based Profiling of Glycoprocessing Enzymes for Human Health and a Sustainable Society

Informacje na temat projektu

CARBOCENTRE

Identyfikator umowy o grant: 951231

DOI

10.3030/951231

Data podpisania przez KE 18 Grudnia 2020

Data rozpoczęcia 1 Czerwca 2021

Data zakończenia 31 Maja 2027

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 9 057 250,00

Wkład UE

€ 9 057 250,00

Koordynowany przez

UNIVERSITEIT LEIDEN
Netherlands

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (40)

Precision Activity‐Based α‐Amylase Probes for Dissection and Annotation of Linear and Branched‐Chain Starch‐Degrading Enzymes

Autorzy: Isabelle B. Pickles, Yurong Chen, Olga Moroz, Haley A. Brown, Casper de Boer, Zachary Armstrong, Nicholas G. S. McGregor, Marta Artola, Jeroen D. C. Codée, Nicole M. Koropatkin, Herman S. Overkleeft, Gideon J. Davies
Opublikowane w: Angewandte Chemie International Edition, Numer 64, 2025, ISSN 1433-7851
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202415219

Control of Substrate Conformation by Hydrogen Bonding in a Retaining β-Endoglycosidase

Autorzy: Alba Nin-Hill, Albert Ardevol, Xevi Biarnés, Antoni Planas, Carme Rovira
Opublikowane w: Chemistry—A European Journal, Numer 29, 2023, Strona(/y) e202302555, ISSN 1521-3765
Wydawca: Wiley-VCH GmbH
DOI: 10.1002/chem.202302555

Reaction Mechanism of Glycoside Hydrolase Family 116 UtilizesPerpendicular Protonation

Autorzy: Salila Pengthaisong, Beatriz Piniello, Gideon J. Davies, Carme Rovira, and James R. Ketudat Cairns
Opublikowane w: ACS Catalysis, Numer 13, 9, 2023, Strona(/y) 5850–5863, ISSN 2155-5435
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.3c00620

Human O-GlcNAcase Uses a Preactivated Boat-skew Substrate Conformation for Catalysis. Evidence from X-ray Crystallography and QM/MM Metadynamics

Autorzy: Martín Calvelo, Alexandra Males, Matthew G. Alteen, Lianne I. Willems, David J. Vocadlo, Gideon J. Davies and Carme Rovira
Opublikowane w: ACS Catalysis, Numer 13, 20, 2023, Strona(/y) 13151-13845, ISSN 2155-5435
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.3c02378

Constrained Catalytic Itinerary of a Retaining 3,6‐Anhydro‐D‐Galactosidase, a Key Enzyme in Red Algal Cell Wall Degradation

Autorzy: Michael D. Wallace, Irene Cuxart, Thomas Roret, Laura Guée, Aleksandra W. Debowski, Mirjam Czjzek, Carme Rovira, Keith A. Stubbs, Elizabeth Ficko‐Blean
Opublikowane w: Angewandte Chemie International Edition, 2024, ISSN 1433-7851
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202411171

Trans-cyclosulfamidate mannose-configured cyclitol allows isoform-dependent inhibition of GH47 α-d-mannosidases through a bump–hole strategy

Autorzy: Alexandra Males, Ken Kok, Alba Nin-Hill, Nicky de Koster, Sija van den Beukel, Thomas J. M. Beenakker, Gijsbert A. van der Marel, Jeroen D. C. Codée, Johannes M. F. G. Aerts, Herman S. Overkleeft, Carme Rovira, Gideon J. Davies, and Marta Artola
Opublikowane w: Chemical Science, Numer 14, 2023, Strona(/y) 13581–13586, ISSN 1478-6524
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3sc05016e

An Orthogonally Protected Cyclitol for the Construction of Nigerose- and Dextran-Mimetic Cyclophellitols.

Autorzy: Tim P Ofman; Florian Küllmer; Gijsbert A. van der Marel; Jeroen D. C. Codée; Herman S. Overkleeft
Opublikowane w: Organic Letters, 23(24), 9516 - 9519, Numer 23 (24), 2021, Strona(/y) 9516-9519, ISSN 1523-7060
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.orglett.1c03723

Design and Synthesis of Exocyclic Cyclitol Aziridines as Potential Mechanism-Based Glycosidase Inactivators

