Personalizacja leczenia zakażeń wirusem HIV
HIV atakuje i zabija komórki układu odpornościowego, przez co chory jest podatny na zakażenia oportunistyczne. Z biegiem lat intensywne prace badawcze dostarczyły ważnych danych na temat biologii wirusa HIV i przebiegu zakażenia. Łącznie te wysiłki umożliwiły opracowanie wysokoaktywnej terapii antyretrowirusowej (HAART) — jedynej metody, która umożliwia powstrzymanie namnażania się wirusa. W ramach HAART stosuje się leki, które są inhibitorami enzymów wirusa HIV, a więc odwrotnej transkryptazy, proteazy i integrazy. Niestety nie u wszystkich pacjentów występuje odpowiedź na HAART i nie jest znana dokładna etioogia tego zjawiska. Finansowany przez UE projekt "HIV coevolution and drug resistance" (HIV COEVOLUTION) miał na celu zbadanie mechanizmów tego zjawiska u chorych, u których terapia antyretrowirusowa okazała się nieskuteczna. Zsekwencjonowano genomy wirusa HIV u pacjentów, którzy nie reagowali na leczenie skierowane przeciwko integrazie — enzymowi wirusa HIV odpowiedzialnemu za wbudowywanie jego genomu do DNA gospodarza. Pozwoliło to zidentyfikować określone mutacje genu integrazy, które były obecne jeszcze przed rozpoczęciem leczenia. Wskazuje to na zdolność wirusa HIV do przetrwania presji wywieranej przez nieoptymalne leczenie antyretrowirusowe przy selekcji w kierunku występujących już wcześniej lekoopornych mutantów. Te wyniki podkreślają znaczenie prowadzenia leczenia antyretrowirusowego o maksymalnej aktywności, odpowiedniego dla poszczególnych zakażonych wirusem HIV. Analiza genetyczna szczepów wirusa HIV u zakażonych osób przed leczeniem HAART i po nim uzyskała walidację jako metoda prognozowania przyszłych genotypów oporności na inhibitory odwrotnej transkryptazy. Również naukowcy z projektu HIV COEVOLUTION sekwencjonowali genom wirusa HIV, aby ocenić tropizm wirusowy, a więc to, jakie komórki atakowane są przez wirusa. Ogółem oznaczenia molekularne opracowane w projekcie HIV COEVOLUTION stanowią czułe i dokładne narzędzie diagnostyczne do badania oporności i tropizmu wirusa HIV. Wdrożenie tych technologii głębokiego sekwencjonowania w monitorowaniu klinicznym zakażeń wirusem HIV to krok w kierunku nowych, tanich metod doboru skojarzonych terapii antyretrowirusowych.
