Badanie genomu bydła mlecznego
Projekt SEQSEL (Global cooperation to develop next generation whole genome sequence selection tools for novel traits) umożliwił sformalizowanie związków pomiędzy wiodącymi ośrodkami badawczymi z Europy, Australii i Nowej Zelandii. Partnerzy z tych ośrodków przeanalizowali genom bydlęcy w celu rozpoznania regionów związanych z poborem paszy i wydajnością. Intensywne dyskusje i współpraca pozwoliły na ustalenie, że najlepszy miernik wydajności paszy, nadający się do włączenia do programów hodowli, wydaje się specyficzny dla poszczególnych krajów. Co więcej, dane SEQSEL wskazują, że spektroskopia mleka w średniej podczerwieni jest najbardziej odpowiednią metodą pomiaru wydajności paszy, cechującą się dopuszczalnym poziomem dokładności. Konsorcjum zebrało informacje na temat poboru paszy (fenotypu) oraz DNA. Łącznie zestawiono i poddano analizie ponad 224 000 zapisów dotyczących poboru paszy, pochodzące od blisko 7000 krów i 1800 jałówek. Co istotne, dane pochodziły z dziewięciu krajów. Jest to zdecydowanie największa na świecie tego rodzaju baza danych na temat poboru paszy przez zwierzęta mleczne. Wyniki sugerują, że pobór paszy jest średnio w 34% warunkowany genetycznie, a więc podlega selekcji genetycznej. Ponadto analiza, której celem było ustalenie częstotliwości interakcji genotypowo-środowiskowych w różnych populacjach — różnice między zwierzętami są środowiskowo warunkowane — wykazała, że istnieją pewne różnice szczególnie między systemami, w których produkcja odbywa się w oparciu o zwierzęta wolno wypasane lub żyjące w zamknięciu. Wymiana danych dotyczących DNA i przewidywanie genotypu pokazały, że imputacja była w niemal 97% dokładna. Jeżeli chodzi o implikacje finansowe, oznacza to, że sekwencjonowanie całego DNA pojedynczej sztuki bydła kosztuje około 22 euro w porównaniu do 1500 euro w przypadku konwencjonalnego sekwencjonowania. Informacje o projekcie były rozpowszechniane zarówno na skalę krajową, jak i globalną. Opublikowano szereg artykułów w recenzowanym czasopiśmie Journal of Dairy Science oraz Genetics Selection Evolution. Partnerzy wygłosili prezentacje na prestiżowych międzynarodowych konferencjach, w tym na 10. Światowym Kongresie Genetyki Stosowanej w Produkcji Zwierzęcej. Wyniki badań SEQSEL wyraźnie pokazują, że współpraca oraz zgromadzenie dużych ilości danych przynoszą bezprecedensowe korzyści. W kontekście wzrostu liczby ludności i kurczących się gruntów uprawnych, prace te przyczynią się do rozwiązania problemów związanych z rosnącym popytem na żywność oraz bezpieczeństwem żywnościowym.
Słowa kluczowe
Genom, bydło mleczne, SEQSEL, pobór paszy, spektroskopia mleka w średniej podczerwieni, bezpieczeństwo żywnościowe