Autorzy: Tim P. Ofman, Prof. Dr. Gijsbert A. van der Marel, Prof. Dr. Jeroen D. C. Codée, Prof. Dr. Hermen S. Overkleeft
Opublikowane w: European Journal of Organic Chemistry, Numer 26,16, 2023, Strona(/y) e202300186, ISSN 1099-0690
Wydawca: Wiley-VCH GmbH
DOI: 10.1002/ejoc.202300186

Bespoke Activity-Based Probes Reveal that the <i>Pseudomonas aeruginosa</i> Endoglycosidase, PslG, Is an Endo-β-glucanase

Autorzy: Gijs Ruijgrok, Wendy A. Offen, Isabelle B. Pickles, Deepa Raju, Thanasis Patsos, Casper de Boer, Tim Ofman, Joep Rompa, Daan van Oord, Eleanor J. Dodson, Alexander Beekers, Thijs Voskuilen, Michela Ferrari, Liang Wu, Antonius P. A. Janssen, Jeroen D. C. Codée, P. Lynne Howell, Gideon J. Davies, Herman S. Overkleeft
Opublikowane w: Journal of the American Chemical Society, Numer 147, 2025, Strona(/y) 8578-8586, ISSN 0002-7863
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.4c16806

Activity-based protein profiling reveals dynamic substrate-specific cellulase secretion by saprotrophic basidiomycetes

Autorzy: Nicholas G. S. McGregor; Casper de Boer; Mikhaaeel Santos; Mireille Haon; David Navarro; Sybrin Schroder; Jean-Guy Berrin; Herman S. Overkleeft; Gideon J. Davies
Opublikowane w: Biotechnology for Biofuels and Bioproducts, Numer 15, 2022, ISSN 2731-3654
Wydawca: BioMed Central Ltd.
DOI: 10.1186/s13068-022-02107-z

Molecular basis for bacterial N-glycosylation by a soluble HMW1C-like N-glycosyltransferase

Autorzy: Beatriz Piniello; Javier Macías-León; Shun Miyazaki; Ana García-García; Ismael Compañón; Mattia Ghirardello; Víctor Taleb; Billy Veloz; Francisco Corzana; Atsushi Miyagawa; Carme Rovira; Ramon Hurtado-Guerrero
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 14, 2023, Strona(/y) 5785, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-41238-1

From Mechanism-Based Retaining Glycosidase Inhibitors to Activity-Based Glycosidase Profiling

Autorzy: Marta Artola, Johannes M. F. G. Aerts, Gijsbert A. van der Marel, Carme Rovira, Jeroen D. C. Codée, Gideon J. Davies, Herman S. Overkleeft
Opublikowane w: Journal of the American Chemical Society, Numer 146, 2024, Strona(/y) 24729-24741, ISSN 0002-7863
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.4c08840

An Unusual His/Asp Dyad Operates Catalysis in Agar-Degrading Glycosidases

Autorzy: Mert Sagiroglugil, Alba Nin-Hill, Elizabeth Ficko-Blean, Carme Rovira
Opublikowane w: ACS Catalysis, Numer 14, 2024, Strona(/y) 16897-16904, ISSN 2155-5435
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.4c04139

Conformational Free Energy Landscape of β-Glucose in the Gas Phase and Aqueous Solution: Energetic, Structural, and Electronic Changes

Autorzy: Qinghua Liao, Mariana A. B. Morais, Carme Rovira, Alba Nin-Hill
Opublikowane w: ACS Omega, Numer 10, 2025, Strona(/y) 19903-19911, ISSN 2470-1343
Wydawca: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/acsomega.5c01543

Computer Simulation to Rationalize “Rational” Engineering of Glycoside Hydrolases and Glycosyltransferases

Autorzy: Joan Coines, Irene Cuxart, David Teze, and Carme Rovira
Opublikowane w: The Journal of Physical Chemistry B, Numer 126 (4), 2022, Strona(/y) 802–812, ISSN 1520-6106
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.1c09536

Rational tuning of the reactivity of three-memberet heterocycle ring openings via SN2 reactions

Autorzy: T. Hansen, A. Nin-Hill, J. D. Codée, T. A. Hamlin, C. Rovira
Opublikowane w: Chemistry European Journal, Numer 28, 2022, ISSN 0947-6539
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/chem.202201649

Conformational and Electronic Variations in 1,2- and 1,5a-Cyclophellitols and their Impact on Retaining α-Glucosidase Inhibition

