Wybieranie najbardziej adekwatnych danych dotyczących mutacji u myszy
Indukowanie celowanych mutacji — dokładnych i stabilnych zmian kodu genetycznego — pomaga wyjaśniać funkcje genów i generować modele wielu chorób włączając w to nowotwory złośliwe. Międzynarodowe Konsorcjum Myszy Knockout (IKMC) zostało stworzone do koordynacji różnych bieżących, międzynarodowych projektów badań nad mutagenezą u myszy. Finansowany przez UE projekt I-DCC (The international data coordination centre) ma na celu zapewnienie pojedynczego punktu dostępu do wszystkich zasobów IKMC. Obecnie projekt I-DCC dostarcza przechowywanych w repozytoriach na całym świecie informacji o wszystkich liniach komórkowych mysich mutantów IKMC oraz myszach z tymi mutacjami poprzez specjalną stronę internetową. Strona ta zawiera przeszukiwalną listę główną wszystkich mysich genów, struktury molekularnej alleli knock-out oraz linków do repozytoriów prowadzących dystrybucję komórek oraz myszy knockout. Uczestnicy projektu IKMC koordynowali międzynarodowe działania, których odzwierciedleniem jest ogrom wyników dużych programów mutagenezy takich jak Europejski Program Mysiej Mutagenezy Warunkowej (EUCOMM) i Projekt Myszy Knockout (KOMP). Ograniczanie zbędnych praktyk i uzyskanie ponad 18 000 embrionalnych komórek macierzystych (ES) knock out, umożliwiło dalsze badanie genomu ssaków. Dodatkowo uczestnicy projektu I-DCC zintegrowali inne odpowiednie informacje naukowe, takie jak dane dotyczące mysich fenotypów oraz przeszukiwalne bazy wiedzy. Strona internetowa jest odwiedzana przez 15 000 gości każdego miesiąca, co jest wyraźnym znakiem powodzenia projektu. Jednym z głównych celów Międzynarodowego Konsorcjum Fenotypowania Myszy (IMPC) jest uzyskanie myszy z komórek ES do fenotypowania. Do koordynacji niniejszej inicjatywy uczestnicy projektu I-DCC stworzyli odpowiednie interfejsy. Dzięki scaleniu stron internetowych IKMC oraz IMPC, przechowywanie i wyświetlanie danych IKMC zostało zabezpieczone na najbliższą przyszłość. Usługi dostarczane przez IMPC odpowiadają na zapotrzebowanie całej społeczności biomedycznej i odbiorców ogólnych na funkcjonalne informacje genetyczne. Użytkownicy mogą nawet zarejestrować się, aby otrzymać powiadomienie, gdy będą dostępne informacje o genie, którym się interesują. Zastosowania tych zasobów są bardzo szerokie: od badania podstawowych funkcji genów do bioprodukcji, przemysłu farmaceutycznego, rolnictwa i biomedycyny. Wielkoskalowe, skoordynowane programy tego typu powinny pomóc krajowym instytucjom badawczym w lepszym gromadzeniu zasobów i unikaniu powtórzeń.
Słowa kluczowe
Mutacje u myszy, mutageneza, genom ssaków, fenotyp, IMPC
