Przewidywanie odpowiedzi na leczenie raka
Do leczenia raka nerkowokomórkowego opracowano leki skierowane wobec szlaków sygnałowych VEGF i mTOR o nazwie sunitynib i ewerolimus. Jednakże w wielu przypadkach dochodzi do oporności raka nerki na leczenie i przerzutów odległych. Możliwość przewidywania odpowiedzi pacjentów na te leki byłaby niezwykle użyteczna. Dlatego też zadaniem finansowanego przez UE projektu PREDICT (Predicting individual response and resistance to VEGFR/mTOR pathway therapeutic intervention using biomarkers discovered through tumour functional genomics) było odkrycie biomarkerów prognostycznych odpowiedzi na terapię nowymi środkami przeciwnowotworowymi. W tym celu przeprowadzono analizą molekularną biopsji guza z użyciem niezwykle skutecznych technologii, w tym sekwencjonowania nowej generacji i interferencji siRNA. Wyniki wskazały na obecność heterogenności w obrębie guza nowotworowego nerki, a najlepiej poznane zdarzenia napędzające nowotworzenie zachodziły na poziomie subklonalnym. Tym samym biomarkery bazujące na mechanizmach onkogenności nie odzwierciedlałyby stanu guza jako całości. Ponadto naukowcy zaobserwowali ewolucję pomniejszych subklonów do klonów letalnych, lekoopornych i powodujących przerzuty. Dodatkowo potwierdza to znaczenie heterogenności raka nerki. Aby rozwiązać ten problem, konsorcjum przeprowadziło analityczne profilowanie wielu regionów tego samego guza. Sekwencjonowanie wielu regionów pełnego egzomu umożliwiło poznanie architektury genetycznej i przebiegu ewolucji raka nerki. Aby rozwikłać jeden z istotniejszych problemów onkologii mający przełożenie na zastosowania praktyczne, konsorcjum ustanowiło liczne modele in vivo na bazie ksenograftu i in vitro na bazie kultur komórkowych z materiału od pacjentów. Podczas badań przesiewowych siRNA zidentyfikowano 13 genów, których ekspresja korelowało z wrażliwością na lek, podczas gry kolejnych 17 genów uwrażliwiało komórki nowotworowe na ewerolimus i mogłoby stanowić nowe cele leków. Ponadto konsorcjum odkryło, że stres replikacyjny może stanowić mechanizm powstawania heterogenności w obrębie guza, związany z aberracjami strukturalnymi chromosomów i nieprawidłową ich segregacją. Heterogenność w obrębie guza uznano za główny czynnik powstawania oporności na leki. Mimo dużego znaczenia tej heterogenności dla ewolucji i leczenia nowotworów złośliwych, naukowcy z projektu PREDICT zaproponowali strategie opracowywania interwencji terapeutycznych i identyfikowania biomarkerów klinicznych raka nerki.
Słowa kluczowe
Rak nerkowokomórkowy, biomarker, VEGF, szlak sygnałowy mTOR, heterogenność w obrębie guza, ksenograft