Autorzy: Tim P. Ofman, Jurriaan J. A. Heming, Alba Nin-Hill, Florian Küllmer, Elisha Moran, Megan Bennett, Roy Steneker, Anne-Mei Klein, Gijs Ruijgrok, Ken Kok, Zach W. B. Armstrong, Johannes M. F. G. Aerts, Gijsbert A. Marel, Carme Rovira, Gideon J. Davies, Marta Artola, Jeroen D. C. Codée, Herman S. Overkleeft
Opublikowane w: Chemistry—A European Journal, Numer 30, 2024, Strona(/y) e202400723, ISSN 1521-3765
Wydawca: Wiley-VCH GmbH
DOI: 10.1002/chem.202400723

Unraveling the molecular mechanism of polysaccharide lyases for efficient alginate degradation

Autorzy: José Pablo Rivas-Fernández, Marlene Vuillemin, Bo Pilgaard, Leesa J. Klau, Folmer Fredslund, Charlotte Lund-Hanssen, Ditte H. Welner, Anne S. Meyer, J. Preben Morth, Flora Meilleur, Finn L. Aachmann, Carme Rovira, Casper Wilkens
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 16, 2025, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-56754-5

A Bioorthogonal Precision Tool for Human <i>N</i>-Acetylglucosaminyltransferase V

Autorzy: Yu Liu, Ganka Bineva-Todd, Richard W. Meek, Laura Mazo, Beatriz Piniello, Olga Moroz, Sean A. Burnap, Nadima Begum, André Ohara, Chloe Roustan, Sara Tomita, Svend Kjaer, Karen Polizzi, Weston B. Struwe, Carme Rovira, Gideon J. Davies, Benjamin Schumann
Opublikowane w: Journal of the American Chemical Society, Numer 146, 2024, Strona(/y) 26707-26718, ISSN 0002-7863
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.4c05955

A multiplexing activity-based protein profiling platform for dissection of a native bacterial xyloglucan-degrading system

Autorzy: Nicholas McGregor ,Casper de Boer ,Quentin Foucart ,Thomas Beenakker ,Wendy Offen ,Jeroen Codee ,Lianne Willems ,Herman Overkleeft ,Gideon Davies
Opublikowane w: ACS Central Science, Numer 9, 12, 2023, Strona(/y) 2306–2314, ISSN 2374-7943
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscentsci.3c00831

Mechanism-based heparanase inhibitors reduce cancer metastasis in vivo

Autorzy: Casper de Boer; Zachary Armstrong; Vincent A. J. Lit; Uri Barash; Gijs Ruijgrok; Ilanit Boyango; Merle M. Weitzenberg; Sybrin P. Schröder; Alexi J. C. Sarris; Nico J. Meeuwenoord; Pedro Bule; Yasmine Kayal; Neta Ilan; Jeroen D. C. Codée; Israel Vlodavsky; Herman S. Overkleeft; Gideon J. Davies; Liang Wu
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 119, 31, 2022, Strona(/y) e2203167119, ISSN 1091-6490
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2203167119

Selective labelling of GBA2 in cells with fluorescent β-<scp>d</scp>-arabinofuranosyl cyclitol aziridines

Autorzy: Qin Su, Max Louwerse, Rob F. Lammers, Elmer Maurits, Max Janssen, Rolf G. Boot, Valentina Borlandelli, Wendy A. Offen, Daniël Linzel, Sybrin P. Schröder, Gideon J. Davies, Herman S. Overkleeft, Marta Artola, Johannes M. F. G. Aerts
Opublikowane w: Chemical Science, Numer 15, 2024, Strona(/y) 15212-15220, ISSN 2041-6520
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3sc06146a

Formation of a Covalent Adduct in Retaining β‐Kdo Glycosyl‐Transferase WbbB via Substrate‐Mediated Proton Relay

Autorzy: Mert Sagiroglugil, Qinghua Liao, Antoni Planas, Carme Rovira
Opublikowane w: ChemCatChem, Numer 16, 2025, ISSN 1867-3880
Wydawca: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/cctc.202400769

<i>Epi</i>-Cyclophellitol Cyclosulfate, a Mechanism-Based Endoplasmic Reticulum α-Glucosidase II Inhibitor, Blocks Replication of SARS-CoV-2 and Other Coronaviruses

Autorzy: Melissa Thaler, Tim P. Ofman, Ken Kok, Jurriaan J. A. Heming, Elisha Moran, Isabelle Pickles, Anouk A. Leijs, Adrianus M. C. H. van den Nieuwendijk, Richard J. B. H. N. van den Berg, Gijs Ruijgrok, Zachary Armstrong, Clarisse Salgado-Benvindo, Dennis K. Ninaber, Eric J. Snijder, Constant A. A. van Boeckel, Marta Artola, Gideon J. Davies, Herman S. Overkleeft, Martijn J. van Hemert
Opublikowane w: ACS Central Science, Numer 10, 2024, Strona(/y) 1594-1608, ISSN 2374-7943
Wydawca: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/acscentsci.4c00506

