Patogeneza rozwoju superpatogenów zapalenia płuc
Zakażenia szczepami opornymi na leki inne niż szczepionki, głównie dwoinki zapalenia płuc (Streptococcus pneumoniae), stają się coraz częstsze. Ta zwiększona częstość występowania wymusza znalezienie skutecznych szczepionek o szerokim zakresie działania, aby zwalczać zakażenia i zwiększać szansę pacjentów na przeżycie, zwłaszcza w przypadku niemowląt. Naukowcy z finansowanego przez UE projektu "Identification of genetic determinants involved in Streptococcus pneumoniae pathogenesis" (TN-SEQ) wyszukiwali geny związane z wzrostem i patogenezą tej bakterii. Stosowali w tym celu technikę znaną jako wyciszanie genów poprzez insercję. Z użyciem mikromacierzy i sekwencjonowania drugiej generacji, w tym sekwencjonowania transpozonów, naukowcy wykryli geny kluczowe dla przeżycia i patogenezy S. pneumoniae. Zidentyfikowano związane z nimi szlaki metaboliczne przy zastosowaniu metod analizy statystycznej, analizy szlaków metabolicznych i rekonstrukcji sieci genowych, jak również wzbogacania kategorii czynnościowych. Ponadto udało się ustalić, jakie czynniki determinują przetrwanie dwoinek S. pneumoniae w organizmie gospodarza i ich zjadliwość. Pomogło to w stworzeniu skróconej listy obiecujących kandydatów na leki i szczepionki do dalszych badań i walidacji, po uzyskaniu efektu knockout. Wyniki projektu pomogły wykryć obiecujące cząsteczki docelowe dla antybiotyków poprzez badania potwierdzające słuszność przyjętej koncepcji. Dalsze prace i pomyślne wyniki przyszłych badań klinicznych umożliwiłyby ograniczenie zagrożenia tym śmiercionośnym patogenem.