Enzymatic Hydrolysis of Human Milk Oligosaccharides. The Molecular Mechanism of Bifidobacterium Bifidum Lacto-N-biosidase

Autorzy: Irene Cuxart, Joan Coines, Oriol Esquivias, Magda Faijes, Antoni Planas, Xevi Biarnés, and Carme Rovira
Opublikowane w: ACS Catalysis, Numer 12,8, 2022, Strona(/y) 4737-4743
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.2c00309

Synthesis of broad-specificity activity-based probes for exo-beta-mannosidases

Autorzy: Nicholas G. S. McGregor; Chi-Lin Kuo; Thomas J. M. Beenakker; Chun-Sing Wong; Wendy A. Offen; Zachary Armstrong; Bogdan I. Florea; Jeroen D. C. Codée; Herman S. Overkleeft; Johannes M. F. G. Aerts; Gideon J. Davies
Opublikowane w: Organic & Biomolecular Chemistry, Numer 20, 2022, Strona(/y) 877-886, ISSN 1477-0520
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1ob02287c

<i>Parascedosporium putredinis</i> NO1 tailors its secretome for different lignocellulosic substrates

Autorzy: Conor J. R. Scott, Nicholas G. S. McGregor, Daniel R. Leadbeater, Nicola C. Oates, Janina Hoßbach, Amira Abood, Alexander Setchfield, Adam Dowle, Herman S. Overkleeft, Gideon J. Davies, Neil C. Bruce
Opublikowane w: Microbiology Spectrum, Numer 12, 2024, ISSN 2165-0497
Wydawca: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/spectrum.03943-23

Molecular Basis for Inhibition of Heparanases and β‑Glucuronidasesby Siastatin B

Autorzy: Yurong Chen, Adrianus M. C. H. van den Nieuwendijk, Liang Wu, Elisha Moran, Foteini Skoulikopoulou, Vera van Riet, Hermen S. Overkleeft, Gideon J. Davies and Zachary Armstrong
Opublikowane w: Journal of the American Chemical Society, Numer 146, 1, 2024, Strona(/y) 125-133, ISSN 0002-7863
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.3c04162

Combinatorial assembly and design of enzymes

Autorzy: R. Lipsh-Sokolik, O. Khersonsky, S. P. Schröder, C. de Boer, S.-Y. Hoch, G. J. Davies, H. S. Overkleeft and S. J. Fleishman
Opublikowane w: Science, Numer 379, 6628, 2023, Strona(/y) 195-201, ISSN 1095-9203
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.ade9434

The development of a broad-spectrum retaining β-exo-galactosidase activity-based probe

Autorzy: Kuo, C.L.; Su, Q.; Nieuwendijk, A.M.C.H. van den; Beenakker, T.J.M.; Offen, W.A.; Willems, L.I.; Boot, R.G.; Sarris, A.J.C.; Rosa Alcalde Marques, A.R.A.; Codée, J.D.C.; Marel, G.A. van der; Florea, B.I.; Davies, G.J.; Overkleeft, H.S.; Aerts, J.M.F.G.
Opublikowane w: Organic & Biomolecular Chemistry, Numer 21, 2023, Strona(/y) 7813-7820, ISSN 1477-0520
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3ob01261a

Xylose-Configured Cyclophellitols as Selective Inhibitors for Glucocerebrosidase

Autorzy: Qin Su; Sybrin P. Schröder; Lindsey T. Lelieveld; Maria J. Ferraz; Marri Verhoek; Rolf G. Boot; Herman S. Overkleeft; Johannes M. F. G. Aerts; Marta Artola; Chi-Lin Kuo
Opublikowane w: Chembiochem, Numer 22 (21), 2021, Strona(/y) 3090-3098, ISSN 1439-4227
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202100396

Evolution of Phosphorylase Activity in an Ancestral Glycosyltransferase

Autorzy: Jorick Franceus, José Pablo Rivas-Fernández, Jolien Lormans, Carme Rovira and Tom Desmet
Opublikowane w: ACS Catalysis, Numer 14, 5, 2024, Strona(/y) 3103−3114, ISSN 2155-5435
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.3c05819

β-l- Arabino furano-cyclitol Aziridines Are Covalent Broad-Spectrum Inhibitors and Activity-Based Probes for Retaining β-l-Arabinofuranosidases

Autorzy: Borlandelli V, Offen W, Moroz O, Nin-Hill A, McGregor N, Binkhorst L, Ishiwata A, Armstrong Z, Artola M, Rovira C, Davies GJ, Overkleeft HS.
Opublikowane w: ACS Chemical Biology, Numer 18 (12), 2023, Strona(/y) 2564–2573, ISSN 1554-8937
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschembio.3c00558

Synthesis and Biological Evaluation of Deoxycyclophellitols as Human Retaining β‐Glucosidase Inhibitors

Autorzy: Yevhenii Radchenko, Qin Su, Sybrin S. Schröder, Luke van Gijlswijk, Marta Artola, Johannes M. F. G. Aerts, Jeroen D. C. Codée, Herman S. Overkleeft
Opublikowane w: Chemistry – A European Journal, Numer 30, 2024, ISSN 0947-6539
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/chem.202402988

Fluorescence polarisation activity-based protein profiling for the identification of deoxynojirimycin-type inhibitors selective for lysosomal retaining alpha- and beta-glucosidases

Autorzy: Daniël van der Gracht; Rhianna J. Rowland; Véronique Roig-Zamboni; Maria J. Ferraz; Max Louwerse; Paul P. Geurink; Johannes M. F. G. Aerts; Gerlind Sulzenbacher; Gideon J. Davies; Herman S. Overkleeft; Marta Artola
Opublikowane w: Chemical Science, Numer 14, 2023, Strona(/y) 9136–9144, ISSN 2041-6539
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3sc01021j

In silico modelling of the function of disease-related CAZymes

Autorzy: Alba Nin-Hill, Beatriz Piniello, Carme Rovira
Opublikowane w: Essays in Biochemistry, Numer 67 (3), 2023, Strona(/y) 355–372, ISSN 0071-1365
Wydawca: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/ebc20220218

Detection of Sulfoquinovosidase Activity in Cell Lysates Using Activity‐Based Probes

Autorzy: Zirui Li, Isabelle B. Pickles, Mahima Sharma, Benjamin Melling, Luise Pallasdies, Jeroen D. C. Codée, Spencer J. Williams, Herman S. Overkleeft, Gideon J. Davies
Opublikowane w: Angewandte Chemie International Edition, Numer 63, 2024, ISSN 1433-7851
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202401358

1,6-epi-Cyclophellitol cyclosulfamidate is a bona fide lysosomal α-glucosidase stabilizer for the treatment of Pompe disease

Autorzy: Ken Kok; Chi-Lin Kuo; Rebecca E. Katzy; Lindsey T. Lelieveld; Liang Wu; Véronique Roig-Zamboni; Gijsbert A. van der Marel; Jeroen D. C. Codée; Gerlind Sulzenbacher; Gideon J. Davies; Herman S. Overkleeft; Johannes M. F. G. Aerts; Marta Artola
Opublikowane w: Journal of the American Chemical Society, Numer 144, 2022, Strona(/y) 14819-14827, ISSN 0002-7863
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.2c05666

4-O-Substituted Glucuronic Cyclophellitols are Selective Mechanism-Based Heparanase Inhibitors

Autorzy: V. Borlandelli, Z. Armstrong, A. Nin-Hill, J. Codée, Ll. Raich, M. Artola, C. Rovira, G. Davies, H. S. Overkleeft
Opublikowane w: ChemMedChem, 2022, ISSN 1860-7179
Wydawca: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/cmdc.202200580

Glycosidase mechanisms: Sugar conformations and reactivity in endo- and exo-acting enzymes

Autorzy: Mariana Abrahão Bueno Morais, Alba Nin-Hill, Carme Rovira
Opublikowane w: Current Opinion in Chemical Biology, Numer 74, 2023, Strona(/y) 102282, ISSN 1879-0402
Wydawca: Elsevier B.V.
DOI: 10.1016/j.cbpa.2023.102282

Prawa własności intelektualnej

Patent (2)

PSEUDO-DISACCHARIDE COMPOUNDS

Numer wniosku/publikacji: 20 23050231
Data: 2023-04-28
Wnioskodawca/wnioskodawcy: UNIVERSITY OF YORK

PSEUDO-DISACCHARIDE COMPOUNDS

Numer wniosku/publikacji: 20 23050231
Data: 2023-04-28
Wnioskodawca/wnioskodawcy: UNIVERSITEIT LEIDEN